При царе Федоре Ивановиче князь Василий получил сан боярина. Весной 1585 года он был послан на воеводство в Смоленск, где и оставался до 1587 года. Опала, постигшая Шуйских и их единомышленников за челобитную царю о разводе с Ириной Годуновой, коснулась и Василия, но незначительность ли его роли в интриге его родни против царского шурина, влияние ли родственных связей (женитьбой на княжне Репниной он породнился с Романовским кружком, тогда еще близким к Годунову, а по жене брата своего Димитрия был в свойстве с ним), были причиной того, что Василий был скоро возвращен в Москву и снова вошел в фавор при дворе.
До 1590 года его имя не встречается ни в списках воевод при полках и по городам, ни в числе приглашенных к царскому столу, ни среди участников дипломатических переговоров. Вот тогда-то он очевидно и задумал убрать из мира живых сына Грозного малолетнего Дмитрия. Все подумают на Годунова, а на него никто и пальцем не покажет. Лучше всего руководить убийством из "тени".
В 1590 году он сидел первым воеводой в Великом Новгороде, а в 1591 году ему, с митрополитом Геласием и окольничим Андреем Клешниным, было поручено расследование темной Углицкой истории. В докладе следователей, объяснивших смерть царевича случайным поранением в припадке падучей и обвинивших семейство Нагих в произведенной смуте и совершенных убийствах, многие историки готовы видеть подтасовку показаний, произведенную Шуйским с целью добиться расположения не благоволившего к нему правителя.
После смерти царя Федора Ивановича не сделал попытки захватить власть. Боялся Годунова и потому решил выждать время. При царе Борисе, занимая третье вообще и первое среди Шуйских место в думе государевой.
Борис, подозрительно относившийся к нему. Слишком уже неверным человеком был князь Василий. Годунов то держал Шуйского в большом почете, то удалял его от двора, не позволял ему жениться вторым браком. Смирившийся пред Годуновым Василий, видимо, и не замышлял в это время измены. Он терпеливо ждал своего часа.
Годунов доверил ему и князю Мстиславскому главное начальствование над войском, посланным против самозванца. Они нанесли ему решительное поражение при Добрыничах 20 января 1605 года, а потом осадили Кромы. Вызванный сейчас же после смерти царя Бориса в Москву, Василий клятвенно уверял волновавшийся народ в самозванстве претендента, очевидно готовясь сам претендовать на корону. Но потом, убедившись в том, что еще рано было затевать столь рискованную игру, стал распространять слухи о спасении царевича, а 1 июня на вопрос народа уже открыто заявил, что в Угличе вместо Дмитрия был похоронен попов сын и что к Москве идет истинный сын Ивана IV.
В тот же день Федор Годунов, сын Бориса, был свергнут, Москва признала Димитрия, а князь Василий с братьями сейчас же начал организовывать заговор против нового царя, признанию которого сам так способствовал.
Сильно спеша, Шуйские не были достаточно осторожны. Заговор был открыт, и 30 июня князь Василий, как главный виновник, приговоренный "собором" к смерти, готовился сложить голову на плахе "за веру и за правду". Но самозваный Царь не решился нанести свой удар по знати и даровал ему жизнь и отправил с братьями в ссылку, конфисковав их имения. Вскоре Шуйские были прощены совсем и возвращены в Москву. Князь Василий сумел даже добиться расположения Самозванца: получил от него разрешение жениться. На свадьбе самозванца князь Василийи сполнял почетную обязанность тысяцкого. В то же время, едва вернувшись в Москву, он уже создавал новый заговор. Уже в конце 1605 года заговорщики тайно поручили послу Димитрия к Сигизмунду передать королю, что, недовольные своим царем, они готовы свергнуть его.
Заговорщики, ведя теперь дело с большой осторожностью, действовали успешно, ловко пользуясь недовольством в разных слоях общества, не пренебрегая клеветой для усиления этого недовольства. Шуйские пустили в ход свои давние связи с торговыми кругами Москвы, вызвали в столицу массу челяди; на сторону заговора были привлечены приготовленные к походу служилые люди; в решительный момент выпустили заключенных. И все же, чтобы вернее достигнуть цели, заговорщики начали восстание 17 мая лживыми выкриками, что паны собираются побить бояр и царя. Давно возмущенные высокомерным, заносчивым поведением поляков, москвичи так принялись за них, пока бояре расправлялись с царем, что едва удалось прекратить избиение поляков. Самозванец был убит.
Шуйский царь
Шуйский был главным кандидатом на опустевший престол. Но были и другие кто хотел попользовать благами высшей власти. "Выкрикнутый" своими в толпе, собравшейся 19 мая для обсуждения дел, Шуйский поспешил, не дожидаясь всенародного избрания, взять в руки власть. Сейчас же была начата в Успенском соборе присяга царю Василию.