Органы контрразведки начали активно разрабатывать командные кадры Вооруженных сил СССР. В дальнейшем сотрудниками военной контрразведки были сфальсифицированы различные заговоры в Красной армии и Военно-морском флоте (в т. ч. на Северном, Тихоокеанском и Черноморском флотах): «военнополитический» против политработников Красной армии, «военномонархический» — против бывших офицеров царской армии.
Волна репрессий основательно прошла тогда по командноначальствующему составу Красной армии и Военно-морского флота. За один только 1933 г. из армии и флота было уволено более 22 308 военнослужащих, из них «по признакам социальной принадлежности и политической неблагонадежности» — 20 258; с 1934 по 1936 г. около 22 тысяч военнослужащих, а в 1937–1940 гг. — около 40 тысяч. К части военнослужащих были применены меры репрессивного характера — от лишения свободы до высшей меры наказания. При этом лица высшего команднополитического состава армии и флота арестовывались только с согласия наркома обороны или наркома Военно-морского флота.
С мая 1937 г. по сентябрь 1938 г. на флоте было арестовано более 3 тысяч военнослужащих.
Были расстреляны высшие руководители ВМС РККА-ВМФ СССР В.М. Орлов, М.В. Викторов[182]
, П.А. Смирнов. П.И. Смирнов и М.П. Фриновский.На Черноморском флоте репрессии начались с ареста 26.03.1937 г. бывшего помощника командующего флотом П.И. Куркова, а с мая 1937 г. начались уже массовые аресты военнослужащих флота. В период с 8 по 12 июня 1937 г. в Севастополе было арестовано около десятка военнослужащих Черноморского флота, относящихся к старшему и среднему командноначальствующему составу. После отстранения 15.08.1937 г. от командования Черноморским флотом флагмана флота 2-го ранга И.К. Кожанова репрессии на ЧФ приняли угрожающие масштабы. 5 октября 1937 г. был арестован сам И.К. Кожанов, а следом за ним и много других военнослужащих ЧФ и членов их семей.
В справке о количестве уволенных и арестованных по политическим мотивам военнослужащих по военным округам и флотам (на конец 1937 г.) есть данные, что на Черноморском флоте были уволены 423 человека, из них арестовано 118 человек.
Число арестованных на Черноморском флоте в 1937 г. привело в замешательство даже руководство Наркомата обороны. Но это не значило прекращения репрессий. По архивным данным, общее количество репрессированных военнослужащих Черноморского флота за период с 1936 по 1941 г. составило 478 человек.
Репрессии на Северной военной флотилии (СВФ) начались в марте 1937 г., как раз в преддверии её преобразования в Северный флот (СФ). Однако в начале 1938 г. аресты на флоте прекратились. Но это оказалось затишьем перед бурей, которая вскоре обрушилась и на самого командующего Северным флотом К.И. Душенова. Вскоре следователи НКВД «выявили» всех «участников заговора на Северном флоте». Их набралось более 30 человек, в том числе заместитель командующего флотом И.И. Сынков и другие. К октябрю 1938 г. на СФ было арестовано 79 «врагов народа», «досрочной демобилизации» подверглись 24 старших и средних командира, 9 политработников и 81 младший командир и краснофлотец (в том числе 24 за «иностранное» происхождение), а также 226 вольнонаёмных.
Командующий СФ был обвинён по 58-й статье (пункт 16, пункты 7, 8, 11) Уголовного кодекса РСФСР (измена Родине, контрреволюционная деятельность и т. п.), 03.02.1940 г. приговорен к расстрелу, и на следующий день приговор был приведён в исполнение.
На Балтийском флоте одними из первых в 1937 г. были арестованы комфлота А.К. Сивков и командующий ВВС КБФ М.А. Горбунов. Сивкову обвинение было предъявлено по статьям 58–16, 58—8 и 58–11 УК РСФСР, как участнику контрреволюционной организации, проводящей вредительскую деятельность, направленную на задержку строительства флота, развития и создания морского оружия всех назначений, снижение тактических и технических качеств новых кораблей.
Военной коллегией Верховного суда СССР от 22.02.1938 г. Сивков А.К. приговорен к расстрелу. Приговор приведен в исполнение в тот же день в Ленинграде.
В целом в 1937–1939 гг. на КБФ были осуждены 444 командира и политработника, из них к ВМН приговорены 64 человека. Уволены же были 389 человек.
На Тихоокеанском флоте сначала был арестован начальник штаба флота О.С. Солонников, за ним член Военного совета Г.С. Окунев и командующий флотом Г.П. Киреев. К июлю 1938 г. было задержано 66 «вражеских агентов» из числа руководящего состава ТОФ, к концу года было арестовано еще около 50 старших морских командиров. Репрессиям подверглись около 66 командиров-подводников, из них 8 человек расстреляны. Всего же в ходе репрессий штаб, отделы и службы флота потеряли не менее 58 представителей командно-политического состава.
Свою роль в репрессиях сыграли флотские особые отделы.