Основу для создания новых законов в Перу дало законодательство более старых колоний, в особенности Мексики, или Новой Испании, где злоупотребления в системе encomiendas, введенной Кортесом и поддерживаемой всеми представителями короны в качестве единственного средства удовлетворить потребности поселенцев в рабочей силе, сделали законодательный контроль необходимым. Совет по делам Индий первоначально основывался на бюрократической машине, созданной единолично епископом Фонсекой. Он был назначен главой соответствующего комитета Совета Кастилии вскоре после первого путешествия Колумба и в 1503 году учредил Палату по делам Индий для регулирования торговли, навигации и заселения Нового Света. Этот прототип колониальной администрации со штаб-квартирой в Севилье ко времени вступления на престол Карла был уже достаточно хорошо отлажен, чтобы расширить его до полномасштабного правительственного департамента. В 1524 году управление колониями перестало быть прерогативой одного человека; образовался комитет из шести советников и секретаря. Под руководством таких сильных личностей, как канцлер Соваж и кардинал Адриан, новоиспеченный Совет по делам Индий приобрел достаточное влияние, чтобы начать оспаривать властные полномочия людей, завоевавших эти земли для своего короля. Применялись обычные бюрократические методы – огромное количество законов, налогов, чиновников и бумаг. Волокита, черствость и произвол чиновников были вопиющими. Случай Ваки де Кастро вполне типичен. Если бы через его голову не назначили вице-королем Нуньеса Велу, его разумное управление Перу, вполне возможно, спасло бы страну от последовавшей анархии. Тем не менее после возвращения в Испанию он был арестован и провел двенадцать лет в тюрьме, прежде чем с него были сняты все выдвинутые против него откровенно ложные обвинения. Отношения Совета с Кортесом еще более показательны. Последние страницы «Истории» Гомары читать грустно.
Кортес умер 2 декабря 1547 года в возрасте шестидесяти трех лет, жалким больным стариком, безнадежно пытающимся добиться от правительства компенсации за нанесенные ему обиды. Произошедшая с ним перемена поразительна в сравнении с той абсолютной властью, которой обладал этот человек после падения Те-ночтитлана двадцать пять лет назад. На примере Кортеса мы ясно видим, как зависть способна очернить, а безликая официальная «политика» окончательно погубить репутацию великого человека. Кортес вполне мог сделать то, что сделал Писарро и в замышлении чего обвиняли его недоброжелатели при императорском дворе: он мог основать независимое королевство, ибо в 1524 году он контролировал большую часть Центральной Америки; и индейцы, и испанцы подчинялись ему как абсолютному правителю. Взамен этого он, под влиянием семейного воспитания и врожденной верности своего класса короне, подчинялся законам, сносил от присланных из Испании выскочек многочисленные унижения и добивался лишь законного вознаграждения. Отчасти это была его собственная ошибка, ибо когда в Гондурасе взбунтовался Олид, он решил сам повести свои войска, вместо того чтобы поручить усмирение мятежников одному из своих капитанов. «Я подумал, что сам я давно нахожусь в бездействии», – написал он в начале своего пятого письма императору. Дух конкисты, очевидно, не давал ему покоя, но в то же время он, возможно, ощущал схожесть действий Олида и собственного своего поведения в отношении Веласкеса. Отсутствовал он почти два года, и только известие о раздорах между оставленными в Мехико офицерами помешало ему отправиться походом в Никарагуа, а возможно, и дальше на юг в поисках приключений. Эти два года метаний подорвали не только здоровье Кортеса, но и его положение в целом. Слухи о его смерти и доклады о хаосе в Мехико посеяли сомнения и даже серьезные подозрения в умах Карла и его советников. В результате Совет по делам Индий рассмотрел назначение губернатором на его место Диего Колумба.
К счастью для Кортеса, именно в этот момент Диего де Сото привез в Испанию значительные ценности, собранные перед походом Кортеса в Гондурас. «Посылаю в дополнение, – писал Кортес в своем четвертом письме к императору, – серебряную голубку, отлитую из 24,5 центнера серебра, которая обошлась мне в 24 500 песо за металл». Она была украшена изображениями Феникса и надписью, возможно слишком откровенной: «Никто не властен над этой птицей от рождения, никто не властен над тобой на земле, никто не властен над величием моей службы». Голубка отправилась на переплавку в угоду вечно алчущему казначейству Карла, однако сокровища сделали свое дело. Назначение Колумба не было подписано; вместо этого в Америку отправился Понсе де Леон в качестве судьи residencia, королевской комиссии по расследованию, а также в качестве губернатора. Он умер почти сразу же по прибытии в Мехико, и как и в случае со смертью Гарая, Кортеса обвинили в отравлении. Последовавшие затем унижения вынудили его удалиться из города в свои имения в добровольное изгнание.