С захватом Константинополя в 1453 г. турками-османами турецкое господство постепенно распространяется не только на Ближнем Востоке, но и в Юго-Восточной Европе и на африканском континенте. В 1517 г. Египет стал одной из провинций Османской империи. Во главе его стояли присылавшиеся из Стамбула паши, которые опирались на размещенные в стране янычарские корпуса.
В целом османы были более веротерпимыми, чем правившие до них мамлюки; в Египте же положение христиан было наиболее благоприятным по сравнению с другими провинциями. Иноверцы часто играли заметную роль в жизни государства.
Но все же жизнь Александрийской Церкви в период турецкого господства мало чем отличалась от предыдущего периода тысячелетнего господства мусульман в Египте. Своей немногочисленной паствой управлял фактически сам Патриарх, при котором иногда был еще один архиерей. Духовенство было малограмотным. Александрийская Церковь имела, один храм в Александрии (в монастыре св. Саввы), один в Рахитии (Розетте), один в Дамиетте и четыре в Каире. Кроме того, было два монастыря — св. Саввы в Александрии и вмч. Георгия в Каире, где размещалась резиденция Патриарха. Посетивший в 1657 г. Египет русский монах Арсений Суханов сообщал, что в Каире постоянно живут 600 православных арабов и греков.
Из-за малочисленности православного населения Александрийская Церковь постоянно находилась в тяжелом финансовом положении и жила только благодаря поддержке других Восточных Патриархов и помощи православных государств, прежде всего России.
Включение Египта в состав Османской империи значительно усилило связи между Александрийским престолом и другими Восточными Патриархатами. Многие Патриархи едва ли не большую часть своего правления проводили за пределами Египта, принимая участие в делах Константинопольской Церкви или собирая милостыню на поддержание своего престола в Дунайских княжествах. С 1517 по 1846 г.г. Александрийские Патриархи имели свою резиденцию в Фанаре (Стамбул).
К эпохе Патриарха Иоакима относятся первые контакты Александрийского Патриархата с Россией. В 1523 г. он направил делегацию в Москву к царю Василию I с просьбой оказать материальную помощь Александрийской Церкви, а в 1556 г. посольство Патриарха и Синайского архиепископа с аналогичными целями отправилось к Ивану IV Грозному; помимо прочего Иоаким ходатайствовал перед царем об освобождении из-под ареста преп. Максима Грека. В обоих случаях помощь была оказана. Грозный передал щедрые денежные пожалования всем Восточным Патриархам через своего посланца Василия Позднякова, который в 1559 г. встречался в Египте с Патриархом Иоакимом и оставил описание состояния Православия на Востоке. В течение полутора столетий после этого Александрийский Патриархат поддерживал достаточно тесные связи с Москвой, получая из России значительные пожертвования.
Одной из проблем этого времени становится усиление католической и протестантской пропаганды в Восточном Средиземноморье. Определенную роль в противодействии ей сыграл уже упоминавшийся Патриарх Кирилл Лукарис (1601–1620). Он некоторое время (с 1612 г.) временно управлял Константинопольской Церковью, но по проискам католиков вынужден был покинуть Константинополь. Но после кончины Вселенского Патриарха Тимофея II (4 ноября 1620 г.) Синод Константинопольской Церкви единогласно избрал «добродетелью и мудростью известного» Кирилла Лукариса, а на Александрийский престол был избран Герасим Спарталиотис (1620–1636).
Летом 1798 г. в Египет вторглась французская армия во главе с Наполеоном Бонапартом, который 2 июля занял Александрию, а через пять дней вступил в Каир. В стране установился оккупационный режим. Несмотря на происламские декларации генералов Бонапарта, мусульманское население относилось к захватчикам настороженно и враждебно. В то же время местные христиане стали надежной опорой новой власти.
В начале XIX в. Александрийскую патриаршую кафедру занимал Парфений I Панкостас (1788–1804), родом с о. Патмоса, бывший протосинкелл Константинопольской Патриархии. Время его патриаршества пришлось на довольно трудную эпоху в жизни египетских христиан.
Во время антифранцузских восстаний в Каире и Дамиетте толпы мусульман громили христианские кварталы, убивая их жителей. После ухода французских войск из Египта османские власти стремились не допустить волны погромов христиан; казни и конфискации имущества христиан, сотрудничавших с французами, не носили массового характера. Однако удержать порядок в стране не удалось, и в 1801–1805 г.г. Египет был охвачен гражданской смутой. Спасаясь от насилия, Патриарх Парфений II в конце 1804 г. вынужден был бежать на Родос, где и скончался в 1805 г.
Победителем в этой междоусобной борьбе оказался албанский военачальник Мухаммад Али (1805–1849). Ему удалось уничтожить главную оппозиционную силу — мамлюков (1811). Он провел масштабные реформы в экономике и военном деле, в результате которых Египет на некоторое время превратился в региональную сверхдержаву.