Около 8 часов командир «Трешера» капитан-лейтенант Гарвей отдал приказ начать глубоководное погружение. Три человека в ходовой рубке «Скайларка» — командир, штурман (бывшие подводники) и гидроакустик — склонились над пультом гидроакустического телефона. Кроме них в рубке находился матрос, который вел запись переговоров (на судне не было магнитофона, и все сообщения фиксировались в вахтенном журнале).
В 7.54 с борта лодки поступило сообщение: «Все в порядке, продолжаем погружение». Дальнейшие события развивались следующим образом: 8.00 — проведена проверка звукоподводной связи; 8.02 — лодка достигла глубины 120 м, проведен осмотр прочного корпуса, забортной арматуры и трубопроводов; 8.09 — получено сообщение, что пройдена половина пути до предельной глубины погружения, темп погружения замедляется; 8.24 — проведен очередной сеанс связи; 8.35 — лодка достигла глубины, которая на 90 м меньше предельной; 8.53 — приблизилась к предельной глубине погружения; 9.02 — получено сообщение, что курс лодки не изменился; 9.10 — подводная лодка не ответила на вызов.
Не было ответа и на повторный вызов через минуту. Обеспокоенный штурман «Скайларка» взял микрофон у гидроакустика и прокричал: «У вас все в порядке? Отвечайте! Отвечайте, ради бога!» Но ответа не последовало.
В 9.12 с борта лодки поступило неразборчивое сообщение, из которого удалось выяснить, что возникли какие-то неполадки, лодка имеет дифферент на корму, и подводники пытаются продуть цистерны главного балласта. Через 2–3 секунды послышался шум сжатого воздуха, поступающего в цистерны. Это продолжалось в течение 20–30 секунд.
Спустя некоторое время на «Скайларке» услышали последнее сообщение с «Трешера», в котором удалось разобрать лишь два слова — «предельная глубина». Вслед за этим раздался приглушенный грохот.
Штурман попытался вспомнить, где он слышал подобный шум. Его взгляд упал на переборку рубки и автоматически зафиксировал показание хронометра — 9.17. Впоследствии Уотсон (так звали штурмана) охарактеризовал слышанный шум как «треск ломающихся отсеков прочного корпуса», знакомый ему по опыту второй мировой войны. Однако в тот момент на «Скайларке» еще не осознали всего трагизма происшедшего.
Командир «Скайларка» приказал гидроакустику запросить «Трешер»: «Управляется ли подводная лодка?» Когда ответа не последовало, он трижды повторил вопрос. Зная о ненадежности гидроакустического телефона, командир в этот момент больше беспокоился о безопасности собственного судна: подводная лодка при аварийном всплытии могла протаранить «Скайларк» со всеми вытекающими последствиями.
В течение полутора часов «Скайларк» безуспешно ждал всплытия лодки. Напряжение на борту спасательного судна возрастало по мере того, как проходил один 15-минутный период за другим без ответных сигналов с «Трешера».
5, 10, 15 минут… Напрасно прослушивал подводные шумы гидроакустик. Напрасно радист искал позывные «Трешера» в эфире. Напрасно люди на мостике пытались обнаружить знакомый силуэт подводной лодки.
Около 10.00 один из сигнальщиков заметил в 3–4 милях серый силуэт, похожий на силуэт подводной лодки. С помощью сигнального прожектора и ультракоротковолновой радиостанции были сделаны запросы, но ответа не последовало. Спустя несколько минут силуэт как бы растаял в туманной дымке. Что это было: оптический обман или плод воображения уставших людей, неизвестно.
В 10.40 командир «Скайларка» решил перейти к более действенным мерам: в воду полетели гранаты, взрывы которых должны были послужить сигналом к немедленному всплытию «Трешера». Но и это не дало никаких результатов.
Убедившись, что связь с лодкой потеряна, командир передал в штаб радиограмму: «Не имею связи с «Трешером» с 9.17. Вызываю лодку каждую минуту по системе UQC (гидроакустический телефон) и QRB (ультракоротковолновая радиостанция), каждые 10 минут сбрасываю сигнальные патроны. Все попытки обнаружить лодку оказались безуспешными. Последнее принятое сообщение сильно искажено. Можно понять, что лодка на глубине, которая близка к предельной. Мои координаты — 41°43′ северной широты, 64°57′ восточной долготы. Продолжаю поиски».
В 13.02 радиограмма со «Скайларка» была вручена офицеру штаба подводных сил в Нью-Лондоне. В 13.32 о случившемся информировали заместителя командующего подводными силами Атлантического флота США, а еще через 5 минут был передан сигнал тревоги.
В район исчезновения «Трешера» вышли поисковые группы кораблей и самолетов. Прекратив выполнение учебно-боевой задачи, туда направилась атомная подводная лодка «Си вулф». Военно-морское командование обратилось к капитанам всех торговых судов, находившихся в районе поисков, с просьбой тщательнее следить за водной поверхностью.