В январе 1941 г. начальник Особого отдела Черноморского флота информировал ГУГБ НКВД СССР: «Изучая вопрос реальности действующего мобилизационного плана Черноморского флота (МП 1939 г.), установлено, что мобилизационный план Черноморского флота по его отдельным видам нереален ввиду отсутствия на флоте необходимых мобилизационных ресурсов, без которых в случае внезапных боевых действий на Черноморском театре Черноморский флот не сможет выполнять поставленных перед ним сложных оперативно-боевых задач наступательного порядка. […] Обеспеченность флота жидким топливом на два месяца ведения войны очень незначительна. […] Имеющиеся емкости для жидкого топлива в военно-морских базах Черноморского флота ни в коей степени не удовлетворяют потребности флота в военное время. Вопрос питания флота в военное время […] не решен из-за отсутствия вспомогательного флота. […] В условиях военного времени отсутствие вспомогательного флота может пагубно отразиться на боевой деятельности флота. […] Военновоздушные силы Черноморского флота горюче-смазочным материалом не обеспечены. […]
По главной морской базе Черноморского флота имеется большой недокомплект по нормам военного времени артиллерийского и стрелкового боезапаса, а также и обмундирования для частей, развертываемых в период мобилизации. […]. Общий некомплект по флоту начальствующего состава около 1500 чел[овек], из коих основной недокомплект падает на береговые учреждения и вновь строящиеся корабли»[179]
.Били тревогу и контрразведчики Тихоокеанского флота, отмечая недостатки в разработке мобплана ТОФ на 1940 г., нехватку пиротехников, ветврачей и медсостава (эвакогоспитали укомплектованы на 50 %). Контрразведчики отмечали, что ТОФ не обеспечен полностью на военное время обмундированием, вооружением и другими видами довольствия. Для авиации не хватало запасных моторов. Из-за отсутствия емкостей запасы топлива: бензина, нефти, мазута, и различных масел составляли не более 25
По данным морской контрразведки, аналогичная ситуация складывалась в частях и соединениях других флотов и флотилий. Морская контрразведка не ограничивалась констатацией фактов и направляла в НКВМФ конкретные предложения по устранению недостатков.
Замечания и недостатки флотских контрразведчиков внимательно анализировались командованием ВМФ СССР, которое принимало меры по их устранению и информировало руководство НКВД СССР. Так, в письме начальника Главного морского штаба РКВМФ адмирала Л.М. Галлера в ОО ГУГБ НКВД СССР отмечалось, что по поводу вопросов, затронутых в письме на имя народного комиссара ВМФ от 14 сентября 1940 г., Военному совету Северного флота даны указания о посылке в Архангельск мобработника штаба СФ для проверки документов и устранения недостатков[180]
.К сожалению, определенную часть документов, направленных НКВД СССР в НКВМФ, составляли записки, сводки и спецсообщения, в которых содержалась информация о вскрытых на кораблях и в береговых частях троцкистских, антисоветских группах, проведении антисоветской агитации и пропаганды военнослужащими ВМФ, их арестах и ходе ведения следствия. Это было связано с тем, что определяющей во внутренней политике Советского государства в 1930-е годы была формулировка И.В. Сталина об обострении классовой борьбы по мере продвижения страны к социализму.
В 1937 г. на февральско-мартовском и июньском пленумах ЦК ВКП(б) был принят жесткий курс на борьбу со шпионами и агентами враждебных капиталистических государств. С докладом о необходимости фактически «генеральной чистки» советского общества выступил нарком внутренних дел Н.И. Ежов. Он нарисовал картину всевозможных «шпионско-троцкистсковредительских» организаций, деятельность которых якобы охватила все сферы жизни общества[181]
.2 июня на расширенном заседании Военного совета при наркоме обороны И.В. Сталин в своем выступлении обозначил начало кампании в масштабе государства по поиску шпионов и диверсантов. Он заявил о существующем в стране «военно-политическом заговоре», одним из направлений которого стал сфабрикованный «военно-фашистский заговор» во главе с маршалом М.Н. Тухачевским, что привело к дальнейшему расширению репрессий среди командного состава Красной армии и Военно-морского флота и негативно сказалось на боеготовности вооруженных сил.