Интерес Уайны Капака к крупномасштабной архитектуре не иссяк с завершением строительства Саксауамана. Он много ездил по своим владениям, и «куда бы он ни приезжал, везде приказывал строить жилища и крепости, проекты же чертил собственной рукой». Треугольная площадь в Уайна Капак унаследовал от отца упорядоченное и покорное владение. Единственная реальная оппозиция инкскому правлению исходила, похоже, лишь с только что завоеванного севера. Присоединение к империи народа кито в Эквадоре, столь же развитого и столь же воинственного, как и инки, Прескотт описывает как «наиболее важное приообретение, сделанное со времен основания династии Манко Капака». Важнейшими из результатов его правления были введение языка кечуа в качестве основного, развитое земледелие и завершение строительства Андского шоссе от Кито до Куско. И все же Уайна Капак провел значительную часть своего тридцатичетырехлетнего правления на севере. К моменту своей смерти в 1527 году он находился в Кито с двумя своими лучшими военачальниками, Кискисом и Чалькучимой, вместе с самыми опытными и закаленными воинами империи.
Прескотт утверждает, что Уайна Капак сам разделил империю. Некоторые хронисты утверждают, напротив, что он умер, не назначив наследника. Как бы то ни было, империя оказалась расколота, Атауальпа взял во владение новые территории на севере, Уаскар – остальную часть империи с центром в Куско. «Уаскар был сыном Уайны Капака, так же как Атауальпа. Уаскар был младшим, Атауальпа старшим. Уаскар был сыном Койи, сестры его отца; Атауальпа был сыном женщины из Килаки по имени Тапак Палья. Оба они родились в Куско, а не в Кито, как кое-кто говорил и даже писал, не зная фактов». Далее Сьеса де Аеон пишет, что «это подтверждается тем фактом, что Уайна Капак был занят завоеванием Кито и тех земель около двенадцати лет, а Атауальпе было за тридцать, когда он умер». И он добавляет: «Уаскар родился в Куско, и Атауальпа был на четыре или пять лет старше его. Это правда, и я в это верю». Тем не менее предположение, что Атауальпа родился на севере, возможно, в самом Кито, до сих пор окончательно не опровергнуто.
Уаскар неизбежно должен был унаследовать борла, непосредственно королевские владения, ибо он являлся, без сомнения, законным наследником и в момент смерти отца находился в Куско, в окружении всей бюрократической имперской знати. Атауальпа, с другой стороны, был в Кито с отцом, когда тот умер. «Он был хорошо сложен для индейца, с хорошей осанкой, не слишком коренастый, приятной внешности и с серьезным лицом…» Сьеса де Аеон пишет: «Атауальпа был любим старыми военачальниками его отца и солдатами, поскольку еще ребенком ходил с ним на войну, и потому что Уайна Капак так любил его, что не позволял есть ничего, кроме того, что он оставлял на своей тарелке. Уаскар был милосерден и набожен; Атауальпа беспощаден и мстителен; при этом оба бывали великодушны, но Атауальпа был человеком большей целеустремленности и предприимчивости».
Трудно сказать, что было на уме у Уайны Капака, сам ли он поделил империю таким образом или позволил этому произойти, так и не назвав своего преемника. В последние несколько лет его жизни плававшие на бальсовых плотах торговцы и путешественники рассказывали ему о том, что происходит на севере за пределами его империи. Как бы ни были неточны результаты подобной разведки, император не мог оставаться в полном неведении об опасности, возникшей в связи с походом испанцев в Мексику и на юг на Дарьей. До него должны были доходить и рассказы о бороздящих моря кораблях, везущих бородатых людей. Гарсиласо полагает, что им владели дурные предчувствия и что, подобно Моктесуме, он стал свидетелем многих дурных предзнаменований. Например, его мудрецы предвещали катастрофу, когда орел упал с небес после атаки канюков во время праздника Солнца.
«Последовали землетрясения такой необычайной силы, что огромные скалы раскалывались на части, а горы падали. Море стало яростным, затопило берега и захватило землю, причем небеса рассекали многочисленные кометы, сея ужас. Мистический страх охватил [людей] по всему Перу, когда однажды необычно ясной ночью новая луна появилась с ореолом из трех больших колец; первое было цвета крови, второе зеленовато-черное, а третье, казалось, было сделано из дыма».
Предсказатели утверждали, что кольцо цвета крови предрекает войну между потомками Инки, и добавляли: «Черное кольцо угрожает нашей религии, нашим законам и империи, которая не переживет этих войн и смерти твоих людей; и все, что ты сделал, и все, что сделали твои предки, исчезнет в дыму, как показывает третье кольцо».