19 октября 1939 г. была издана директива НКВД СССР № 4/59594 об организации контрразведывательной работы в частях Красной армии и Военно-морского флота, дислоцированных на территории Эстонии, Латвии и Литвы, направленная начальникам особых отделов корпусов, эскадр и береговой обороны. В директиве отмечалось, что нахождение частей Красной армии и Военно-морского флота «на территории дружественных нам иностранных государств, с которыми заключены договоры о взаимопомощи (Эстония, Латвия, Литва), создавало особые условия их оперативного обслуживания». НКВД СССР предполагало, что «разведывательные органы иностранных государств, несомненно, предпримут все зависящие от них меры к широкому использованию открывающихся для них возможностей проникновения в части РККА и РККФ в шпионских целях. С другой стороны, повседневное общение начальствующего и красноармейского состава с населением страны, на территории которой части дислоцируются, ставит перед особыми органами задачу тщательного наблюдения за поведением его в целях своевременного выявления и пресечения случаев дискредитации высокого звания представителя Красной армии и флота Советского Союза».
Нарком внутренних дел приказал: оперуполномоченным при частях и начальникам особых отделов ежедневно информировать командование о нездоровых проявлениях в частях, добиваясь принятия решительных мер к их ликвидации. Через каждые три дня представлять спецсводки о политико-моральном состоянии частей, боеподготовке, взаимоотношениях с окружением, случаях недостойного поведения отдельных военнослужащих, фактах связей их с подозрительным, враждебным СССР элементом, попытках вербовок иностранными разведками военнослужащих и т. д.
О чрезвычайных происшествиях доносить немедленно шифром. Через десять дней после прибытия на место представить в Особый отдел НКВД СССР подробный доклад, рисующий местную обстановку, условия работы, встретившиеся трудности и перспективы работы. Директива регламентировала и проведение комплекса оперативных мероприятий[106]
.Учитывая, что были созданы военно-морские базы в Латвии (Либава, Виндава) и в Эстонии (Палдиски), образован военный порт (Таллин), в районе Таллина размещены 43-й отдельный артиллерийский дивизион, девять батарей береговой обороны, в Латвии был создан Особый отдел НКВД военно-морской базы КБФ (Либава) и Особое отделение НКВД отряда легких сил КБФ, а в Эстонии — Особый отдел НКВД военно-морской базы.
Советская контрразведка фиксировала, что советские военнослужащие, находившиеся за границей, подвержены многим соблазнам. Это было связано с тем, что уровень жизни в Латвии и Эстонии был выше, чем в Советском Союзе, об этом наглядно свидетельствовали и качество продуктов питания, и ассортимент товаров повседневного спроса. Несмотря на строгие запреты, советские военнослужащие устанавливали контакты с местным населением, получали от них информацию о качестве жизни в Прибалтийских странах, что расценивалось как намеренная провокация и пропаганда.
Размещение советских военно-морских баз в Прибалтийских государствах в приказах НКВМФ характеризовалось как существенное расширение возможностей Балтийского флота для обороны внешних границ Советского Союза, особенно подходы к городу Ленинграду. В приказе НКВМФ отмечалось, что Балтийский флот переносит свое базирование из Кронштадта в порты Эстонии и Латвии и выходит из восточной части Финского залива на просторы Балтийского моря. При этом территория, за оборону которой отвечал советский Военно-морской флот, увеличивалась почти в 10 раз[107]
.При размещении военно-морских баз в Латвии и Эстонии Балтийскому флоту пришлось столкнуться с множеством проблем: на островах зачастую не было удобных причалов для швартовки и разгрузки транспортов со строительными материалами и материальной частью, пристани из-за ветхости и малой мощности не могли принимать необходимое количество грузов. Медленные темпы строительства баз были связаны и с конфликтами, которые регулярно возникали с эстонской и латвийской сторонами, напряженных отношений с местным населением. Среди местного населения росло недовольство, связанное с тем, что собственников лишали наделов, забирали купленный лес под нужды армии и флота, при выселении жителей с хуторов, на островах, где должны были разместиться базы, компенсации практически не выдавали и не предоставляли новое жилье, под предлогом поиска оружия советские военнослужащие обыскивали местное население[108]
.Несмотря на острый дефицит рабочий силы, необходимой для строительства военно-морских баз в Эстонии и Латвии, запрещалось нанимать местное население для проведения строительных работ, руководство Балтфлота и контрразведчики опасались проникновения на объекты иностранных шпионов. Кроме того, чтобы избежать контактов с местным населением (контакты могли использоваться в шпионских целях), у местных жителей запрещалось покупать продукты.