Как уже было сказано ранее, первым заместителем наркома и начальником ГУГБ стал Всеволод Меркулов, личность, безусловно, неординарная. Меркулов много лет — почти четверть века — работал вместе с Берией на Кавказе в чекистских и партийных органах. Берии он был обязан своей карьерой и переводом в Москву.
Несомненно, на его совести тоже, как у большинства видных чекистов той поры, много темного. Он должен был приспосабливаться к системе, поднявшей его столь высоко. Но в отличие от многих сослуживцев делал это не только для того, чтобы уцелеть в безжалостной сталинской мясорубке, но и чтобы иметь возможность добросовестно выполнять свой профессиональный долг. Не будучи жестоким по природе, он, увы, безропотно выполнял все бесчеловечные приказы, которые получал «сверху», но собственной инициативы при этом никогда не проявлял. Будучи военным человеком и дисциплинированным коммунистом, Меркулов даже и не помышлял о том, что волей-неволей порой творит беззаконие. Человеку, задумавшемуся об этом хоть на секунду, не осталось бы ничего иного, как незамедлительно пустить себе пулю в висок. Возможно, Меркулов успокаивал свою совесть тем, что старался как можно лучше бороться с реальными врагами советского государства.
В отличие от других фигур бериевской команды Меркулов был хорошо образован, обладал манерами воспитанного человека. Он прекрасно фотографировал и снимал любительские фильмы на узкопленочную кинокамеру. Тяготел к сочинительству и даже писал пьесы. Одна из них — «Инженер Сергеев» — была поставлена на сцене прославленного московского академического Малого театра. Когда Берия узнал, что автор пьесы, как значилось на афише, некий Всеволод Рок, на самом деле его собственный заместитель Всеволод Меркулов, то задал драматургу-любителю изрядную трепку…
У Меркулова было одно ценное качество: он никогда не спорил с наивысшим начальством — Сталиным (перед Берией он мог защищать свою точку зрения по конкретным вопросам), но, получив приказ, относящийся к чистой сфере разведки или контрразведки, позволял намеком ее руководителям поступать так, как они считают нужным в интересах дела. Более того, никогда не подставлял под удар своих подчиненных, хотя, если нажим был очень уж силен, открыто и не брал, вроде бы, под свою защиту. Во всяком случае, за все годы пребывания его на посту начальника ГУГБ НКВД и наркома НКГБ вплоть до 1946 года никто из его сотрудников не был им репрессирован.
Очередной разгром органов госбезопасности, изгнание из нее настоящих профессионалов, много сделавших для страны в период Великой Отечественной войны, начался именно после 1946 года, когда Сталин поставил во главе Министерства госбезопасности бывшего начальника уже ликвидированной «СМЕРШ» Виктора Абакумова.
Меркулов уважительно относился к подчиненным, считался с их интересами. Так, когда он узнал, что Герой Советского Союза полковник Дмитрий Медведев пишет книгу о действиях своего отряда «Победители» (в составе которого воевал легендарный Николай Кузнецов), то разрешил ему уходить домой пораньше и освободил от ночных и воскресных дежурств. Точно так же он поддержал Михаила Маклярского, когда тот приступил к написанию сценария популярнейшего в свое время фильма «Подвиг разведчика» с Павлом Кадочниковым в роли разведчика майора Федотова.
Одним из самых влиятельных лиц в НКВД стал Богдан Кобулов, возможно, самая мрачная фигура в бериевском окружении. Кобулов был армянином из наиболее криминогенного района старого Тифлиса — окрестностей Авлабарского базара, и сохранил все ухватки его обитателей. Он был чудовищно толст, настолько, что столяры-краснодеревщики изготовили для него особый письменный стол — с полукруглым вырезом для огромного брюха. Кроме толщины Кобулов отличался неожиданно острым, цепким умом, жестокостью и коварством. Позднее Богдан Кобулов возглавил самостоятельное Главное экономическое управление (ГЭУ), в котором имелась собственная следственная часть, начальником которой стал печально известный впоследствии майор госбезопасности Павел Мешик.
Неотступной тенью за Богданом Кобуловым следовал его младший брат Амаяк — красивый, внешне даже обаятельный, отличавшийся от брата не только стройностью фигуры, но и полным отсутствием каких-либо способностей. По сравнению со многими другими ответственными сотрудниками Амаяк считался человеком образованным: он закончил пять классов средней школы и курсы счетоводов. Этого оказалось достаточным, чтобы назначить его первым замнаркома НКВД Украины, а затем и резидентом в Берлин!
Начальником важного Главного транспортного управления (ГТУ) Берия сделал также своего давнего сослуживца Соломона Мильштейна.
Начальником второго по значению областного управления НКВД — Ленинградского поехал Сергей Гоглидзе, наркомом НКВД Белоруссии в Минск — Лаврентий Цанава.