Руководитель может вернуть постановление или определение о назначении экспертизы без исполнения, если отсутствует материально-техническая база для проведения экспертизы или нет эксперта, обладающего специальными знаниями, необходимыми для ответа на поставленные вопросы (ч.1 п.1 ст.15 Закона). Во всех остальных случаях руководитель поручает проведение исследования эксперту, подготовка которого достаточна для ответа на поставленные вопросы. Одновременно с этим руководитель разъясняет эксперту его права, обязанности и ответственность, связанные с выполнением задания. Отдельно выделяется обязанность руководителя предупредить эксперта об уголовной ответственности за дачу заведомо ложного заключения. Такое предупреждение оформляется отдельной распиской, она приобщается к заключению эксперта в виде самостоятельного документа. Поручая производство экспертизы, руководитель должен обеспечить конфиденциальность исследования. Процессуальные законы запрещают эксперту самостоятельный сбор доказательств, общение со свидетелями, другими участниками процесса, не включенными в проведение экспертизы. Все необходимые дополнительные материалы и доказательства эксперт может получить одним путем — обратившись с ходатайством к органу или лицу, назначившему экспертизу. Эксперт должен быть огражден от давления со стороны лиц, добивающихся незаконных решений. В обязанность руководителя входит создание условий сохранения государственной, следственной, коммерческой тайны, других признанных законом ограничений в распространении сведений. Эти задачи решаются путем соответствующего делопроизводства и другими организационными методами (см. комментарии к ст.ст.18 и 40).
4. Поручая производство экспертизы, руководитель обязан решить вопрос о том, будет ли эксперт действовать самостоятельно или необходима комиссионная экспертиза. Руководитель определяет и вид комиссионной экспертизы — будет она состоять из экспертов одной специальности или разных специальностей. В комиссии, назначаемые руководителем, могут включаться только эксперты, работающие в учреждении, подчиненном руководителю. О принятом решении руководитель извещает инициатора экспертизы. Возможно привлечение сторонних экспертов. Но в этом случае руководитель обращается с соответствующим ходатайством к органу или лицу, назначившему экспертизу. Ходатайство разрешается путем вынесения соответствующего определения или постановления и по другим правилам, установленным процессуальным законодательством.
5. Деятельность руководителя в период проведения экспертизы заключается в создании условий для исследований, необходимых для научной обоснованности и юридической полноценности заключений экспертов. Эти условия носят организационную, финансовую, материально-техническую, информационно обеспечивающую и контрольную направленность.
6. Организационная направленность и остальные виды деятельности, названные в предыдущем пункте, предполагают наличие прав руководителя, реализуемых по отношению к структуре учреждения, его штатам, к подбору и расстановке кадров (в современном понимании этой деятельности — к управлению персоналом). Подробнее об этом см. комментарий к ст.15, а также комментарии к ст.ст.37, 38, 39.
7. Объекты контрольных полномочий руководителя — сроки экспертиз, их полнота и качество.
8. Процессуальное законодательство не устанавливает сроков проведения экспертиз. Но они могут определяться ведомственными нормативными актами. Срок проведения экспертиз целесообразно исчислять с момента получения постановления или определения о назначении экспертизы и направления экспертизы ее инициатору.
9. Полнота экспертизы выражается в исчерпывающих и конкретных ответах на предложенные вопросы. Эксперт вправе дополнить их и этим повысить достоверность своего заключения, однако он обязан обосновать необходимость такого дополнения. В ходе оценки полноты экспертизы особое внимание следует обратить на четкость ответов эксперта. Из них следует исключать неясные и неточные суждения, противоречивые выводы и гипотетические варианты.
10. Качество проведенного экспертного исследования находится в прямой зависимости от примененных научных положений и методик исследования. Руководитель должен знать состояние науки, относящейся к проведенной экспертизе, и требовать применения оправдавших себя достижений науки и способов изучения и исследования объектов экспертизы. Этой же цели служит информационное обеспечение деятельности учреждения в целом и проводимых им видов экспертиз в отдельности. Замечания, появляющиеся в ходе контроля, могут касаться содержания экспертного заключения. Такие замечания не должны противоречить принципу независимости эксперта и подменять его заключение. Но если между руководителем и экспертом возникли разногласия, руководитель, направляя заключение эксперта, вправе сообщить об этом в сопроводительном письме.