Правительство Кокандской автономии достигло той цели, которую оно ставило перед собой при созыве этого съезда. Умело подобранные буржуазные подпевалы на этом съезде весьма ярко продемонстрировали свою солидарность с контрреволюционным правительством Кокандской автономии. А для того, чтобы буржуазное правительство и в дальнейшем имело опору в широких массах трудящихся, на съезде был избран «Краевой мусульманский рабочий совет».
Внешне картина получалась весьма убедительная. «Шура-и-улема», «Шура-и-исламия», «Краевой мусульманский рабочий совет»… Одним словом, вся нация, все классы, все народы Туркестана решительно требуют себе автономии под главенством туркестанской буржуазии. Но уже через несколько недель для всех стало ясно, что за этими громкими вывесками, пытающимися представить все население Туркестана, выглядывает только одна лоснящаяся физиономия буржуазии.
Одновременно с этим, правительство Кокандской автономии всеми силами пыталось подчинить себе весь низовой государственный аппарат. Строить же новый государственный аппарат оно и не думало. так как не видело в этом никакой необходимоси. После Октябрьской революции советская власть довольно быстро перестроила государственный аппарат лишь в новых городах, государственный же аппарат в старых городах и в кишлаках в это время оставался прежний. Поэтому, правительству Кокандской автономии, во всем пытавшемуся подчеркнуть свою преемственность от прежнего временного правительства, выполнить задачу подчинения нового государственного аппарата было сравнительно легко.
Несмотря на то, что Кокандская автономия представляла собой интересы буржуазии, финансовое положение автономии никогда не было блестящим. Первое время правительство Кокандской автономии существовало на те незначительные средства (несколько сот тысяч рублей), которые были собраны по подписному листу. Но эти средства благодаря высоким ставкам чиновникам правительства Кокандской автономии, были весьма быстро исчерпаны, а новых доходов оно не имело.
К этому времени приезжавший в Коканд на так называемый «Съезд рабочих и дехканских депутатов», т. Полторацкий, убедившись, что без открытой и решительной борьбы с автономистским правительством, нам не обойтись, национализировал Кокандское отделение государственного банка, где имелись крупные вклады местных капиталистов. Сведения о национализации Полторацким отделения государственного банка быстро разнеслись как по Коканду, так и по другим городам, создавая настроение недовольства слабостью правительства Кокандской автономии. Особенно волновались вкладчики, потерявшие свои капиталы. Сгустившаяся политическая атмосфера разразилась министерским кризисом. Вместо Танышева у власти встало правительство более решительного Мустафы Чокаева.
Как только Мустафа Чокаев очутился у власти, он приступил к проведению внутреннего займа в 30 миллионов рублей (на тогдашние деньги). Заем проводился при помощи решительного административного нажима. Просто на квартиру или в лавку купца или ремесленника являлся кто-нибудь из чиновников и говорил, что он должен подписаться на заем в сумме такой-то, и лавочник выполнял волю начальства, чтобы не навлечь гнев на свою голову. Всякая попытка отказаться от подписки на заем истолковывалась, как сочувствие советской власти и нежелание поддержать правительство.
Но главную и самую трудную задачу для «правительства» представляло формирование вооруженных сил. Никакими национальными кадрами для формирования воинских частей правительство Кокандской автономии не располагало. Кроме того, громаднейшим препятствием в этом отношении являлось распространенное в Туркестане, особенно среди узбеков, отвращение к военной службе. Еще во времена Кокандского ханства в армию отдавали только в виде наказания за различные проступки и преступления, поэтому у населения постепенно сложилось отношение к солдату, как к преступнику, а к военной службе, как к тюремному заключению. Таким образом, для формирования воинских частей правительство Кокандской автономии не располагало ни кадровыми, ни переменным составом.
Выход из этого трудного положения был найден следующий. В качестве командного состава и инструкторов было решено пригласить офицеров из русских и татар, а также из среды пленных турецких офицеров. В качестве солдат принимались добровольцы из местного населения, но таковых нашлось весьма незначительное количество. Нанимались преимущественно кавказцы и выходцы из Персии. Судя по некоторым данным, набрать больше 60 человек солдат правительству Кокандской автономии так и не удалось. На должность «военного министра и главнокомандующего» был назначен полковник Чалышев.