В своих послевоенных мемуарах пани Пилсудская благоразумно обходит проблему антисемитизма как причину разрыва Корчака с органами опеки над сиротами: «Некоторые его методы казались нам странными. Так, доктор Корчак интересовался мнением детей о молодых преподавателях и сам формировал свое суждение в зависимости от полученных ответов. Преподавательский состав терял авторитет среди детей, что вызывало хаос. Поэтому, к большому сожалению, нам пришлось расстаться с доктором Корчаком как воспитателем и педагогом. Однако он по-прежнему остается членом совета».
В тот год Корчак утратил не только свою программу на радио и работу в польских органах опеки над сиротами — он потерял и должность консультанта в суде для несовершеннолетних. Один из юристов, ставших свидетелем его ухода, вынужден был написать через много лет: «До сих пор не могу простить себе, что я смолчал. Чиновники, представлявшие польскую юриспруденцию, сообщили Корчаку буквально следующее: «Ни один еврей не может заниматься вопросами наших несовершеннолетних преступников»».
Потеря столь многого оставила след и в профессиональной, и в личной жизни Корчака; она вызвала в памяти горечь его детских утрат. «Я никогда не чувствовал себя целиком включенным в жизнь, — писал он Эсфири Будко, — она как бы текла мимо меня. С юности я ощущал себя одновременно старым и лишним. Так стоит ли удивляться, что сейчас это чувство только усилилось? Я не считаю дни, хотя остаются мне часы. Последним усилием была, пожалуй, поездка в Палестину. А теперь — конец». И, как всегда, колеблясь между надеждой и отчаянием, Корчак добавил: «Я верю в будущее человечества. И, сохрани я чистую веру в Бога, я бы молился о спасении этого мира, где страдают прежде всего дети. Главную роль в духовном обновлении человека сыграет ребенок — я хотел участвовать в этом, но не знал как».
Палестина не могла стать его личным спасением, писал Корчак в другом письме, потому что за его спиной не было «сорока лет, проведенных в пустыне». И тем не менее он не бросал мысли об эмиграции.
«Доктор так угнетен, что остается безразличным ко всему окружающему, — писала Стефа Фейге. — Подумай только, в этом месяце он — совершенно неожиданно — захотел отправиться в Иерусалим. Не говори об этом никому, ведь люди, которые его не знают, могут неверно истолковать это желание. Он предполагал жить не в Кибуце, а именно в Иерусалиме. Доктор несчастлив и делает такими других».
Неопределенность их жизней — ее и Корчака — оказалась для Стефы слишком тяжким бременем. В возрасте сорока лет она решила последовать совету Фейги и уехать из Польши. 4 ноября 1936 года она попросила Фейгу узнать в Кибуце, сможет ли она стать его членом, и, в случае положительного ответа, помочь ей получить необходимые бумаги. Стефа знала, что все это потребует времени, но решила дать Делу ход уже сейчас.
Казалось, решение Стефы еще более усилило депрессию Корчака, но, возможно, тот же «страх потери», который он испытал во время ее прежнего отсутствия, заставил его наконец действовать. 29 марта 1937 года он признавался в письме своему иерусалимскому другу: «После угнетенного состояния, владевшего мной несколько месяцев, я наконец принял решение провести последние годы жизни в Палестине. Думаю сначала поехать в Иерусалим, чтобы выучить иврит и приготовиться к жизни в Кибуце. Здесь у меня остается лишь сестра, которая может зарабатывать на жизнь переводами. Поскольку у меня почти нет накопленных средств, хотелось бы знать, смогу ли я как-то устроиться в Палестине». Корчак вполне определенно писал, что собирается выехать в течение месяца, поскольку более не может выносить «опасное положение в Польше».
30 марта он написал еще несколько писем в Палестину. Поздравив Моше Церталя с рождением ребенка («Славно, что у тебя теперь есть малыш»), Корчак поделился своими сомнениями по поводу принятого некогда решения посвятить жизнь служению детям и защите их прав вместо того, чтобы самому жениться и завести собственных детей. Теперь, когда ему уже не удается защитить своих сирот от разгула антисемитизма или хотя бы от голода, он понял, каким наивным был его выбор. Они (темные силы) имеют на своей стороне власть, а он — лишь чувство справедливости. Когда он видит, как его воспитанники торопливо бегут по улице в школу, его сердце переполняется горечью от сознания бессилия — ведь он не может защитить их даже от мальчишек, которые бьют и забрасывают камнями сирот. Он чувствовал себя «ответственным за все причиняемое его детям зло».