Переговорив с Коллонтай, Валленберг отправился в Хельсинки. На следующий день после его приезда туда советская авиация нанесла мощнейший бомбовый удар по финской столице. Руководители Финляндии уже не сомневались в поражении Германии, из задумывались о том, как выйти из войны с наименьшими потерями. На переговоры в Стокгольм отправился государственный советник Юхо Куста Паасикиви, которого Коллонтай хорошо знала еще тогда, когда он был финским послом в Швеции. 20 февраля Паасикиви с женой прибыл в Стокгольм, а затем отправился в курортный Сальтшебаден, где в Гранд-отеле проходила реабилитацию Коллонтай. 1 марта 1944 года НКИД опубликовал заявление, где говорилось: "В середине февраля с. г. один видный шведский промышленник обратился к советскому посланнику в Стокгольме А.М. Коллонтай с сообщением, что в Стокгольм прибыл представитель финского правительства г-н Паасикиви, имеющий поручение выяснить условия выхода Финляндии из войны…" Тем самым стремились подтолкнуть Финляндию к миру и усилить недоверие между Хельсинки и Берлином. В Кремле прекрасно сознавали, что сил для оккупации Финляндии у Германии все равно нет.
22 июня 1944 года, через 12 дней после начала советского наступления на Карельском перешейке, генеральный секретарь министерства иностранных дел Швеции Эрик Бухеман беседовал с Коллонтай на предмет переговоров о выходе Финляндии из войны. На ее запрос ответ из Москвы последовал на следующий день: переговоры возможны, но правительство Финляндии должно заявить о своей капитуляции. Финнов это не устроило. Финские войска упорно сопротивлялись, хотя и отступали, и разбить их не получалось. 20 июня пал Выборг. Однако финны, получив помощь от немцев штурмовыми орудиями и авиацией, нанесли поражение советским войскам в сражении при Тали-Ихантала в период с 21 июня по 15 июля. По оценке финских историков, по данным советских архивов, советские войска потеряли 15 тыс. убитыми и пропавшими без вести и 53 тыс. ранеными и больными. Финские потери составили 1,1 тыс. убитыми, 1,1 тыс. пропавшими без вести и 6,3 тыс. ранеными.
14 июля Москва согласилась на переговоры без требования капитуляции. Но в целом советское наступление на Карельском перешейке, которое финнам удалось остановить только после взятия Красной армией Выборга, заставило финских представителей быть сговорчивее. Летом Паасикиви сменил финский посол в Стокгольме Грипенберг. Профессор Свартц нашел у Александры Михайловны предынсультное состояние: кровяное давление доходило до двухсот сорока, новый удар мог последовать в любую минуту. Финская делегация подписала в Москве перемирие 19 сентября 1944 года, но боевые действия прекратились еще 4–5 сентября. Стороны возвращались к границе 1940 года. Кроме того, Советскому Союзу передавался район Петсамо, а полуостров Порккала сдавался в аренду для создания советской военно-морской базы. Перемирие было заключено на условиях, которые были согласованы в ходе переговоров с Коллонтай и гарантировали Финляндию от оккупации Красной армией. "Я поплатилась во время переговоров параличом левой ноги и руки, — вспоминала Александра Михайловна, — но продолжала работать и оставалась на поле брани до отъезда делегации финского правительства в Москву, после чего слегла от истощения и воспаления легких".
Коллонтай получила указание лично поблагодарить шведского короля Густава, который в ходе затягивавшихся переговоров с финнами сам обращался к президенту Финляндии Ристо Рюти с рекомендацией как можно скорее идти на мир с Москвой. Но на приеме у короля полагалось стоять, а левая нога все еще не слушалась Александру Михайловну. Пришлось устно передать благодарность через навестившего ее премьер-министра.
8 июля 1944 года Президиум Верховного Совета СССР издал указ, согласно которому отныне признавался только зарегистрированный, а не фактический брак. Развод теперь был сопряжен с судебной процедурой, а рожденные вне брака дети лишались прежних прав. Было также запрещено установление отцовства по суду и взимание алиментов с отца, который не признавал отцовства. Коллонтай была очень огорчена, так как новый закон, как она считала, вновь закрепощал женщину, за раскрепощение которой она боролась всю жизнь.
Она первой информировала Москву о специальной миссии, с которой направлялся в Будапешт молодой шведский архитектор, племянник Маркуса, Рауль Валленберг, получивший дипломатический пост. Назначенный сотрудником шведского посольства в Венгрии, он получил задание спасти как можно больше венгерских евреев, предназначенных оккупировавшими страну немцами для депортации в лагеря смерти. Деньги для выполнения миссии, в том числе на взятки венгерским и германским чиновникам, дали американские финансисты еврейского происхождения и благотворительные фонды. Александра Михайловна не могла предполагать, что по приказу Сталина Рауль Валленберг будет арестован в занятом советскими войсками Будапеште, а в 1947 году убит.