Правительственным решением определялся и состав основных организаций-соразработчиков нового технического комплекса. Двигатели маршевых ступеней — ПВРД (прямоточные воздушно-реактивные двигатели) — создавались в ОКБ М.М. Бондарюка. Реактивные двигатели для стартовой ступени «сороковки» разрабатывало ОКБ В.П. Глушко, а для ЛА-Х — ОКБ A.M. Исаева.
Система управления и наведения «сороковки» со всем комплектом ее оборудования создавалась под руководством главного конструктора Р. Г. Чачикяна.
ЦАГИ поручались вопросы аэродинамики, а НИИ В.М. Келдыша — группа вопросов, связанных с двигателями и тепловыми процессами новых сверхзвуковых аппаратов.
— Справедливости ради необходимо отметить, — замечал Г.Н. Назаров, — что компоновка «сороковки», а также основные соображения по ее весовым и размерным характеристикам, полученные нами из НИИ, при ближайшем рассмотрении оказались слишком оптимистичными. У нас, в КБ Л.Л. Селякова, на основании полученных заявочных материалов был разработан эскизный проект «сороковки», который после его утверждения и послужил основой для конструктивной разработки машины.
— Возможно, что Мясищев не забыл о моей дипломной работе в МАИ, где я под его руководством разрабатывал проект беспилотного крылатого аппарата, — вспоминает Г.Д. Дермичев, — а может быть, по какой-либо иной причине, но мне поручили самостоятельную работу в должности ведущего конструктора по проекту маршевой ступени «сороковки», имевшей индекс «42». Помнится, что одновременно со мной ведущим конструктором блока ускорителей «41» был назначен А.И. Злоказов. В этот блок входили четыре одинаковых ускорителя, которые своими «головами» упирались "под мышки" маршевой ступени, располагавшейся между ними. Они поднимали ее вертикально вверх и разгоняли до скорости выхода на номинальный режим работы ПВРД.
— Таким образом, — продолжает Г.Д. Дермичев, — проектные работы по изделию «40», как говорят конструкторы, с первой линии были проведены в ОКБ В.М. Мясищева, конечно, при активном участии специалистов ЦАГИ, НИИ и организаций-соразработчиков по этой теме.
— Верно, — подтверждает ведущий конструктор по теме «40» Д.Ф. Орочко, — «сороковка» на удивление быстро и со значительной долей "мужества незнания" была спроектирована, утверждена и передана для разработки в конструкторские подразделения.
— Кстати, следует отметить, что в связи со спецификой расчетно-аналитических работ по новой теме в отделе аэродинамики была создана комплексная расчетная бригада под руководством И.Н. Моисеева, переведенного в ОКБ-23 из ОКБ С.П. Королева. Этой бригаде были поручены расчеты баллистики, динамики движения, теплофизики, подготовка данных для работ научных институтов по новой теме, а также курирование и «приемка» результатов проводившихся там работ.
Конструкторы всех подразделений ОКБ-23 с большим интересом и энтузиазмом принялись за разработку агрегатов и систем новой машины, в которой практически все им предстояло создавать впервые. Как уже говорилось, маршевая крылатая ступень «42» должна была лететь на большой высоте со сверхзвуковой скоростью. И главным «противником» конструкторов в этом полете стал аэродинамический нагрев конструкции машины. Нагрев до температур свыше двухсот градусов Цельсия исключал возможность применения привычного дюралюминия в конструкциях фюзеляжа и крыла. Потребовалось осваивать такие новые тогда для конструкторов-самолетчиков материалы, как нержавеющая сталь и титановые сплавы, а также изыскивать конструктивные средства борьбы с деформациями конструкций при нагреве.
— Запомнилось, — говорит Я.Б. Нодельман, — оригинальное решение молодого инженера-конструктора К. С. Юрьева, предложившего гофрированные стенки нервюр крыла. Они допускали некоторую деформацию при нагреве, не теряя своей устойчивости.
Параллельно с конструкторами новые материалы осваивали и технологи, и опытное производство, где вместо клепки основным методом соединения деталей конструкции становилась специальная электросварка. Потребовалось переоснащать производственные подразделения новым оборудованием, обучать кадры новым профессиям.
— Небезынтересна такая деталь, — вспоминает заместитель главного конструктора Н.М. Гловацкий. — Я поехал в Киев, в институт сварки к Е.О. Патону с просьбой помочь нам в оснащении производства специальной сварочной аппаратурой. Патон меня принял, внимательно выслушал, но предложенный им вариант помощи никак не укладывался в заданные сроки и оказался неприемлемым. Пришлось нам все делать своими силами, и наши специалисты с задачей справились. Производство было своевременно подготовлено, и опытные образцы агрегатов «сороковки» стали поступать на испытания.
Но борьба с нагревом в полете вызвала не только цепь мероприятий по доработке конструкции планера. Нужны были еще или теплостойкое исполнение, или теплозащита большинства приборов и устройств систем наведения и управления полетом аппарата, а также агрегатов топливной и других систем. Потребовалось, в частности, теплостойкое кварцевое стекло больших размеров.