Судно вышло в рейс в 7 утра. К этому времени подул южный ветер, который постепенно усиливался, так что судно, еще не выйдя из устья реки, уже испытывало качку и многие страдали от морской болезни. Через 2 часа судно было у острова, но пробыло там не более 4 часов. Видя, что ветер резко усиливается, капитан «Сен-Филибера» Олив поспешил в обратный путь.
Около 30 пассажиров, которых укачало в пути из Сен-Назера, предпочли остаться на острове.
Они решили дождаться отлива и по узкой дамбе, которая соединяла остров с материком, добраться домой пеппсом.
Когда пароход отошел от пирса, ветер задул с запада. Со стороны Бискайского залива он гнал к устью реки «барашки». Погода ухудшалась с каждым часом. Едва пароход вышел из-за прикрытия острова, ветер обрушился на его левый борт. Через фальшборт в окна салонов летела белая пена, сорванная с верхушек волн.
Под давлением ветра, который дул теперь с запада, судно, заливаемое волнами, шло с креном на правый борт. Пароход раскачивался все сильнее. Из-за небольшой осадки и высокой палубной надстройки «Сен-Филибер» дрейфовал под ветер. Все труднее было держать курс, хотя паровая машина работала на предельных оборотах.
Расстояние от северной оконечности Нуармутье до мыса Сен-Жильда, что у южного края Луары, сравнительно небольшое. Обогнув мыс, «Сен-Филибер», подгоняемый ветром, быстро вошел бы в устье реки. Но, огибая Сен-Жильду, пароход подставил ветру левый борт и накренился еще сильнее. Большая волна выбила несколько стекол в салоне первого класса. Пассажиры, набившиеся в салон, в панике бросились на подветренный правый борт накрененного судна, в результате оно легло правым бортом на воду. Этого оказалось достаточно, чтобы пароход еще больше накренился на правый борт и уже не смог выпрямиться.
«Сен-Филибер» был накрыт набежавшей волной. Он исчез под водой меньше чем за минуту… Там, где только что находился пароход с 500 пассажирами, гуляли волны и дул резкий ветер.
В момент кораблекрушения пароход находился между буями «Л-2» и «Л-3» в 8 милях юго-западнее Сен-Назера. Хотя помощь подоспела всего через полчаса (подошел лоцманский бот), спасти удалось всего семь человек: шестеро плавали в воде, держась за скамейку, смытую с парохода, еще одного сняли с буя «Л-2».
Позже, во время разбора причин катастрофы, наблюдатель спасательной станции на мысе Сен-Жиль да сообщил: «Я наблюдал за судном в бинокль. Когда оно подошло к бую отмели Шателье, я на мгновение отвел взгляд в сторону. Подчеркиваю, только на мгновение! И когда опять посмотрел на то же место, парохода там уже не было. Этот участок залива был пустынен, видны были одни волны. Я подумал сначала, что пароход скрылся в пене брызг, но на самом деле он уже исчез в волнах…».
Весь вечер и всю ночь в Нанте у здания судоходного общества бушевала толпа людей. Родственники погибших требовали от судовладельцев ответа за гибель своих жен, отцов, детей. Хозяева «Нантской судоходной компании» ничего не могли им ответить. Не мог дать ответа и министр судоходства Франции.
Кораблекрушение вызвало целый ряд вопросов. Почему речной пароход столь малого тоннажа был выпущен в Бискайский залив, известный всему миру жестокими штормами? Почему на судне не было спасательных средств? Почему судно вышло в море в условиях шторма? После гибели «Сен-Филибера» официально было заявлено, что в кораблекрушении погибло 342 человека. Но это была ложь. На ткацкой фабрике Нанта подсчитали, что на пароход было продано 500 билетов, а на острове осталось только 28 человек. На детей меньше 7 лет билеты не брали, а многие экскурсанты отправились на остров с детьми. Их было около 200. Таким образом, погибло свыше 600 человек. Это вскоре подтвердилось: через 3 дня течение залива прибило к берегу Олерон и Фэ, а также к мысу Сен-Жильда около 100 детских трупов. Потом море стало выбрасывать на побережье трупы женщин и мужчин.
«Сен-Филибер» погиб не только потому, что высокая волна разбила пассажирский салон и затопила его, а вторая такая же волна положила судно на борт и потопила его, а потому, что были допущены грубейшие нарушения правил безопасности мореплавания. Судно, совершенно не приспособленное для морского плавания, особенно в шторм, фантастически перегруженное, малоустойчивое, просто «обязано» было утонуть даже при меньшем волнении. Грубая небрежность судовладельцев, ухватившихся за выгодное дело и пославших судно в море, — вот главная причина катастрофы.