Сначала он был принят на работу в качестве гражданского лица в Бюро СС по изучению наследия предков «Аненэрбе» ("Ahnenerbe"), но вскоре его руководители по достоинству оценили его таланты. В 1936 году его убедили официально вступить в СС, и уже через несколько недель Отто Ран получил повышение в звании до унтершарфюрера СС.
К сентябрю 1935 года Ран написал руководителю «Ahnenerbe» несколько восторженных писем о местах, которые он посетил в поисках традиций Грааля в Германии, с просьбой сохранять по этому вопросу полную конфиденциальность, уведомив лишь Гиммлера.
По слухам, Отто Ран даже основал внутри СС группу адептов неокатаризма. Летом 1936 года по приказанию СС он отправился в экспедицию в Исландию. Основные моменты этого путешествия вошли в некоторые главы его второй и последней книги "Двор Люцифера", опубликованной в 1937 году. Ран не упоминает СС и того, что корабль, на котором он отбыл в Исландию, шел под флагом с синей свастикой на белом фоне (что резко отличалось от официального флага Третьего рейха).
Известно, что в 1937 году Отто Ран впал в немилость у нацистской верхушки и по дисциплинарным причинам был откомандирован для прохождения службы в концентрационный лагерь Дахау, которым руководило СС. Зимой 1938—1939 года он написал рапорт рейхсфюреру СС с просьбой о немедленном увольнении из СС. Через несколько месяцев он погиб.
Ходит много слухов об увольнении Отто Рана из нацистского СС. Говорили, что он был гомосексуалистом, что среди его предков были евреи, но никаких доказательств нет. В одном из разговоров Ран утверждал, что его предали и что его жизнь в опасности. В письме другу он открыто выражал свои сомнения по поводу Третьего рейха: "Я опечален тем, как идут дела в моей стране. Две недели назад я был в Мюнхене. Через два дня я предпочел бы отправиться в свои горы. Терпимому, либеральному человеку, как я, невозможно жить в такой стране, какой стала моя родина".
Полковник Говард Бюхнер, автор книги "Изумрудная чаша", пишет: "Не секрет, что Ран был против войны, к которой Германия открыто готовилась в 1938 году. Вместо войны, считал он, Германия, а затем Европа должны быть преобразованы в сообщество "чистых", или катаров. Другими словами, многолетняя связь Рана с историей катаров и их несправедливых преследований со стороны Церкви и короля Франции привела к его переходу в веру катаров.
Он также выступал за "новый порядок", при котором государства Европы и, может быть, все другие страны приняли веру катаров в интересах всеобщего мира".
13 марта 1939 года – почти в годовщину падения Монсе-гюра – Отто Ран погиб в снегах Тирольских гор. "Наподобие еретиков-катаров, – пишет Найджел Пенник (Nigel Pennick), – Ран добровольно оставил мир, который распадался у него на глазах". За несколько лет до этого Отто Ран писал в своей книге "Крестовый поход против Святого Грааля": "Их учение разрешало самоубийство, но утверждало, что человек может положить конец своей жизни не из-за отвращения, страха или боли, а только с целью полного освобождения от материи.
Endura (укрепление, пост до смерти) разрешалась, когда она имела место в момент мистического видения божественной красоты и доброты. От поста до самоубийства всего один шаг. Пост требует мужества, но заключительный акт тотальной аскезы требует героизма. Последствия его не такие жесткие, как может показаться".
Норма Лорр Гудрич (Norma Lorre Goodrich) в своей работе "Святой Грааль", получившей весьма лестные отзывы, высоко отзывается о книге Отто Рана "Крестовый поход против Святого Грааля" как о "замечательной книге, памятнике этому немецкому автору-идеалисту, загадочно погибшему в Альпах при спуске с гор". Как пишет переводчик его книг на французский язык, Отто Ран был глубоко убежден: 1) что катары были последними хранителями Чаши Святого Грааля и 2) что Святой Грааль "пропал", когда они погибли от рук "Папы и короля Франции" в начале XIII века. Война Римской католической церкви против катаров описывается разными авторами как война, в которой друг другу противостояли Рим (Roma) и Любовь (Amor) и в которой католическая (вульгарная) идея огнем и мечом утвердила свое господство над катарической ("чистой") идеей.
Средневековые катары верили в существование вечной войны между принципами Света и Тьмы, на взаимодействии и столкновениях которых основывается все во Вселенной. Тьма для них была темным веществом, несовершенной, преходящей сутью. Они считали всех церковных и светских правителей, и прежде всего католическую церковь, воплощением Тьмы. В их мифологии солнце символизировало изначальный Свет, из которого произошло все живое. Мигель Серрано называл их доктрину: "Солярное христианство". А для Отто Рана Монсегюр был "маяком катаризма".