Третья Религиозная война (август 1568 г. — август 1570 г.), как того и следовало ожидать, не была отделена от второй чем-то, подобным Китайской стене. В период от заключения (отнюдь не чистосердечного) мира в Лонжюмо (1568 г.) и до возобновления военных действий не прекращались притеснения гугенотов, нападения на них, несмотря на проявляемую монархическим государством некую терпимость. В некоторых же — более опасных — случаях это происходило и при прямом пособничестве королевского правительства агрессивным действиям католиков. Но и протестанты отвечают им тем же, как это было осенью 1567 года, когда случилось избиение католиков в Ниме, ставшее уменьшенным прообразом Варфоломеевской ночи, если брать ее зеркальное отражение. В 1568 году гугенотские вожди Конде и Колиньи оставляют свои замки в Бургундии из страха перед Таванном — ультракатоликом и губернатором провинции. Начинается их исход к Ла-Рошели в сопровождении все более многочисленной толпы, состоящей из родственников, друзей и единомышленников. Их переправа вброд через Луару уподобляется чуду перехода евреев через Красное море при их бегстве из Египта от притеснений, чинимых фараоном. Библейские аналогии поднимают дух этого воинства, тогда как католики взывают к помощи того смертоносного ангела, о котором говорится в Апокалипсисе. Против обоих вождей гугенотов, которых вскоре поддержат младший Конде и Генрих Наваррский, выступает, как и прежде, кардинал Лотарингский с примкнувшим к нему юным герцогом Гизом. Екатерина тем временем не перестает вспоминать обиды, нанесенные ей протестантами. Теперь, после их неудачной попытки организовать в Мо ее похищение, эти обиды воспринимаются болезненнее. При этом в силу присущей ей привычки она по-прежнему верит в возможность окончательного компромисса по завершении боев. Помимо Карла IX она может полагаться и на своего младшего сына — герцога Анжуйского, будущего короля Генриха III, который, не будучи одарен способностями большого стратега, не лишен, однако, мужества воина. Зона ожесточенных кровавых боев постепенно смещается к юго-западу, поскольку в Парижском бассейне обновленный католицизм сумел потеснить, подавить и изгнать ересь, и эта область отныне надежно провакцинирована против приступов реформационного недуга. В этой войне Колиньи и Конде проигрывают свои большие сражения (при Жарнаке — 13 марта 1569 г., при Монконтуре — 3 октября 1569 г.). Конде погибает в бою, и роялисты глумятся над его трупом, выставленным на всеобщее обозрение на спине ослицы. В этих отвратительных надругательствах принимает участие и Генрих Анжуйский. И такого рода картины будут не раз повторяться в ходе гражданских войн.
Адмирал Колиньи был неважным тактиком в ближнем бою, но в трудные времена показал себя прекрасным стратегом. Он начинает перестройку своей армии на Юге, который заявляет о своих симпатиях к кальвинизму. Начиная свой «великий поход» (1569-1570 гг.), адмирал спустился в долину Гаронны, где существовало множество гугенотских общин (Клерак, Тоннен, Ажен…). Без колебаний он отбирает здесь имущество, а иногда лишает жизни многих католиков. При этом он опирается на сложившиеся здесь вокруг местной кальвинистской элиты локальные республики в Ниме и Монпелье. С этими новыми географическими козырями французское протестантское пространство принимает свой окончательный вид. На севере его крайней точкой становится Ла-Рошель и ее корсары, бороздящие океан, остающийся во власти католиков. На юге его основная опора — Лангедок и Гиень, а на востоке — Дофине. Колиньи, получив подкрепление для своих отрядов в долине Гаронны и в Лангедоке, теперь может замкнуть кольцо своего маршрута, направившись на север вдоль Роны. Он вступает в Бургундию, откуда бежал двумя годами ранее. Бургундские поборники Святого Духа, ярые католики, тоже пополнившиеся новыми силами, поднимают население на борьбу с «ересью». Но и на этот раз обе стороны — и гугеноты, и паписты, — крайне нуждаясь в деньгах, не имеют больше средств на содержание ни наемников, ни солдат регулярной армии. В этих условиях и был заключен Сен-Жерменский мир (август 1570 г.) — мир непрочный и недолговечный, который вернет течение времени и событий в стране в привычное русло. Этот мир по-прежнему неладно скроен — провозглашены свобода совести (но только теоретически) во всем королевстве, безопасность для мест отправления религиозного культа гугенотов, относительное равноправие обеих соперничающих конфессий. Таким образом, правящая элита кое-как воссоединяется.