Для себя Мария выхлопотала у совета свободу вероисповедания. Вскоре она занялась внутренним распорядком в своем государстве. Лорду Джемсу, наименованному графом Map, по случаю его супружества с дочерью графа Маршала она вверила чрезвычайную власть для восстановления покорности в мятежных округах. Многие фамилии высшего дворянства, как, например, Гордоны, Гамильтоны, графы Гэнтли и др., были недовольны падением католицизма и составили заговор против королевы и Мара. Но граф Map случайно узнал об этом заговоре и арестовал Гамильтонов, графа Босуэла и др. Гордоны и граф Гэнтли собрали небольшое войско и укрепили свои замки.
Королева во главе небольшой армии под предводительством графа Мара отправилась к их владениям, осадила их и одержала полную победу. Представители этих непокорных фамилий были арестованы, а имения их конфискованы. Теперь Марии Стюарт предстояло сблизиться, хотя бы внешне, со своей могущественной соседкой Елизаветой, дабы добиться от нее прав на наследование английской короны. Но, преследуя эти важные планы, Мария Стюарт отдавалась в то же время увлечениям своих лет и своего характера при шотландском дворе, который она оживляла своею молодостью, вкусом, прелестями и грацией. Она перенесла туда обычаи и удовольствия французского двора. Окруженная привлекательными молодыми женщинами из лучших фамилий государства, она занималась то музыкой, то танцами, то соколиной охотой или сочиняла стихи с теми, кто так же, как и она, любил поэзию.
Пылкость, с которою она предалась этим удовольствиям, считалась нечестивою в глазах пресвитерианских пасторов и подвергалась самому строгому осуждению. Сколько раз Нокс публично восставал против пиров и праздников этого веселого двора, который скоро должен был сделаться таким мрачным и печальным.
К несчастью для очаровательной и легкомысленной Марии слишком большая короткость в ее обращении с некоторыми лицами делала ее предметом нескромных покушений. Слишком большая свобода женщины заставляла забывать почтение, приличное королеве. Капитан Генберн позволил себе с ней некоторую дерзкую неделикатность и только бегством избег наказания. Этот пример не удержал однако же несчастного Шателара, дворянина из Дофине; он обладал большим остроумием, хорошо пел и недурно писал стихи. Он прибыл в Шотландию с Дамвилем, влюбленным в Марию Стюарт и сопровождавшим ее в отечество.
Он писал к ней стихи, на которые Мария Стюарт отвечала стихами, что и возбудило в нем безрассудную страсть. Возвратясь во Францию, он не хотел во время междоусобной войны ни идти с Дамвилем против гугенотов, своих единоверцев, ни сражаться с гугенотами против Дамвиля, своего патрона, и воспользовался этим случаем, чтобы возвратиться в Шотландию. Мария Стюарт приняла его очень ласково. Вскоре пылкая страсть юноши дошла до последней степени. Если верить словам Нокса, королева ободряла Шателара своим обращением, неприличным порядочной женщине. В продолжение всей зимы 1563 года он был допускаем к ней в кабинет с большею свободой, нежели кто другой из дворян.
Королева иногда опиралась на плечо Шателара, и эта опасная фамильярность воспламенила его до такой степени, что он решился на все для удовлетворения своей страсти. Однажды вечером он спрятался под кровать королевы. Его там открыли, и Мария ограничилась тем, что запретила ему показываться при дворе. Вместо того чтобы повиноваться, он тайно последовал за королевой в замок Файф и через два дня снова спрятался в ее комнате. Мария Стюарт заметила его в ту минуту, как уже хотела лечь спать. Она начала кричать и звать на помощь. Со всех сторон сбежались люди. В порыве негодования королева приказала Меррею убить Шателара. Меррей успокоил ее и приказал схватить бедного дворянина, который через два дня был приговорен к смертной казни. Это приключение сопровождалось большой оглаской: оно заставило еще больше желать, чтобы королева вторым браком устранила опасность, которой подвергали ее красота и вдовство. Кроме того, к этому ее побуждали необходимость иметь наследника для шотландского трона, молодость, желания подданных и предложения, уже давно делаемые многими принцами Европы. Не прошло еще месяца со смерти Франциска II, как явилось множество претендентов на руку Марии.
Мария Стюарт отказала королям шведскому и датскому, и ее выбор пал на Дона Карлоса, сына Филиппа II, короля испанского. Но вскоре появился при дворе Марии Стюарт фаворит Елизаветы английский лорд Роберт. Его послала сама Елизавета с целью предложить своего любимца в мужья Марии, надеясь таковым образом незаметно подчинить своему влиянию Шотландию. Мария, однако, неохотно пошла навстречу этому браку.