Еще сложнее было положение в Третьем Рейхе обеих церквей. Поспешному приспособлению многих церковных деятелей противостояло здесь сопротивление некоторых, правда, относительно немногочисленных, групп и отдельных лиц. И приспособление, и сопротивление обосновывались при этом как религиозными, так и политическими мотивами, которые в этих христианских исповеданиях не были тождественны. Руководство католической церкви, до 1933 года резко отрицательно относившееся к национал-социализму, затем очень быстро сменило эту позицию на благожелательную симпатию. Это определялось конкордатом между курией и Третьим рейхом, предложенным Гитлером сразу же после вступления в должность и заключенным уже 20 июля 1933 года. Этот договор был весьма выгоден для католической церкви, так как он не только признавал, но и ставил под защиту закона конфессиональные школы, так же как существование многих католических объединений – светских, профессиональных, женских и юношеских. Впрочем, католическая церковь дорого заплатила за это, пожертвовав Партией центра, одобрившей «закон о полномочиях» и вскоре после этого распущенной. Католическая церковь приняла на себя не только это, но и выразила в связи с конкордатом чрезвычайно важное в политическом и пропагандистском отношении признание и уважительное отношение к Третьему рейху, надеясь избежать таким образом унификации своих обществ и союзов. На первых порах эти надежды, казалось, оправдывались: национал-социалисты терпимо относились к росту католических обществ в 1933 и 1934 годах и даже содействовали возрастанию числа верующих и открытию католических церковных школ. Что касается евангелической церкви, то, если не считать относительно малочисленных групп либеральных теологов и верующих социалистов, подавляющая часть ее одобрительно, а порой даже с энтузиазмом отнеслась к разрушению демократии и установлению национал-социалистического режима. Это объяснялось не только традиционной в евангелической церкви политически и религиозно аргументируемой покорностью начальству, но также ее религиозно окрашенным превозношением немецкой нации и презрением к социализму и демократии. Однако попытки организационной унификации 28 евангелических церквей отдельных земель, предпринятые некоторыми национал-социалистами в начале 1933 года, не достигли цели. «Государственный комиссар по делам земельных евангелических церквей» Август Егер, назначенный на эту должность уже 24 июня 1933 года, был отозван с нее, когда некоторые священники, объединившиеся в «движение молодых реформаторов», и прежние руководящие учреждения церкви заявили протест против такой тотальной формы унификации, вызвавшей даже критику президента фон Гинденбурга.
Впрочем, этот конфликт завершился весьма выгодным для национал-социалистов компромиссом, поскольку была достигнута договоренность, что вопрос о форме и устройстве евангелической церкви в Третьем рейхе должны решать сами общины.
На церковных выборах, срочно организованных 23 июля и поддержанных всем аппаратом пропаганды НСДАП, «Немецкие христиане» получили значительно больше 60% поданных голосов. Казалось, таким образом внутри евангелической церкви завершился захват власти «снизу», поскольку основанное лишь в 1932 году национал-социалистское движение «Немецких христиан» (которые часто сами себя называли «штурмовиками Иисуса Христа») имело теперь большинство голосов в церковном руководстве почти всех немецких общин. Это движение последовательно использовало свое большинство, чтобы унифицировать отдельные евангелические церкви не только в организационном, но и в идеологическом отношении. В церквях различных земель – например, 5 сентября в Старопрусском союзе – был принят «арийский параграф», предусматривавший исключение «неарийских» священников и церковных служащих. 27 сентября Людвиг Мюллер, доверенное лицо Гитлера, был выбран «имперским епископом», то есть верховным главой всех евангелических церквей. Но когда 13 ноября 1933 года «Немецкие христиане», собравшиеся в берлинском Дворце спорта, потребовали, чтобы с этого момента более не почитались Ветхий Завет и послания апостола Павла, как продукты еврейского духа, то даже консервативные и «национально мыслящие» протестанты не согласны были принять после политической унификации еще и эту «теологическую аризацию». Возникло движение протеста, мотивируемое сначала чисто теологически, которое было выражено основанным уже 11 сентября 1933 года «Чрезвычайным союзом священников» и, наконец, воспринято и организовано «Церковью исповедания». Отсюда возникло церковное Сопротивление, принявшее у некоторых представителей «Церкви исповедания» сознательно политический характер, – что у других произошло скорее против их воли.