Начальный период войны был самым трудным в организации оперативно-боевой деятельности флотских контрразведчиков. В первые месяцы войны особо ощутимые потери понесли контрразведчики Балтийского флота. Десятки оперативных сотрудников погибли при обороне военно-морских баз Лиепаи, Риги, Таллина. 28–29 августа 1941 г., во время перехода боевых кораблей Краснознаменного Балтийского флота (крейсер «Киров», эсминцы, сторожевики, тральщики, подводные лодки, катера-охотники и др.) и множества судов гражданского назначения (пассажирские теплоходы, ледоколы, буксиры, танкеры и пр.) из Таллина в Кронштадт (Таллинский переход)[210]
, в районе острова Гогланд[211] немецкой авиацией был потоплен транспорт, на котором эвакуировалась основная часть сотрудников Особого отдела КБФ. Практически никто из экипажа и пассажиров не уцелел. Несколько сотрудников отдела погибли на борту спасательного судна «Нептун»[212], приписанного к ЭПРОНу.Сложная военная и оперативная обстановка сложилась и на Черноморском флоте. Большое число сотрудников погибло или попало в плен при героической обороне Севастополя (1941–1942), в ходе боевых действий кораблями и соединениями Дунайской, Днепровской и Пинской флотилий.
Невосполнимые потери, нехватка оперативных работников не могли не сказаться на работе флотских контрразведчиков. В этой ситуации, с учетом временных неудач нашей армии, флотские контрразведчики сосредоточили свою деятельность на двух основных направлениях: выявлении агентуры противника и борьбе с дезертирами, трусами и паникерами. При этом контрразведчики исходили из того, что в начальный период войны немецкие спецслужбы вербовали пленных советских военнослужащих простыми методами, «накоротке», зачастую прямо на передовой. Те, кто давал согласие на сотрудничество с германской разведкой, сразу же, после кратковременного инструктажа, перебрасывались через линию фронта в расположение частей Красной армии и Военноморского флота. Результаты «работы» таких агентов были недостаточно эффективны, так как многие из них сразу же сдавались добровольно, даже не приступив к выполнению задания, других задерживали после перехода линии фронта. Так, утром 25 августа 1941 г. красноармеец одной из воинских частей, оборонявших Таллин, сдался в плен гитлеровцам. На допросе он сообщил немецким офицерам известные ему сведения об организации обороны города. Сразу же после допроса, 25 августа, «новоиспеченный» агент был завербован, накормлен, снабжен сигаретами, шоколадом, ромом, листовками и переброшен в расположение морской бригады Балтфлота с заданием склонять моряков к переходу на сторону противника. Уже утром 26 августа его арестовала советская контрразведка[213]
.К концу 1942 г., когда стал очевидным провал плана молниеносной войны, немецкая разведка перешла к более тщательному отбору и подготовке своих агентов. В частности, германская морская разведка в агентурной работе против ВМФ СССР в основном старалась опираться на военнопленных моряков-специалистов, хорошо знавших объекты разведки и морские театры.
В числе важнейших направлений деятельности флотских контрразведчиков в начальный период войны были укрепление боеспособности частей и кораблей ВМФ, борьба с проявлениями дезертирства, трусости и паникерства среди личного состава.
Работа на этом участке строилась по трем направлениям: информирование командования о недочетах и недостатках в дисциплине, оперативная работа по обнаружению негативных явлений и организация заградительных мероприятий по предупреждению побегов военнослужащих.
Активно боролись с дезертирством заградительные отряды[214]
, руководство которыми осуществляли особые отделы. С учетом сложившейся обстановки на фронтах заградительными отрядами применялись самые жесткие меры к бежавшим с поля боя, вплоть до расстрела перед строем или предания их суду военного трибунала. В последующие периоды Великой Отечественной войны в силу происшедшего изменения характера боевых действий, перехода Красной армии от обороны к наступлению, а также проведенных по линии Государственного Комитета Обороны мероприятий по укреплению дисциплины в Красной армии и на Военноморском флоте борьба с дезертирами, трусами и паникерами уже не носила такого острого характера.В 1943 г. стратегическая инициатива окончательно перешла к Красной армии, которая провела ряд наступательных операций и освободила от врага оккупированные территории, в том числе приморские города и военно-морские базы. В результате значительно расширились возможности советской контрразведки, особенно за линией фронта. Новая обстановка и возросшие оперативные задачи выявили необходимость ее перестройки, которая коснулась и органов военно-морской контрразведки.
В соответствии с постановлением СНК СССР от 19 апреля 1943 г. 9-й (морской) отдел Управления особых отделов НКВД СССР по обслуживанию Военно-морского флота передавался в подчинение Народного комиссариата Военно-морского флота СССР, на его основе сформировано Управление контрразведки (УКР) «Смерш» НКВМФ[215]
.