С этих пор Кон стал играть громадную роль в дальнейшей судьбе и научной работе Коха. Коху посчастливилось найти себе компетентного советника, который внимательно и дружески отнесся к нему и долго поддерживал его в его научных начинаниях. Нет никакого сомнения, что Коху пришлось бы с величайшими трудностями пробивать дорогу для своих научных открытий, преодолевать зависть и конкуренцию других ученых, если бы не могучая поддержка влиятельного в то время ученого Кона. Старик приблизил к себе Коха, ввел его в свой дом; Кох был запросто принят у него, часто оставался у него обедать при посещении Бреславля и писал ему первое время чуть ли не ежедневно о дальнейшем ходе своих исследований. И Кон внимательно перечитывал эти письма, следил за научными работами молодого ученого-провинциала и давал ему нужные советы.
Кох продолжал свою научную работу. Одно время он чрезвычайно заинтересовался исследованием септицемии — болезни, вызываемой отравлением организма ядами микробов. Специализировавшись в методике отыскивания бактерий, добившись блестящих результатов по исследованию сибирской язвы, Кох вначале с уверенностью в успехе приступил к работе. Он провозгласил, что «многочисленные находки микроорганизмов при инфекциях ран (заражений ран) и экспериментальные исследования делают паразитическую природу септицемии вероятной; что полное доказательство этого еще не было найдено и будет найдено тогда, когда удастся паразитические микроорганизмы найти во всех случаях этой болезни». Однако, поработав над открытием микроорганизмов этой болезни, Кох должен был притти к убеждению, что «явления септицемического процесса гораздо сложнее, и действующие при этом виды бактерий гораздо разнообразнее, чем я в начале представлял».
Не добившись окончательного выяснения этой болезни, Кох все же сделал многое для освещения ее.
Коху захотелось поделиться результатами своих работ в области бактериологии и в особенности своим открытием возбудителя заболевания сибирской язвой с известнейшим тогда в Германии ученым Рудольфом Вирховым. Вирхов в то время являлся настоящим «богом» в медицине. Что сказал Вирхов — считалось непреложным: «Magister dixit» (учитель сказал). Вирхов был знаменит на весь мир своей так называемой клеточной теорией происхождения болезни, то есть он объяснял болезненные процессы расстройством нормальной деятельности клеток организма. Вирхов был популярен как политический работник: в своей молодости он принадлежал к радикалам, был активным членом рейхстага. Естественно, Кох пожелал получить одобрение своих работ со стороны такого бесспорного авторитета [2]. Однако вместо одобрения и утешения он получил горькую обиду. Вирхов находился тогда уже в таком возрасте, когда ученые начинают думать, что они все знают и не терпят никаких разногласий. А Кох явился к нему для объяснения со всем жаром исследователя, открывшего новые пути в медицине. С детской простотой Кох начал горячо доказывать Вирхову, что болезни обусловливаются проникновением в организм болезнетворных бактерий, что он нашел и изучил историю развития бациллы сибирской язвы, что он понимает самый процесс заражения и развития заразной болезни. Вирхов слушал его холодно. Ибо все то, что говорил Кох и в чем он был так твердо убежден, решительно расходилось с учением самого Вирхова. Вирхов в своей клеточной теории доказывал: «Все болезни, в конце концов, сводятся к активным или пассивным повреждениям большего или меньшего количества жизненных элементов (то есть клеточек), способность которых к деятельности изменяется соответственно их молекулярному составу в зависимости от физических и химических изменений их содержимого». Но, усматривая сущность болезней в отклонении от нормального отправления клеточек организма, ни Вирхов, ни его последователи не задавались вопросом о причинах, вызывающих подобные изменения. А Кох его клеточной теории противопоставлял свою бактериологическую теорию. Вирхов очень неодобрительно отозвался о работах Коха, сказав, что он ничего своими открытиями не доказал и, как говорят биографы Коха, последний ушел от Вирхова «с горечью в сердце».