Много научных споров ведется вокруг так называемой санагустинской культуры (названной по городку Сан-Агустин) в верховьях реки Магдалены — этой жемчужины древнеиндейской культуры Колумбии. По данным радиоуглеродной датировки, культура санагустин сформировалась около V в. до н. э. и просуществовала в течение полутора тысяч лет. Великолепные, поражающие воображение мегалитические памятники этой культуры (святилища, барельефы, стелы, статуи и т. д.) встречаются во всей южной части горной Колумбии, а следы ее воздействия распространяются и за пределы названного района. Масштабы воздействия, уровень развития и ее датировка вызывают разногласия: считать ли культуру автохтонной (местной) или принесенной извне? Крайние точки зрения объявляют создателем культуры некий загадочный народ (поговаривают даже об арийцах Атлантиды или Лемурии), другие же считают культуру санагустин древнейшей «пракультурой» Америки, из которой развились культуры Анд и Средней Америки.
Известную аналогию с культурой санагустин имеет культура тьеррадентро, центр которой также расположен в горном узле Нудо-де-Пасто. Сильное впечатление оставляют ее подземные некрополи — подлинные шедевры древнеиндейской архитектуры и настенной живописи. Высоким уровнем развития и самобытностью отличаются и такие древнеиндейские культуры Колумбии, как чоко и калима (Тихоокеанское побережье), сину и тайрона (Прикарибская низменность), кимбайя и пихао (долина Магдалены), гуане и чибчамуиска (Восточная Кордильера) и другие.
Культура чибчамуисков возникла в межгорных бассейнах Восточной Кордильеры, а культура родственных им племен тайронов — в горах Сьерра-Невада-де-Санта-Марта. Двойное название чибчамуисков объясняется тем, что слово «муиски» означает в переводе «люди», а «чибча» происходит от их главного божества — Чибча-Чума (что значит «опора чибча»). Как и у других развитых народов доколумбовой Америки, цивилизация чибчамуисков была земледельческой, в ее основе лежало террасное земледелие с применением искусственного орошения. Такие сельскохозяйственные культуры современной Колумбии, как маис, картофель, фасоль, томаты, тыква, хлопчатник, табак, кока, различные фрукты (среди них ананас, гуаява, чиримойя и др.), составляли основу сельского хозяйства чибчамуисков. Чибчамуиски добывали каменную соль, каменный уголь, который использовался для плавки драгоценных металлов, формовки соли, обогрева жилищ и храмов, золото, медь, драгоценные камни (изумруды). Как и другие высокоразвитые цивилизации Анд (в частности, инки), они имели обширные сведения в области астрономии, медицины, математики, были народом-строителем, поддерживали оживленные торговые отношения с другими народами не только Колумбии, но и Перу и даже Мексики. До сих пор на склонах Сьерры-Невады можно видеть развалины грандиозных систем террасного земледелия и искусственного орошения, каналов и акведуков, построенных тайронами.
Открытые в последние годы остатки мощных крепостей, больших дворцов, дорог и святилищ тайронов производят столь ошеломляющее впечатление, что многие исследователи считают их цивилизацию не менее развитой, чем более известные цивилизации инков Перу или ацтеков и майя Мексики. Чибча — единственный народ Америки, который к моменту испанского завоевания использовал золотые пластинки и в качестве меновой единицы. Большинство своих ювелирных изделий чибча изготовляли из томпако — сплава золота с медью. Часть золота чибча получали в обмен.
К приходу испанских завоевателей у чибчамуисков существовало около 20 государств, важнейшими из которых были расположенные в Восточной Кордильере Баката (от этого слова произошло нынешнее название столицы Колумбии), Ирака (или Согамосо), Дуитама, Гуанета и Тайрона, индейское государство в горах Санта-Марта. Верхушку их общества составляли знать и жрецы, основную массу населения — свободные общинники. Религиозный центр чибчамуисков (храм Солнца) помещался в Согамосо, куда со всех уголков обширной страны чибча несли подношения. Население этих государств, по самой скромной оценке, составляло не менее 1, 2 млн. человек, а вместе с другими индейскими племенами, жившими на побережье и в долине реки Магдалены (карибские племена), а также в восточных районах (араваки, уитото и др.), население тогдашней Колумбии превышало 2 млн. человек. А в современной Колумбии индейское население едва насчитывает 350 тыс. человек.