Силы партизан насчитывали всего 4—5 тыс. человек, костяк которых составляли ветераны войны с японскими захватчиками. Среди партизан преобладали малазийцы китайского происхождения. Местное население, по признанию одного колониального чиновника, полностью находилось под влиянием коммунистов и оказывало партизанам всевозможную помощь.
С началом военных действий, несмотря на огромное превосходство в силах, партизаны наносили противнику из засад чувствительные удары и даже предпринимали наступательные операции крупного масштаба. Так, в конце июня 1948 года партизанские отряды внезапным налетом захватили город Джерантунг в Паханге, а в июле — центр угледобычи, город Бату-Аранг.
В декабре 1948 года в директиве ЦК КПМ под названием «Стратегические проблемы революционной войны в Малайе» была сформулирована военная программа борьбы с колонизаторами. В ней анализировались «два предполагаемых этапа военных действий. Содержание первого этапа составляла партизанская война, которая рассматривалась как средство истощения противника и наращивания революционных сил. Основным тактическим способом действий считались внезапные нападения на противника в наиболее уязвимых для него местах. Главная цель таких нападений заключалась в захвате оружия и боеприпасов. На этом этапе должны были создаваться только временные базы, преимущественно в районах, заселенных скваттерами. Второй этап военных действий (стратегическое контрнаступление) предполагалось начать тогда, когда партизанские отряды окрепнут»
Политическую программу борьбы против колонизаторов ЦК КПМ обнародовала несколько позже — в январе 1949 года. В ней были объявлены, в качестве приоритетных, следующие цели: создание народно-демократической республики, равенство народов, распределение земли среди крестьян и создание сельскохозяйственных кооперативов; конфискация капитала империалистов и передача его в распоряжение государства и т.д.
В феврале 1949 года из партизанских отрядов была создана Освободительная армия народов Малайзии (МРЛА), численностью 8 тыс. человек, в организации которой КПМ использовала богатый опыт антияпонского сопротивления. Действиями армии руководил военный штаб, подчинявшийся непосредственно ЦК КПМ. Основным партизанским формированием был полк в составе 200—400 бойцов, который делился на роты и взводы. В каждом штате Малайзии действовало не менее полка МРЛА, исключение составлял только штат Келантан, где боевые действия вела одна рота 5-го партизанского полка. Тактика армии была партизанской — устройство засад, нападения на патрули, полицейские посты, небольшие гарнизоны, диверсии на шоссейных и железнодорожных коммуникациях. В своих действиях МРЛА опиралась на подпольные политико-административные комитеты, которые под руководством партийных комитетов обеспечивали снабжение партизан всем необходимым, вели разведку, поддерживали связь с местным населением. Части армии дислоцировались в труднопроходимых джунглях, вблизи скваттерских (в основном китайских) поселений, где у них находились хорошо замаскированные базы и лагеря.
Осенью 1949 года МРЛА перешла к широким наступательным действиям, нанося удары по коммуникациям и экономическим объектам (каучуковые плантации, рудники, железнодорожные станции и узлы). Каждую неделю партизаны уничтожали до 7—10 тыс. каучуковых деревьев — гевей, фикусов каучуконосных и других видов рода ландольфия, что приносило англичанам, владельцам каучуковых плантаций огромные убытки. Некоторые операции проводились силами достаточно крупных отрядов — по 100—200 бойцов. Так, в сентябре 1949 года отряд партизан, численностью 300 человек, произвел нападение на железнодорожную станцию Куала-Курау (штат Паханг), где был уничтожен бронепоезд противника и разрушены все станционные сооружения. К концу года в Малайзии сложилось такое положение, когда «ни один поезд не был в безопасности от возможной диверсии, ни одна дорога в джунглях не была свободна от засад, ни одна линия телеграфной связи не застрахована от обрыва»