12 ноября 1944 года в городе Кульдже была образована Восточно-Туркестанская республика (ВТР). Ее руководство, во главе с муллой Алихан-Тюре (Алихан Тура Сагони), узбеком по национальности, создавшим в 1943 году в Кульдже «Организацию свободы Восточного Туркестана», было настроено антикитайски и промусульмански. В правительство вошли уйгуры Ахметжан Касымов, Хакимбек-ходжа, Рахимджан Сабирходжаев, татары Анвар Мусабаев и Набиев, казахи Урахан и Абдулхаир, русские эмигранты Иван Полинов и Фотий Лескин, калмык Фуча
После ухода с политической арены Алихан-Тюре (он был арестован советскими органами безопасности, вывезен в СССР и до самой своей смерти в 1976 году жил в Ташкенте, где написал книгу о пророке Мухаммеде) Временное правительство было реорганизовано, и к власти пришли откровенно просоветские группы. Армия республики, насчитывавшая около 30 тысяч человек, находилась под советским контролем. Армия, главным организатором которой был министр Ахметжан Касымов, была создана в апреле 1945 года из отрядов партизан-добровольцев. В основном она состояла из уйгуров, китайцы в армию не призывались. Второй по численности национальностью в армии стали русские эмигранты. Армия насчитывала две пехотные дивизии и Отдельный кавалерийский полк, которым командовал бывший белый офицер полковник Фотий Иванович Лескин. Успешно действуя в Тарбагатайском и Алтайском округах, он сформировал на базе полка кавалерийскую бригаду и отдельный стрелковый батальон
Первой дивизией командовал генерал Исхак-бек, его заместителем был полковник Зунун Таипов, оба уйгуры. Дивизия обороняла Музартский перевал от находившихся в Кашгарии войск Чан Кайши.
Второй дивизией командовал генерал Иван Георгиевич Полинов (в литературе упоминается также как Поленов), в 1911 году бывший начальником конвоя русского генерального консула в Урумчи, затем служивший сотником в армии Колчака, с остатками которой перешел в Синцзян, где в 1931—1934 годах командовал казачьим полком. Дивизия состояла из двух стрелковых полков и отдельного батальона. Командный состав дивизии практически полностью сформировался из русских офицеров-белоэмигрантов. Первым полком командовал полковник Могутнов, вторым полком — капитан Федяев, все командиры батальонов, рот, взводов и отделений были русскими, их заместителями — уйгуры, которые вели также политработу, при штабе дивизии, также состоявшем исключительно из русских офицеров, числился мусульманский имам. Полки состояли из трех батальонов, батальоны — из трех рот, в ротах — 4 взвода. В штабе полка были оперативный, разведывательный и строевой отделы. В структуру штаба дивизии входили также отделы артиллерийско-технического снабжения, продовольственно-фуражный, вещевой, комендантский кавалерийский дивизион, кавалерийский эскадрон (дунгане), русско-уйгурский разведывательный эскадрон, калмыцкий кавалерийский дивизион, артиллерийский дивизион (3 батареи) и бронетанковый взвод с тремя броневиками.
Солдаты были вооружены старыми пушками и броневиками синцзянской армии, списанными в 1930-е гг.» трофейным стрелковым оружием, захваченным у гоминдановских войск, а также старыми трехлинейными винтовками, немецкими гранатами, немецкими и японскими пулеметами («первыми номерами» на станковых пулеметах были русскими, вторыми — уйгуры). Ткани для обмундирования поставлялись из СССР через «Совсинторг». Из полученной ткани местные портные шили форменную одежду для военнослужащих армии ВТР — гимнастерки, шаровары, фуражки, телогрейки и уйгурские чапаны на вате, без воротников и пуговиц, с широкими рукавами (верхняя зимняя одежда — дубленые полушубки местного производства). Продовольствием и фуражом армия снабжалась за счет местных ресурсов, кроме папирос для офицеров, которые закупались в Советском Союзе. Седла и сбруя для кавалерийских подразделений изготовлялись на месте по русским казачьим образцам.