В начале сентября ВС Азербайджана, после острой дискуссии о характере вооруженных формирований, наконец, принял закон о создании Национальной Армии. Было решено национализировать все оружие и имущество Советской Армии, находящиеся на территории Азербайджана, создать оборонную промышленность и начать призыв в свою армию. Исполнение этого ВС поручил созданной для этих целей комиссии, которая направила на места письма с перечислением мер, надлежащих к исполнению. На деле руководители местных советских органов как огня боялись командиров воинских частей, дислоцированных на вверенной им территории. Для перелома ситуации, по инициативе Араза Ализаде, поддержанной Эльмирой Кафаровой, был создан Республиканский Совет Обороны (РСО) во главе с президентом Муталлибовым, куда вошли четверо представителей оппозиции (Араз Ализаде, Этибар Мамедов, Рагим Газиев и Тахир Алиев) и четверо управленцев и снабженцев из числа хозяйственной номенклатуры. РСО было выделено здание Кировского райкома партии, куда часто вызывались нерадивые руководители, саботирующие решение ВС о создании оборонного потенциала страны и строительстве Национальной Армии. По этой причине доступ Араза Ализаде к президенту Муталлибову облегчился, и он, зная о том, что Ельцин и Назарбаев собирают в Железноводске президентов Азербайджана и Армении для подписания некоего важного документа, попросился в делегацию. По рассказам Араза Ализаде, Тамерлана Гараева и Эльдара Намазова, входивших в делегацию, прилетевшие из Еревана вместе с Левоном Тер-Петросяном Ельцин и Назарбаев привезли с собой проект документа, грубо попирающий суверенные права Азербайджана. Делегация сообщила Муталлибову, что после подписания подобного документа он может просто не возвращаться в Баку. Муталлибов, несмотря на недовольство Ельцина, у которого днем была назначена встреча в Москве с премьер-министром Италии, настоял на доработке документа. Процесс доработки продлился до позднего вечера, но завершился общим согласием всех сторон. По соглашению, контроль над соблюдением законности в НКАО должны были осуществлять совместно российские, казахские и азербайджанские военные силы. После этого российские и казахские офицеры и генералы стали приезжать в Баку для совместных выездов в НКАО.
РСО добился разработки и испытания первых образцов пистолетов-пулеметов, минометов, начал налаживать активные и плодотворные контакты с Министерством обороны России. Это опыт сотрудничества власти и оппозиции оказал плодотворное влияние на общую атмосферу в стране: накал враждебности начал ослабевать. Муталлибов начал привлекать для работы во властных структурах отдельных членов НФА. Кандидат экономических наук Али Масимов из академического Института экономики был назначен заведующим отделом Совмина, куда он привел группу своих единомышленников, известный литератор Сабир Рустамханлы получил пост председателя Комитета по делам печати и информации. Двери были открыты для сотрудничества со всеми конструктивно настроенными членами Фронта. Боевой пыл и накал недовольства фронтистов постепенно угасал. Эльчибей, в начале сентября распустивший Правление и назначивший некоторых видных деятелей НФА своими заместителями, добился принятия решения, по которому фронтисты могли занимать должности в госаппарате только с разрешения НФА, т. е. Председателя. В такой ситуации успешная деятельность РСО, усиление оборонного потенциала страны был ножом в сердце тех, кто считал своей главной задачей не защиту Карабаха, не достижение национального согласия, не укрепление независимого и стабильного Азербайджана, а углубление пропасти между Муталлибовым и народом, захват власти и получение возможности удовлетворять свои низменные инстинкты: повелевать, богатеть, мстить…