Начальником Третьего управления и заместителем министра стал бывший заместитель Абакумова по «СМЕРШ» генерал-лейтенант Николай Селивановский.
Статус Главного управления, однако без номера, получила правительственная охрана, начальником ГУО стал генерал-лейтенант Николай Власик, работавший у Сталина еще со времен Гражданской войны.
Генерал-лейтенант Павел Судоплатов был начальником сразу двух отделов, не входящих ни в одно управление: отдела «С» (перевод и обработка материалов разведки по атомной проблеме) и отдела «ДР» (служба террора и диверсий), учрежденных вместо знаменитого Четвертого управления.
Виктору Абакумову шел тогда всего-то тридцать девятый год. Был он физически крепок, цыганисто красив, непреклонен, к тому же имел пролетарское происхождение и низшее образование. Чем, однако, вовсе не гордился, потому как от природы был достаточно умен и сообразителен. Как начальник «СМЕРШ» Абакумов хорошо поработал в войну (какие бы злобные глупости ни писали сегодня о военной контрразведке с чужих слов некоторые всезнающие авторы), что было отмечено званием генерал-полковника, постом заместителя наркома обороны и тремя полководческими орденами.
Своей головокружительной карьерой Абакумов был обязан Берии. Именно Берия приметил (не без подсказки Богдана Кобулова) молодого сотрудника, всего лишь в 1932 году по комсомольской путевке направленного на работу в ОГПУ. В 1939 году, проводя очередную чистку НКВД, Берия назначил Абакумова начальником управления НКВД по важной и трудной во всех отношениях Ростовской области, а два с небольшим года спустя сделал его одним из своих заместителей!
Может показаться странным, но в отличие от других выдвиженцев нового наркома: Всеволода Меркулова, братьев Богдана и Амаяка Кобуловых, Владимира Деканозова и прочих, Абакумов в глубине души не только боялся, но и крепко не любил своего благодетеля, внешне, разумеется, проявляя по отношению к «дорогому Лаврентию Павловичу» полный и подчеркнутый пиетет.
Став во время войны начальником управления Особыми отделами, а затем начальником ГУКР «СМЕРШ» и заместителем наркома обороны СССР, Абакумов начал ощущать некую независимость от Берии и свою самостоятельность, при случае он даже осмеливался показать свою новообретенную силу. Так, в апреле 1943 года он без достаточных на то оснований арестовал участника Гражданской войны, комиссара госбезопасности (по-армейски, напоминаем, генерал-майора) Виктора Ильина. Содержали Ильина в одиночке и жестоко допрашивали несколько лет во… Внутренней тюрьме Лубянки. И два наркома, вроде бы хозяева «Большого Дома» — Берия и Меркулов — ничем не могли помочь своему многолетнему ответственному сотруднику, поскольку им занималось третье, независимое от них ведомство: «СМЕРШ»! Освободили Ильина (ничего не признавшего и не подписавшего, несмотря на избиения) лишь после ареста Абакумова, и то не сразу. По злой иронии судьбы одно время Абакумов и Ильин содержались в соседних камерах!
Затем Абакумов провел очень серьезную операцию уже по личному указанию Сталина: он арестовал и сам допрашивал таких крупных деятелей, как нарком авиационной промышленности Герой Социалистического Труда Алексей Шахурин, Главный маршал авиации, дважды Герой Советского Союза Александр Новиков, иных видных работников, так или иначе связанных с военной авиацией.
Сейчас в литературе можно встретить такую версию: дескать, Сталин рассердился на виднейших авиаторов по наущению своего сына Василия, военного летчика. Трудно представить, чтобы Сталин принимал подобные серьезные решения по чьему-то «наущению», и уж меньше всего он считался с мнением своего непутевого младшего сына, цену которому, невзирая на всю отеческую любовь, прекрасно знал. Нет, конечно. То был сталинский намек Георгию Маленкову, отвечавшему в годы войны, в частности, и за авиационную промышленность. В какой-то момент Маленков стал без санкции вождя вести себя как второе лицо в партии и государстве. Такой самодеятельности Сталин никогда без внимания не оставлял. В итоге больше всех пострадали, разумеется, бывшие «подопечные» Маленкова (из Новикова попутно выбивали и выбили показания против маршала Жукова). Маленков тогда отделался легким испугом: временной ссылкой на работу в Среднюю Азию, но урок запомнил. И припомнил его несколько лет спустя, не Сталину, конечно, но Абакумову.