В апреле 1932 года окончил курсы усовершенствования при ВПШ ОГПУ и более года преподавал спецдисциплины в 3-й пограншколе ОГПУ в Москве. С июля 1938 года — начальник 24-го пограничного отряда в Олевске.
20 мая 1939 года назначен начальником 5-го отдела и одновременно заместителем начальника Управления погранвойск НКВД УССР.
После освобождения Западной Украины в ноябре 1939 года стал начальником УНКВД по Станиславской области, однако вскоре возвращается на прежнюю должность в Управление погранвойск НКВД УССР.
С 1 апреля 1941 года — заместитель наркома госбезопасности УССР и одновременно начальник 1-го (разведывательного) управления НКГБ УССР. При этом с середины сентября 1941 года фактически возглавлял НКВД Украины, поскольку нарком В. Т. Сергиенко, попав в окружение под Киевом, проявил растерянность и трусость и больше двух месяцев скрывался в оккупированном Харькове, прежде чем вышел в расположение советских войск.
С мая 1943-го по август 1949 года являлся наркомом (с марта 1946 года — министром) госбезопасности Украины. В июле 1945 года присвоено звание генерал-лейтенанта. В августе 1949 года переведен на руководящую работу в центральный аппарат советской внешней разведки.
Следует подчеркнуть, что в послевоенный период объем задач, поставленных перед внешней разведкой нашей страны, значительно возрос, география ее деятельности расширилась. В новых условиях возросла и значимость добываемой разведкой информации. Крайне важно было вскрыть секретные военно-политические планы США и Англии в отношении Советского Союза, осветить ход англо-американских переговоров, касающихся действий на случай военного столкновения с СССР, разработку планов перевооружения, создания военно-политических блоков. Но главная задача внешней разведки в послевоенные годы, поставленная руководством страны, состояла в том, чтобы держать в поле зрения подготовку военного нападения на Советский Союз с применением ядерного оружия. А такие планы, как показывала полученная разведкой в те годы информация, активно разрабатывались военными кругами США и Англии.
Для решения столь важных задач требовалось совершенствование разведки, ее структуры, организации управления ее деятельностью и методов ведения работы. В 1947–1953 годах имела место структурная перестройка военной и политической разведок, направленная на повышение эффективности их деятельности и поиск оптимальных форм управления в условиях нарастания конфронтационных тенденций.
30 мая 1947 года Совет министров СССР принял постановление о создании Комитета информации (КИ) при Совете министров СССР, на который возлагались задачи политической, военной и научно-технической разведки. Единый орган разведки возглавил В. М. Молотов, бывший в то время заместителем председателя Совета министров СССР и одновременно министром иностранных дел. Его заместителем, который занимался участком внешней разведки, был назначен опытный чекист, в прошлом руководивший работой разведывательных и контрразведывательных подразделений органов госбезопасности, Петр Васильевич Федотов.
Однако время показало, что объединение столь специфичных по методам деятельности военной и внешнеполитической разведок в рамках одного органа при всех преимуществах затрудняло процесс управления их работой. Уже в январе 1949 года правительство приняло решение о выведении из Комитета информации военной разведки и возвращении ее в Министерство обороны.
В августе 1949 года Комитет информации был передан под эгиду МИДа СССР. Руководителем КИ при МИДе СССР стал новый министр иностранных дел А. Я. Вышинский, а позднее — заместитель министра иностранных дел В. А. Зорин.
19 сентября 1949 года первым заместителем председателя КИ, отвечавшим за текущую оперативную работу внешней разведки, был назначен Савченко.
В ноябре 1951 года правительство приняло решение об объединении внешней разведки и внешней контрразведки под руководством Министерства государственной безопасности (МГБ) СССР и создании за границей единых резидентур. Комитет информации при МИДе СССР перестал существовать. Внешняя разведка стала Первым главным управлением МГБ СССР, которое возглавил С. Р. Савченко. Одновременно он стал заместителем министра госбезопасности и членом Коллегии МГБ СССР.
На период его руководства советской внешней разведкой приходится приобретение ею нескольких наиболее ценных источников информации послевоенных лет.
Так, в конце 1950 года в Германии был привлечен к сотрудничеству западный немец журналист Хайнц Фёльфе. На встрече с представителем Центра в августе 1951 года в Восточном Берлине перед ним была поставлена задача предпринять шаги по устройству на службу в организацию Гелена — разведывательную структуру, действовавшую на территории Германии с 1946 года и находившуюся под контролем США. Напомним, что в апреле 1956 года руководство ФРГ создало на базе организации Гелена самостоятельное ведомство — Федеральную разведывательную службу Германии.