Историк Анатолий Горин, изучавший деятельность А. С. Панюшкина в Китае в тот период, в одной из своих работ отмечал:
«Главный резидент, он же Полномочный представитель Советского Союза А. С. Панюшкин, приложил много усилий для предотвращения конфронтации между Гоминьданом и компартией, а также недопущения гражданской войны в стране в 1940–1941 годах.
Руководимые им разведчики не только полно и своевременно информировали Центр об основных проблемах внешней и внутренней политики Китая, деятельности в стране представителей основных стран Запада и Японии, но и за полтора месяца до нападения Германии на СССР получили и направили в Москву оперативный план германского Верховного командования о главных направлениях продвижения немецких войск в войне против СССР, полученный агентурным путем у германского военного атташе. Главная задача резидентур внешней разведки на Дальнем Востоке в конце 1930-х — начале 1940-х годов — не просмотреть возможность нападения Японии на Советский Союз — не снималась с повестки дня до середины 1943 года. Руководимые А. С. Панюшкиным резидентуры успешно справились с этой задачей. За работу в Китае А. С. Панюшкин был награжден орденом Ленина».
К этому следует добавить, что в период работы Панюшкина в Китае за достигнутые результаты в разведывательной деятельности государственных наград СССР были удостоены практически все сотрудники чунцинской резидентуры.
По командировке в Китай Панюшкин характеризовался руководством разведки как самоотверженный, целеустремленный и деятельный работник, тонкий дипломат, хороший организатор и умелый руководитель, чуткий и внимательный товарищ.
А один из ветеранов разведки, в самом начале своей оперативной деятельности работавший под его руководством в чунцинской резидентуре, позже вспоминал:
«Он был энергичным, обаятельным человеком, требовательным к себе и другим. Простота, скромность, принципиальность, чуткость и внимание к людям, особенно к молодым сотрудникам, снискали ему большое уважение коллектива советской колонии в Чунцине».
Возвратившись в Москву в сентябре 1944 года, А. С. Панюшкин был переведен на работу в аппарат ЦК ВКП(б). Занял должность 1-го заместителя заведующего отделом международной информации ЦК партии и проработал на ней до мая 1947 года.
В мае 1947 года вновь возвратился на работу во внешнюю разведку и был назначен главным секретарем Комитета информации при Совете министров СССР, как тогда она называлась.
В октябре 1947 года направляется Чрезвычайным и Полномочным Послом СССР в США и одновременно становится главным резидентом советской внешней разведки в этой стране. В 1948–1953 годах являлся также представителем СССР в Дальневосточной комиссии.
Предоставим слово историку Анатолию Горину:
«Выбор кандидатуры А. С. Панюшкина не был случайным. В связи с предательством источника советской внешней разведки в США Элизабет Бентли и бегством в Канаду шифровальщика ГРУ Игоря Гузенко в Соединенных Штатах разворачивалась антисоветская кампания. Было необходимо не только принять меры по нейтрализации ущерба, нанесенного разведывательной деятельности в этой стране, но и не допустить разрыва дипломатических отношений между двумя странами, к чему призывали ультраправые элементы в США».
Резидент Панюшкин в этих сложных условиях предпринял энергичные меры к тому, чтобы свести к минимуму потери разведки, обеспечивая в то же время Центр необходимой разведывательной информацией. В этот же период он руководил операцией по получению документации на разработку атомной бомбы и ее усовершенствованию.
В июле 1952 года возвратился в Москву и сразу же получил назначение на должность посла СССР в Китайской Народной Республике. На этот раз он не совмещал дипломатическую должность с разведывательной работой. В Китае находился до мая 1953 года.
После ареста Берии в июне 1953 года назначен на должность начальника Второго главного управления (ВГУ) МВД СССР, как тогда называлась внешняя разведка.
Руководя внешней разведкой, обращал особое внимание подчиненных на аккуратность и добросовестность в работе над информационными документами. Лаконизм, четкость формулировок, максимальная достоверность фактов, ясность и краткость выводов — вот что ценил в документах Панюшкин. Ветераны Службы отмечали, что стиль его руководства внешней разведкой оказывал самое благотворное влияние на организацию ее работы.
«Мне довелось работать вместе с А. С. Панюшкиным три года, — вспоминал позже А. М. Сахаровский, будущий многолетний руководитель советской внешней разведки. — Это был обаятельный человек, опытный руководитель, прошедший большую школу партийно-политической работы. Как политический работник он хорошо знал, какая информация нужна директивным органам. При Александре Семеновиче мы начали перестройку информационной работы, у нас укрепились хорошие деловые и товарищеские отношения в коллективе внешней разведки. Все это положительно влияло на повышение результативности в работе».