В 1990–1991 гг. Юрий Ковальчук и Андрей Фурсенко (замдиректора ФТИ им. Иоффе) выступили с инициативой создать при институте кольцо инновационных компаний для внедрения научных открытий в реальную экономику и зарабатывания на этом средств с дальнейшим вкладыванием их в науку. Директор института Ж.Алферов не поддержал планы «коммерциализации» института, после чего
Ю.Ковальчук и А.Фурсенко покинули свои должности в руководстве ФТИ.
С февраля 1991 г. – заместитель председателя правления Ассоциации совместных предприятий Санкт-Петербурга (бывш. ЛенАСП; председатель правления – Владимир Коловай; гендиректор – сначала Геннадий Володченко, затем Владимир Кожин).
В сентябре 1991 года основал и возглавил АОЗТ «Центр перспективных технологий и разработок».
С конца 1991 г. – соучредитель (вместе с бывшим начальником иностранного отдела ФТИ им. Иоффе Владимиром Якуниным) и президент ЗАО «Корпорация «Стрим» (первонач. название, до осени 1992 – АОЗТ НПП «Кварк»; зарегистр. 13.02.1992).
В конце 1991 года вместе с В.Якуниным реанимировал закрытый после августовской попытки государственного переворота ГКЧП обкомовско-чекистский банк «Россия».
На 1994 г. АОЗТ «Кварк» имел 18,27 % в уставном капитале банка «Россия».
В 1995 году входил в состав городской межведомственной комиссии по предприятиям с иностранными инвестициями, которой руководил Путин.
На 1995 г. заместитель председателя совета директоров ОАО АБ «Россия» (председатель – Владимир Коловай).
С 1996 года – почетный консул Королевства Таиланд в Санкт-Петербурге.
В ноябре 1996 года стал одним из восьми соучредителей дачного потребительского кооператива «Озеро» на берегу Комсомольского озера в Приозерском районе Ленинградской области (другие соучредители кооператива: Владимир Путин, Виктор Мячин, Владимир Смирнов, Владимир Якунин, Сергей Фурсенко, Андрей Фурсенко, Николай Шамалов).
С ноября 1997 года – консультант кредитного отдела акционерного банка «Россия».
На 31 дек. 2000 – зампред совета директоров АКБ «Россия» (председатель совета директоров – Андрей Катков).
С декабря 2000 года – председатель учредительного совета Центра стратегических разработок «Северо-Запад», затем председатель правления.
31 декабря 2000 был представлен президентским указом к награждению орденом Дружбы народов.
С ноября 2002 г. – председатель правления НП (некомм. партнерства) «Российская лига почетных консульских должностных лиц».
В 2003 году в списке акционеров ОАО «Акционерный Банк «РОССИЯ» изменились доли участия следующих акционеров: Ковальчук Юрий Валентинович – 41,199 %; Мячин Виктор Евгеньевич – 25,392 %.
В декабре 2003 года банк «Россия» сообщил, что разместит допэмиссию акций на 30 млн. руб. по номиналу в пользу «Северсталь-групп» Алексея Мордашова по цене в 20 раз выше номинала. Таким образом, холдинг должен был заплатить 600 млн. руб. за 9 % акций банка с собственным капиталом 616 млн. руб.
5 февраля 2004 пропал кандидат в президенты России на выборах, назначенных на 14 марта 2004, Иван Рыбкин.
10 февраля 2004 в ряде российских СМИ было опубликовано последнее перед исчезновением интервью Рыбкина, в котором он назвал Путина главным олигархом России. Рыбкин утверждал, что обладает конкретными данными участия Путина в бизнесе и назвал «братьев Ковальчуков» и Геннадия Тимченко («Тузеет бизнес ближайших друзей Путина – старинных друзей еще по детству, по школе, по университету. Два брата Ковальчука, Михаил и Юрий, и Геннадий Тимченко» – Newsru.com, Московские новости, № 4,10 февраля 2004).
«Братья Ковальчуки» были упомянуты Рыбкиным как теневые владельцы банка «Еврофинанс» («кадровой политикой руководят господа Ковальчуки, основные акционеры банка…» – МН, № 4,9-12.02.2004).
В январе 2005 года стало известно, что банк «Россия» получил контроль над страховой компанией «СОГАЗ».
05.05.2005 банк «Россия» объявил, что увеличил объем принадлежащего ему пакета акций ОАО «Санкт-Петербургские ведомости» с 20 % до 35 %. В итоге контрольный пакет акций газеты теперь принадлежит структурам, близким председателю совета директоров и главному владельцу банка «Россия» Ю.Ковальчуку.
В феврале 2006 журнал «Финанс» оценил состояние Ковальчука в 110 миллионов долларов (305-е место в России).
В декабре 2006 г. одним из крупнейших акционеров телекомпании «Рен ТВ «стало ООО «ИК Аброс» – «дочка» банка «Россия». Немногим ранее банк стал крупнейшим акционером другого федерального телеканала – ТРК «Петербург».