Подобная деятельность лидера движения Багаутдина Ваисова вызывала опасения властей и в конце 1870-х — начале 1880-х годов он неоднократно привлекался к судебной ответственности по гражданским и уголовным искам, обследовался психиатрами. В январе 1885 года руководителя «секты» с группой его сподвижников арестовали. Оказавшие властям сопротивление ваисовцы были осуждены и высланы из города, а руководитель общины признан душевнобольным и помещен в психиатрическую клинику Казани, где и умер. Впоследствии дело Багаутдина Ваисова продолжили его ученики и последователи — Габдуллатиф Халитов, Шигабутдин Сайфутдинов, Назмутдин Ижбаев (в 1880–1920-х годах), а в начале XX столетия во главе движения встали подросшие сыновья Ваисова Гайнан (в 1905–1918 годах) и Газизян (1918 — начало 1920-х годов).
Движение, помимо Казани, распространялось в населенных пунктах ряда уездов Казанской и Симбирской губерний, в меньшей степени — в Нижнем Поволжье, Сибири и Средней Азии. Наибольшее распространение идеи Ваисова получили среди социальных низов — татарских крестьян, ремесленников, мелких торговцев. Общее число последователей движения составляло от двух до пятнадцати тысяч человек.
В начале XX столетия движение приобретает ярко выраженный политический характер. Эта эволюция произошла под руководством одного из сыновей Багаутдина, Гинанутдина (Гайнана) Ваисова (8.11.1878 — 28.2.1918). В молодости он занимался розничной торговлей, жил в Казани, Симбирске и Средней Азии (г. Мерв). За сопротивление полиции в 1903 году был приговорен к годичному тюремному заключению, которое отбыл в ашхабадской тюрьме. В начале 1905 года Гайнан вернулся в Казань, на волне революционного подъема возродил общину и провозгласил себя «сардаром». Примечательно, что ни Гайнан Ваисов, ни другие ученики и последователи Багаутдина не могли претендовать на полную титулатуру основателя ваисовской общины, особенно в отношении суфийских титулов (
Пик активности ваисовцев пришелся на 1905–1909 годы, когда под руководством Гайнана они восстановили собственный молитвенный дом в Ново-Татарской слободе, учредили автономную от ОМДС религиозную общину и канцелярию с собственными метрическими книгами и казной. Г. Ваисов принял титул «сардар» и в 1908 году предпринял поездку в Санкт-Петербург в надежде получить аудиенцию императора. Одновременно лидер ваисовцев устанавливает контакты с Л. Толстым, входит с ним в переписку, просит денег для покупки земли и основания в Свияжском уезде Казанской губернии булгарской общины. С целью официально легализовать свое движение в 1908–1909 годах руководители общины разрабатывают «Устав относительно военных молитвенников», обсуждают возможность проведения в 1910 году съезда мусульман-староверов, для пропаганды своих идей намереваются издавать собственный журнал. В многочисленных прошениях, поданных в эти годы, формулируются основные требования ваисовцев: признание автономности своей религиозной общины, освобождение староверов-мусульман от воинской повинности по религиозным мотивам, отказ от наименования «татарин», отказ от уплаты большинства податей и налогов (за исключением налога на землю). Эти требования оцениваются властями как явный политический вызов, а действия сектантов вызывают серьезные опасения в возникновении нового альтернативного и неуправляемого сообщества.
В 1909 году в отношении ваисовцев начались расследования, завершившиеся судебным процессом 1910 года. Из четырнадцати подсудимых одиннадцать были признаны виновными в создании и принадлежности к преступному сообществу, «поставившему себе целью неподчинение распоряжениям правительства», и осуждены на различные сроки тюремного заключения (от двух до четырех лет). Руководитель движения Г. Ваисов после отбытия тюремного заключения был сослан на поселение.