Новый глава Церкви был избран с соблюдением этих условий. Это произошло 11 февраля 1935 г. Новым Патриархом стал митрополит Ермупольский Николай V. После выборов Патриарх поручил смешанной комиссии, которая состояла из греков и сирийцев, подробно изучить вопрос о порядке избрания главы Церкви. Комиссия работала долгое время, что привело к запоздалому признанию египетскими властями результатов выборов нового Патриарха, что произошло лишь в марте 1937 г., когда было принято новое правило о выборах главы Александрийской Церкви. В этом правиле говорилось, что православные сирийской диаспоры принимают участие в выборах нового Патриарха на равных правах.
Патриарх Николай был ревностным последователем принципа соборности в управлении Церковью. Он с неутолимой энергией трудился над переустройством Патриархии согласно этому принципу. Также большое внимание он уделял церковным учебным заведениям. Ему удалось перевести отношения с египетским правительством в русло сотрудничества и взаимопонимания.
Митрополит Леондопольский Христофор II был избран на патриарший престол 21 июля 1939 г. Поместным собором Александрийской Церкви. Перед избранием он давал обещание заполнить все вдовствующие кафедры Александрийской Церкви, улучшить материальное положение священников и многое другое. Однако новые политические условия, в которых оказался Александрийский Патриархат после окончания Второй мировой войны, когда увеличился поток эмиграции греков в другие страны, особенно в Австралию, привели к сильному сокращению греческой паствы в Египте. Перемены, которые произошли в этом регионе, повергли страну в хаос и привели к утесненному положению греческой диаспоры и Александрийского Патриархата. Таким образом, процветавшая некогда греческая община Египта, которая представляла собой опору Патриархата на африканском континенте, к концу 60-х г.г. XX в. стала насчитывать всего несколько тысяч человек.
Несмотря на это, Патриарх Христофор продолжал энергично трудиться на благо Церкви, преодолевая возникшие трудности. Он смог добиться устранения распрей и раздоров внутри христианских общин, которые на протяжении целых десятилетий будоражили жизнь Церкви.
В вопросе признания Болгарского Патриархата, Патриарх Христофор не поддержал мнение многих других Поместных Церквей, но занял позицию Московского Патриархата. Он принял предложение советского правительства получить компенсацию за конфискованное имущество Александрийской Церкви в советской России.
Египетские власти пытались навязывать школам Патриархата свои учебные программы, но Патриарх смог добиться значительных уступок в пользу Церкви. Его отношение к экуменическому движению было отрицательным, как и к многочисленным протестантским проповедникам, которых он резко осуждал за прозелитизм. Он принимал деятельное участие в возобновлении многих церковных изданий, создании библиотек и составлении учебных программ.
Патриарх Христофор положил основание современной миссионерской деятельности Православной Церкви на африканском континенте. Его первым шагом на этом поприще стала хиротония архиереев в новооснованные епархии Аккры и Иринополя. Ядром нового миссионерского движения стала Уганда, где был создан постоянно действующий миссионерский центр. Последовали хиротонии в иереи из коренных жителей. Было совершено освящение многих новопостроенных храмов. Большой резонанс получило рукоположение трех иереев, до этого бывших активными англиканскими проповедниками. Патриарх Христофор прилагал большие усилия для того, чтобы дети из семей местных жителей воспитывались в греческих школах Александрии, а затем отправлялись на обучение не только на богословском, но и на других факультетах. Целью этого было подготовить молодых людей для последующей миссионерской работы среди местного населения.
Александрийская Церковь принимала участие во Всеправославной конференции, которая состоялась на о. Родос (Греция) в 1961 г.
В последние пятнадцать лет Патриарх Христофор, из-за возникших проблем со здоровьем, не созывал Синод, что в результате привело его к конфликту с епархиальными архиереями. Вместо Синода Патриарх поручил специально им назначенным митрополитам Ермупольскому Евангелию и Иринопольскому Николаю, который впоследствии стал Патриархом, вести часть дел Патриархии. Это вызвало нестроения в управлении Церковью, что привело к появлению оппозиции и вынудило Патриарха в 1968 г. уйти на покой. Некоторое время спустя он скончался.
Патриарх Николай VI столкнулся с проблемой резкого сокращения греко-говорящей паствы в Александрии. Но более серьезной проблемой стали нестроения, возникшие при его предшественнике.