В марте 1910 г. будущий Патриарх принял монашеский сан и был рукоположен во диакона. с июля 1910 г. отец Афинагор служил помощником митрополита Палагонийского Стефана в г. Монастире (современный г. Битола в Македонии), там был рукоположен во архидиакона. В 1912–1918 гг. он служил начальником секретариата Палагонийской митрополии, а после ее перехода в юрисдикцию Сербской Православной Церкви (осень 1918 г.) отправился на Афон, в обитель Келлион (Милопотамос). В марте 1919 г. отец Афинагор был назначен первым секретарем Священного Синода Афинской архиепископии Элладской Православной Церкви. В начале 1920-х гг. он участвовал в процессе создания экуменической комиссии «Вера и церковное устройство». В декабре 1922 г. Священный Синод Элладской Церкви избрал его митрополитом Керкирским и Паксийским, и в том же месяце состоялась архиерейская хиротония. В митрополичьей резиденции Владыки на о. Корфу (Керкира) были открыты медицинский центр и бюро по трудоустройству для греков, переселенцев из Малой Азии и Восточной Фракии.
Митрополит Афинагор принимал активное участие в работе всемирной ассамблеи Христианской ассоциации молодежи YMCA (Хельсинки, 1926 г.) и присутствовал в качестве наблюдателя на VII Ламбетской конференции (июль 1930 г.). В августе 1930 г. Синод Константинопольского Патриархата с согласия Элладской Церкви избрал его архиепископом Нью-Йоркским, экзархом Северной и Южной Америки. Владыка Афинагор придал епархиальным архиереям статус викариев и ввел особый церковно-административный орган – духовно-светские ассамблеи, решения которых при одобрении Патриархии становились обязательными; в 1931 г. вступил в действие новый устав архиепископии для православных христиан греческого происхождения (действовал до 1977 г.). За время управления Владыкой Афинагором архиепископии число общин в ней увеличилось со 119 до 350; в Помфрете (штат Коннектикут) были основаны семинария (1937 г.) и Академия св. Василия (1944 г.) (в 1947 г. их перевели в Бостон, при чем семинария получила название Св. Креста); открывались новые катехизаторские школы; с 1934 г. начал издаваться журнал «Православный обозреватель». Как и ранее на о. Корфу, Владыка ввел полифоническое церковное пение за богослужением; в 1938 г. он принял гражданство США[371]
.Американское руководство считало архиепископа Афинагора наиболее подходящей кандидатурой для нормализации отношений между Грецией и Турцией и для противостояния находившейся под советским влиянием Московской Патриархии. Правда, сначала выбор греческих властей склонялся в пользу бывшего Афинского архиепископа Хрисанфа (Филиппидиса), но затем им пришлось уступить. Так как Владыка Афинагор не был гражданином Турции, его кандидатура противоречила постановлениям правительства о выборах Константинопольского Патриарха, однако, учитывая позицию администрации США, власти Турции допустили его выборы, и префект Стамбула выдал ему турецкий паспорт сразу же после прибытия Первосвятителя в аэропорт[372]
. На кандидатуру Владыки Афинагора также дал согласие представитель Католической Церкви в Нью-Йорке кардинал Спелман.В первые годы своего Патриаршества Афинагор I был настроен резко антикоммунистически. В ноябре 1948 г., еще до интронизации, он заявил по бостонскому радио: «Америка помогает Турции и Греции, так как она знает, что эти два государства должны бороться против дикого зверя, угрожающего человечеству». 7 декабря в издаваемой в Сан-Франциско русской газете «Новая заря» было опубликовано интервью Владыки корреспонденту газеты, в котором говорилось: «Мы, православные, простираем руку дружбы всем религиям, христианским, мусульманским и другим, желающим бороться против коммунизма и других сил, которые борются против свободы совести и основных прав человеческой личности. Если я поеду через Лондон, я переговорю с главой Англиканской церкви. Я был бы весьма счастлив, если бы глава римского католицизма, папа, тоже протянул руку дружеского сотрудничества нам и принял бы нашу руку»[373]
. Подобные заявления отвечали интересам американского правительства, стремившегося объединить Православные Церкви на Ближнем Востоке и Ватикан под флагом борьбы с коммунизмом.27 января 1949 г. на своей интронизации Патриарх снова призвал к сотрудничеству христиан различных направлений и мусульман для борьбы против коммунистической опасности, которая угрожает личной свободе и всему цивилизованному миру[374]
. В этой же речи он заявил: «Мы заблуждаемся и грешим, если думаем, что православная вера сошла с небес, и что другие учения – недостойны. Триста миллионов людей избрали магометанство как путь к Богу, а другие сотни миллионов – протестанты, католики и буддисты. Цель каждой религии – сделать человека лучше»[375]. Патриарх Афинагор также говорил, что всюду будет распространять американский стиль жизни, и все международные проблемы могут быть разрешены с помощью религии.