Деятельность особых отделов флотов была регламентирована совместным приказом НКВМФ и НКВД СССР № 0056/007 от 17 января 1939 г., в котором были определены специальные задачи по борьбе с контрреволюцией, шпионажем, диверсией, вредительством и всякого рода антисоветскими проявлениями в Рабочекрестьянской Красной армии, Военно-морском флоте и пограничных и внутренних войсках НКВД.
Начальники особых отделов флотов, флотилий и соединений в них назначались народным комиссаром внутренних дел СССР по согласованию с народным комиссаром Военно-морского флота СССР. Назначение оперуполномоченных особых отделов при частях, на кораблях, в соединениях флота, флотилий, военноучебных заведениях и складах согласовывалось с военными советами флотов, командующими и военкомами флотилий. Назначение начальника Особого отдела НКВД СССР, начальников особых отделов флотов (флотилий) и начальников особых отделов соединений флота объявляется также приказом народного комиссара Военно-морского флота СССР.
Кроме того, Особый отдел НКВД СССР выполнял специальные задания народного комиссара обороны СССР и народного комиссара Военно-морского флота, а на местах — военных советов соответствующих округов, армий и флотов (командующих и военкомов флотилий).
Начальнику Особого отдела НКВД СССР предписывалось своевременно и исчерпывающе информировать Народный комиссариат Военно-морского флота СССР (наркома, его заместителей, а по отдельным вопросам по указанию народного комиссара Военно-морского флота — начальников центральных управлений Народного комиссариата Военно-морского флота) о всех недочетах в состоянии частей Рабоче-крестьянского Военно-морского флота и обо всех проявлениях вражеской работы, а также обо всех имеющихся компрометирующих материалах и сведениях на военнослужащих, особенно на начальствующий состав. На местах особые отделы флотов информируют соответствующие военные советы, особые отделения НКВД флотилий и соединений флота — командиров и комиссаров флотилий соответствующих соединений флота, а оперуполномоченные при отдельных частях, учреждениях и заведениях РКВМФ — соответствующих командиров и комиссаров этих частей. Начальники особых отделов и отделений флотилий, соединений флота входили в состав военно-политических совещаний и информировали эти совещания о недочетах в политико-моральном состоянии частей, их боевой подготовке и снабжении[81]
.Система управления обеспечения государственной безопасности и поддержания правопорядка в Советском Союзе накануне Великой Отечественной войны представляла собой многоуровневую и многозвенную иерархическую структуру в виде Наркомата внутренних дел СССР. К началу 1941 г. НКВД СССР представлял собой многоотраслевой орган административного надзора, в структуру которого входили подразделения, занимавшиеся обеспечением государственной безопасности (разведка, контрразведывательная работа, в том числе в системе НКО и НКВМФ, борьба с антисоветской деятельностью, охрана высших должностных лиц государства, шифровальное дело, политический контроль), охраной общественного порядка (правоохранительная деятельность), пограничной, внутренней, пожарной охраной, организацией исполнения наказания (содержание тюрем, исправительно-трудовых лагерей, трудовых поселений) и трудового использования заключенных и спецпоселенцев (экономическая и научно-техническая деятельность). Громоздкость структуры НКВД СССР, разноплановость его функций создавали существенные проблемы управления государственной безопасностью.
Стремясь изменить ситуацию, в начале февраля 1941 г. было проведено реформирование системы управления государственной безопасности. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 3 февраля НКВД СССР был разделен на Народный комиссариат внутренних дел (нарком — Л.П. Берия) и Народный комиссариат государственной безопасности (НКГБ, нарком — В.Н. Меркулов). Оба наркомата были союзно-республиканскими.
Согласно постановлению ЦК ВКП(б) и СНК СССР от 8 февраля 1941 г. Особые отделы ГУ ГБ НКВД СССР передавались в ведение Наркомата обороны и Наркомата военно-морского флота, в составе которых были образованы третьи управления НКО и НКВМФ, подчинявшиеся непосредственно соответствующим наркомам. В рамках реализации указанного постановления был издан совместный приказ НКВД СССР и НКГБ СССР от 12 февраля 1941 г., регламентировавший порядок передачи дел в контрразведывательные подразделения различных ведомств[82]
.