В те послевоенные годы Колчак ничего особенного не создал, не открыл, разве что еще успевал читать лекции в Николаевской Морской академии по курсу «Служба Генерального штаба во флоте» да заниматься канцелярской работой в Морском Генеральном штабе (МГШ), где он возглавлял Отделение русской статистики; затем был переведен начальником управления по разработке оперативно-стратегических планов Балтфлота. Тогда же Колчак подготовил несколько рефератов: «Дифференциация морской силы», «Какой нужен Русский флот», «Современные линейные корабли» (некоторые можно прочесть в старых подшивках журнала «Морской сборник») – где, как ему казалось, он обосновал острейшую необходимость разработки перспективных планов дальнейшего строительства флота и значительное увеличение морской мощи империи.
В какой-то период Колчак работал в военных комиссиях в Государственной думе, обосновывая выделение финансовых средств для постройки линкоров дредноутного типа. Но это все – пустое времяпрепровождение, ибо Госдума уже была сборищем масонов, болтунов и провокаторов.
А пока он терял драгоценное время в Госдуме, бывшие сослуживцы – офицеры Матисен и Вилькицкий готовили свои экспедиции на Дальний Восток на ледокольных судах «Таймыр» и «Вайгач».
Проходя службу в МГШ, Колчак участвовал в ряде флотских учений, хорошо освоил боевые стрельбы, постановку мин и использование торпед. В какой-то мере Колчаку удалось проявить талант стратега. В 1912 г. Александр Васильевич был вызван к командующему Балтийским флотом его высокопревосходительству адмиралу Николаю Оттовичу фон Эссену, который предложил возглавить в Минной дивизии эскадренный миноносец «Уссуриец». Колчак дает согласие, а вскоре его переводят на эсминец «Пограничник». В конце 1913 г. он удостоен чина капитана 1-го ранга. Накануне Первой мировой войны А. В. Колчак начал службу в отряде подводного плавания Балтийского флота руководителем подразделения, отвечавшего за минные постановки в Финском заливе. Фон Эссен наряду с С. О. Макаровым и Э. В. фон Толлем был одним из самых ярких личностей, сыгравших немалую роль в жизни Колчака.