Длительное морское плавание заставило Кондратенко окончательно прийти к выводу, что военный организм Русского государства тяжело болен и нуждается в радикальном лечении. Новых методов обучения и воспитания требовали не только нижние чины, но и офицеры. Офицерство, большей частью погрязшее в пьянстве, с тупой жестокостью насаждало в ротах изуверские порядки. Зуботычина стала единственным аргументом в обращении с солдатами. С горечью отмечал Роман Исидорович, как постепенно расширяется пропасть между командирами и нижними чинами. Солдаты, озлобленные побоями, темные, неграмотные, как тяжелый крест несли нелегкую службу. Длительное совместное пребывание на ограниченном пространстве парохода скоро дало понять ему, что в полку не так благополучно, как казалось раньше.
Кондратенко ввел с первого дня плавания обязательные занятия в солдатских школах. Но встречены они были большинством офицеров в штыки. Открыто никто не высказывал неудовольствия. Однако, проверяя занятия, Кондратенко видел, что начальники, особенно штаб-офицеры, проводят их кое-как. Выводы командир полка сделал самые решительные и незамедлительные. Не ограничиваясь взысканиями, он сам брался за некоторые занятия, устраивал показательные уроки. Предметом обсуждения делалось все — география экзотических стран, мимо которых проходил пароход, очерки по русской истории. Но больше всего времени уходило на изучение основ грамоты, простейших правил счета. Не забывал командир полка и об офицерах. Организовал некоторое подобие лекторской группы, в которую привлек всех командиров батальонов и наиболее грамотных офицеров. Начались лекции по истории военного искусства, тактике, основам фортификации, топографии. Вместе с регулярными занятиями по командирской подготовке они значительно оживили монотонную морскую жизнь. Роман Исидорович видел, что его полк — только небольшая частица сложного военного организма, который вовсе не намерен изменяться по прихоти какого-то дотошного полковника. Становилось муторно на душе, опускались руки, и только многолетняя привычка к труду и ненависть к праздности заставляли продолжать начатое дело.
Сокровенными мыслями Роман Исидорович делился с самым близким человеком — женой: «…Два месяца пребывания на пароходе познакомили меня с нашими офицерами несравненно более, чем четырехлетнее командование полком. Вывод мой — не дай бог нашим детям служить даже в лучшем армейском полку: узкие взгляды, перемешивающиеся с самонадеянностью, не знающие во многих случаях границ, дают такую атмосферу, среди которой воспитанному и более широко развитому человеку приходится жутко, если он подчиненный или товарищ, а если начальник, как был на пароходе я, то он осужден на полное одиночество и недоброжелательство, а при малейшей снисходительности не гарантирован и от нарушения дисциплины. Один офицер после нескольких сделанных ему мною замечаний по службе позволил себе просто отвернуться при встрече со мной. Я остановил его и, конечно, немедленно, по приезде, доложил генералу, который и прикомандировал его к другому полку, командиру которого было написано соответствующее письмо».
Почти двухмесячное путешествие через моря и океаны так и закончилось для Сувалакского полка ничем. Восстание было жестоко подавлено еще до прибытия полка в порт назначения. Осенью того же года полк отправили на старые квартиры уже по железной дороге.
Совершив кругосветное путешествие, Роман Исидорович вернулся домой разбитым, усталым физически и морально. Однако надо было приводить полк в порядок, налаживать хозяйственную часть, организовывая боевую подготовку. Болезненный, усталый вид мужа, его постоянное мрачное настроение расстроили Надежду Дмитриевну. Заручившись поддержкой братьев Романа Исидоровича, она стала уговаривать мужа просить отпуск для подкрепления здоровья. В конце концов Кондратенко подал рапорт, но тут из Главного штаба пришел запрос о возможности откомандирования полковника Кондратенко в распоряжение штаба Приамурского военного округа. В Хабаровске появилась свободная вакансия дежурного генерала при штабе, и старый друг, генерал Соболев, советовал Роману Исидоровичу в частном письме незамедлительно соглашаться.
В январе 1901 года полковник Кондратенко был произведен в генерал-майоры с назначением дежурным генералом Приамурского военного округа.
Округ занимал в то время обширнейшую территорию Восточной Сибири и Дальнего Востока, а воинских формирований имел мало. Воинские части располагались друг от друга на большом расстоянии и были трудно управляемы. Уссурийское, Амурское и Забайкальское казачьи войска несли, по сути дела, пограничную службу. В Маньчжурии и на Квантунском полуострове еще только началось формирование гарнизонов. Штаб округа вот уже шесть лет занимался разработкой плана боевых действий на Дальнем Востоке на случай войны с Японией. С этим планом и пришлось столкнуться Кондратенко в начале службы в штабе округа.