После пересечения 1 октября 1950 г. 38-й параллели «Объединенное командование ООН» столкнулось не только с сопротивлением регулярных частей КНА, но и широкомасштабным партизанским движением. В эти критические для КНДР дни Ким Ир Сен говорил, что он не пойдет на капитуляцию, уйдет в горы, чтобы вновь вести партизанскую войну против интервенции. Реальная угроза нарастания партизанского сопротивления на Севере вынудила коалицию внести существенные изменения в свою наступательную стратегию и тактику. 29 октября 1950 г. начальник штаба 10-го корпуса ВС США подполковник В. Куинн представил обстоятельный доклад Пентагону, из которого следует, что американская сторона в полной мере оценивала возможные угрозы эскалации партизанской войны в горных приграничных районах Северной Маньчжурии и Северной Кореи. По оценке автора доклада, северокорейские партизаны действуют в рамках трех боевых структур: а) регулярные группы, обученные для нанесения внезапных ударов по наиболее важным стратегическим позициям и коммуникациям; б) полувоенизированная милиция, которая днем трудится на полях и других работах, а ночью совершает дерзкие вооруженные диверсии, чтобы с рассветом, спрятав оружие в горных тайниках, вновь оказаться на своем обычном трудовом месте; и в) народоармейцы из числа местного крестьянства и ремесленников, оснащенные лишь примитивным оружием (ножами, мечами, ломами, топорами и т. п.) и совершающие акции террора и устрашения против местной полиции и марионеточных административных чиновников. Народоармейцы для сбора необходимых сведений широко используют женщин и детей, и в каждом таком партизанском отряде действуют политкомиссары.
Автор доклада сформулировал ряд практических предложений, которые стали осуществляться на практике Объединенным командованием ООН. Во все воинские подразделения была направлена обстоятельная информация о тактике современных партизанских войн, создана специальная школа по подготовке и переобучению специалистов по контрпартизанским операциям, организованы из числа южнокорейцев специальные антипартизанские отряды, вооруженные и обученные для действий в труднодоступной горной местности. Одновременно «Объединенное командование ООН» осуществляло засылку своих агентов в районы партизанских действий, проводило массовые пропагандистские кампании по привлечению на свою сторону местного населения, создавало низовую сеть вооруженной полиции из числа недовольных режимом Ким Ир Сена.
Разумеется, эти чрезвычайные акции не могли подавить партизанскую войну в тылах «войск ООН», но ее эффективность так же, как и на Юге, оказалась намного ниже по сравнению с расчетами китайско-северокорейского командования. В итоге партизанское движение на Севере оказало незначительное влияние на стремительное продвижение «войск ООН» к корейско-китайской границе.
Масштабы боевых операций на втором этапе корей ской войны далеко выходили за пределы адекватной реакции по «отражению агрессии», предусмотренной Уставом ООН. Американо-лисынмановская коалиция полагала, что Северная Корея отныне навсегда останется под ее стратегическим контролем, хотя между Вашингтоном и Сеулом по этому вопросу возникло вначале довольно серьезное противоречие. Администрация Ли Сын Мана претендовала на автоматическое признание ее юрисдикции на всей северокорейской территории, занятой «войсками ООН». Однако в специальном заявлении Объединенного командования было подчеркнуто, что полномочия правительства Республики Корея распространяются только на южную часть страны, а административные функции к северу от 38-й параллели выполняют специальные представители Комиссии ООН по объединению и восстановлению Кореи (The United Nations Commission on the Unification and Rehabilitation of Korea). По предложению Макартура на Севере временно замораживались какие-либо реформы по вопросам землепользования, банковского дела и валюты. Командование «войск ООН» разрешило временно использовать в обороте северокорейскую вону с тем, чтобы предотвратить анархию в социально-экономической сфере Севера.
Однако лисынмановские власти усмотрели в этой политике некое ущемление своих законных прерогатив. 10 октября 1950 г. они обнародовали декрет о введении к северу от 38-й параллели военного положения и создании под эгидой южан военно-гражданской администрации. Для осуществления административного контроля в 9 наиболее крупных городах Севера создавались специальные полицейские силы численностью около 3 тыс. человек, а также вспомогательные формирования из числа правонационалистически настроенной молодежи. Правительство Ли Сын Мана даже попыталось назначить своего главного администратора во временную военно-гражданскую администрацию Пхеньяна, тогда как это кресло уже было занято назначенцем «командования ООН». Американские и другие войска, действовавшие под флагом ООН, почти повсеместно наталкивались на недружественное, если не враждебное отношение местного населения. И это было не случайным явлением.