В это время у Владыки Андрея возникли проблемы с турецкими властями. Болгарский посол в Турции в телеграмме от 23 февраля и письме от 6 марта
1944 г. высказал министру иностранных и религиозных дел Шишманову опасения, что епископ не может руководить наместничеством, так как он не имеет турецкого гражданства. По требованию властей страны экзархия избрала управителем экзаршего имущества турецкого подданного аптекаря Бориса Кирова, который приступил к работе, но вскоре по неизвестным причинам был арестован и интернирован. 27 марта и епископ Андрей сообщил Священному Синоду о возможных притязаниях турецких властей на экзаршее имущество и попросил оказать воздействие на них через болгарское правительство. В связи с арестом Б. Кирова Синод 30 марта решил представить на утверждение турецких органов власти другую кандидатуру управителя экзаршего имущества[438]
.Через несколько месяцев ситуация в данном вопросе временно нормализовалась, однако у епископа Андрея начался острый конфликт с обоими болгарскими священниками в Стамбуле: Романом Петровым и Борисом Астарджиевым (последний до 1941 г. служил настоятелем церкви св. Георгия в Эдирне). В связи с этим конфликтом Владыка даже устроил в экзаршей часовне новый приходской храм, настоятелем которого стал он сам. 12 августа 1944 г. епископ отправил в Синод телеграмму с просьбой об увольнении и отзыве указанных священников в Болгарию. Правда, 11 сентября Министерство иностранных и религиозных дел написало Синоду, что сейчас, во время острой политической ситуации, неуместно менять священников (9 сентября в Болгарии произошел государственный переворот, в результате которого к власти пришло правительство Отечественного фронта), и к тому же турецкие власти не разрешат назначить новых иереев в Стамбул. 28 сентября Синод ответил министерству согласием, но 1 ноября 1944 г. все же был вынужден уволить о. Б. Астарджиева[439]
.На место о. Бориса Синод решил назначить священника Крума Иванова, однако ему отказали в турецкой визе. В этих условиях отцы Роман и Борис продолжали исполнять пастырские обязанности, пока 25 мая 1945 г. о. Б. Астарджиева не арестовала турецкая полиция. Ему предъявили политические обвинения и после нескольких месяцев заключения, к началу августа выслали из Болгарии. Настоятелем же храма-памятника св. Стефана Священный Синод 1 февраля 1945 г. назначил имевшего турецкое подданство протоиерея Иоакима Мустрева. Следует упомянуть также, что в октябре 1944 г. по ходатайству епископа Андрея в приют Русенского православного братства (в Болгарии) были приняты двое сирот из Стамбула, так как там не имелось болгарского приюта[440]
.Важнейшее значение для дальнейшего существования экзаршего наместничества в Стамбуле имели переговоры о снятии схизмы с Болгарской Церкви, наложенной в XIX веке Константинопольским Патриархом. Условиями снятия схизмы был отказ Болгарского экзархата от своих епархий, находившихся вне государственной территории Болгарии, отзыв экзаршего наместника из Стамбула и переход болгарских приходских общин на территории Турции под юрисдикцию Вселенского Патриархата[441]
. В начале переговоров член болгарской делегации Велико-Тырновский митрополит Софроний отметил два существенных факта: 21 января 1945 г. Болгарский Синод принял решение о переносе экзаршей кафедры из Константинополя в Софию, и все три входивших в делегацию Болгарской Церкви архиерея (в том числе епископ Андрей) отклонили просьбу местных болгар совершить литургию в храме-памятнике св. Стефана до решения проблемы схизмы.22 февраля 1945 г. представители обеих Церквей подписали Томос об отмене схизмы и предоставлении Болгарской Православной Церкви автокефалии. Единственный вопрос, который остался нерешенным в ходе переговоров, оказалась проблема статуса экзаршего наместничества в Стамбуле и положения болгарских общин в Турции. В дополнительном протоколе к Томосу указывалось, что этот вопрос должен быть решен в духе выработанных в 1934 г. в Иерусалиме условий, согласно которым после отмены схизмы болгарские общины в Турции переходили в юрисдикцию Вселенского Патриархата и получали автономное внутреннее самоуправление с правом избрания священников, которые утверждались (а в случае необходимости и рукополагались) Константинопольским Патриархом. Подобные условия предполагалось ввести и для греческих приходов в Болгарии. 4 марта 1945 г. состоялось совместное богослужение болгарских и греческих архиереев в болгарской церкви св. Стефана в Стамбуле[442]
.