1918, май - Возвращается в армию. Руководит отступлением отрядов Особой армии к Воронежу. Назначается комиссаром Воронежского района Южной завесы. Избирается членом Воронежского губкома
1918, июль - Назначается командиром и комиссаром Поворинского района Южной завесы.
1918, сентябрь - Назначается начальником политуправления Южной завесы.
1918, октябрь - Назначается членом Реввоенсовета 8-й армии Южного фронта.
1918, 19 - 22 декабря - На паровозе поезда председателя Реввоенсовета Республики Якир один едет в анархистский отряд Сахарова, не подчинившийся командованию, наводит в отряде дисциплину и объединяет его с частями 12-й стрелковой дивизии. В течение трех дней добивается перелома и организует наступление против войск Краснова.
1919, 8 января - Награждается орденом Красного Знамени (орден № 2).
1919, май - По указанию ЦК РКП(б) направляется в Одессу в состав организованного там Бессарабского правительства и ЦК Коммунистической партии Бессарабии.
1919, 7 июля - И. Э. Якир назначен начальником формирующейся под Одессой 45-й стрелковой дивизии.
1919, 18 августа - Назначен командующим Южной группой войск 12-й армии в составе 45, 47 и 58-й стрелковых дивизий.
1919, 28 августа - Начало легендарного похода Южной группы.
1919, 17 сентября - Занятие частями Южной группы совместно с 44-й стрелковой дивизией Житомира и окончание похода Южной группы.
1919, 1 октября - 45-я и 58-я стрелковые дивизии за героический поход на соединение с северными войсками 12-й армии постановлением Совета Рабоче-Крестьянской Обороны под председательством В. И. Ленина награждены Почетными Революционными Красными Знаменами, всему личному составу Южной группы назначена награда в размере месячного оклада денежного содержания.
1919, 10 -13 октября - 58-я стрелковая дивизия, Богунская бригада 44-й дивизии и бригада Котовского 45-й дивизии наносят удар по деникинцам в Киеве, ведут бои в городе и под натиском противника оставляют Киев.
1919, 30 октября - И. Э. Якир награжден вторым орденом Красного Знамени.
1919, ноябрь - 45-я стрелковая дивизия во главе с Якиром направлена под Петроград на борьбу против Юденича.
1919, декабрь - 45-я стрелковая дивизия возвращается на Украину и включается в состав 14-й армии.
1920, январь - 45-я стрелковая дивизия, наступая против войск Деникина, занимает Екатеринослав и Александровск, в районе Александровска разоружает части повстанческой армии Махно.
1920, 7 февраля - Кавалерийская бригада и 1-я бригада 45-й дивизии под командованием Г. И. Котовского совместно с частями 41-й стрелковой дивизии освобождают Одессу.
1920, февраль - Закончив разгром остатков деникинских войск на Одесщине, 45-я стрелковая дивизия выходит к Днестру.
1920, май - Наступление белополяков. Якир выводит 45-ю дивизию из готовящегося окружения.
1920, 21 мая - Якир назначается командующим группой войск фастовского направления (44-я, 45-я стрелковые дивизии и часть сил Днепровской военной флотилии).
1920, нюнь - Фастовская группа ведет тяжелые наступательные бои против белополяков, занимает Фастов, Брусилов, Радомысль, Казатин и по выполнении возложенной на нее задачи расформировывается. 45-я дивизия под командованием Якира поступает в непосредственное подчинение командующего 1-й Конной армией.
1920, июнь - август - 45-я дивизия участвует в форсировании рек Случь и Горыпь, в занятии Шепетовки и разгроме белополяков в Дубно-Кремепеикой операции.
1920, 4 августа - И. Э. Якир назначен начальником Золочевского боевого участка.
1920, 9 августа - Возглавляет группу войск золочевского направлении (45-я, 47-я стрелковые дивизии и 8-я дивизия Червонного казачества), позже переименованную в группу войск львовского направления. Группа форсирует реку Буг и выходит на подступы к Львову.
1920, 30 августа - В связи с резким обострением туберкулеза легких И. Э. Якир убывает в госпиталь.
1920, 17 сентября - Вновь вступает в командование 45-й дивизией и без потерь выводит ее из-под удара белополяков.
1920, ноябрь - Командует 45-й дивизией при разгроме войск Петлюры под Проскуровом и Волочиском и 3-й врангелевской армии генерала Перемыкипа. За разгром Петлюры награждается Золотым оружием.
1920, декабрь - Назначен временно исполняющим должность командующего 14-й армией.
1921, 22 апреля - Назначен командующим вооруженными силами Крыма, начальником и комиссаром 3-й Казанской стрелковой дивизии. Избран членом бюро Крымского обкома партии.
1921, ноябрь - Назначен командующим войсками Киевского военного округа (округ входил в состав вооруженных сил Украины и Крыма, которыми командовал М. В. Фрунзе). Организует полный разгром банд петлюровского генерал-хорунжего Ю. Тютюника у местечка Базар. Избирается членом Киевского губкома партии и членом губ-исполкома. Работает в редколлегиях газет «Красная Армия» и «Пролетарская правда».
1922, 18 октября - Киевский военный округ реорганизуется в Киевский военный район. Якир остается командующим войсками района.
1923, 5 сентября - Назначен командиром-комиссаром 14-го стрелкового корпуса.