В начале 1940-х гг. была образована приходская община РПЦЗ при Андреевском храме, и ее первым старостой стал врач Н. Н. Усов. Летом 1940 г. настоятель Ильинской церкви архимандрит Серафим (Палайда) был принят Константинопольским Патриархом Вениамином, что обсуждалось на заседании Архиерейского Синода РПЦЗ от 22 августа[578]
. После оккупации весной 1941 г. Югославии связь русских общин с Архиерейским Синодом в Белграде была надолго прервана. Только 9 декабря 1941 г. Первоиерарх РПЦЗ митрополит Анастасий (Грибановский) получил первое письмо от своей паствы из Стамбула, переданное через немецкого лютеранского священника в Белграде[579].27 июля 1942 г. Первоиерарх неканоничной автокефальной Хорватской Православной Церкви митрополит Гермоген (Максимов) сообщил архимандриту Серафиму (Палайде) о создании возглавляемой им Церкви, и предложил занять пост епископа в ней, однако о. Серафим ответил отказом[580]
.3 ноября 1943 г. архимандриту Серафиму были высланы постановления Венского совещания архиереев РПЦЗ (о непризнании избрания митрополита Сергия Патриархом Московским и всея Руси) для последующей передачи Константинопольскому Патриарху Вениамину[581]
. Это оказало определенное (впрочем, непродолжительное) воздействие, в конце ноября секретарь Патриарха вызвал двух иеромонахов из русских афонских подворий и сказал им, что они пока должны воздержаться от поминания Владыки Сергия, так как обстоятельства его избрания еще не выяснены[582].18 июля 1944 г. митрополит Анастасий написал Вселенскому Патриарху о неканоничности автокефальной Украинской Православной Церкви и известил о постановлении Архиерейского Синода РПЦЗ (от 10 апреля 1944 г.) не вступать в молитвенное общение со священнослужителями этой Церкви до их покаяния[583]
.В последние годы Второй мировой войны и вскоре после ее окончания до Турции докатилась вторая волна русских беженцев. Это были как белые эмигранты, жившие до прихода советских войск на Балканах, так и советские граждане с бывших оккупированных территорий СССР. Однако большинство их задержалось в Турции недолго, опасаясь дальнейшего продвижения советских войск или победы коммунистов в гражданской войне в соседней Греции, они старались уехать подальше — в Палестину, Северную Африку или США. В этот период — в 1945–1946 гг. русская стамбульская община во главе с архимандритом Серафимом выдержала трудную борьбу за свою юрисдикционную принадлежность, но все-таки фактически осталась в составе РПЦЗ[584]
.В Андреевской церкви после войны настоятелем был сербский протоиерей Петр Хайдуков, при этом русская приходская община сохранялась. В 1950 г., когда стало уходить из жизни первое поколение эмигрантов, и остро встал вопрос взаимной поддержки, было создано «Русское благотворительное общество помощи бедным прихожанам святого Пантелеимона, святого Андрея, святого Ильи православных церквей» — сокращенно PAE — по первым буквам турецких названий трех приходов (то есть Panteleimon, Andreas, Elias), бюро которого разместилось в здании Андреевского подворья.
К этому времени большинство русских эмигрантов приняли турецкое гражданство, нередко меняя имена и переходя в ислам. Однако многие так и не смогли найти своего места в огромном городе — пережитые потрясения, чуждое культурное и социальное окружение сделали невозможной адаптацию к новым условиям. Поэтому создание Русского благотворительного общества стало для таких людей подлинным спасением. Его организаторами были землевладелец Александр Насонов, владелец строительной компании Прокопий Слита (Нури Сирита) и коммерсант Матвей Бирюков. Общество при содействии иностранных культурных центров и Константинопольской Патриархии проводило различные благотворительные мероприятия, доходы от которых помогали материально выживать многим эмигрантам из России. Помимо благотворительности, PAE занималось организацией эмигрантской жизни, защитой русских перед турецкими властями и сохранением подворий. Эта задача была очень важной, так как официально находившимся в юрисдикции Константинопольского Патриархата подворьям, во время нередких обострений греко-турецких отношений, угрожали различные опасности[585]
.