В двух первых антисобчаковских памфлетах Шутова (впервые изданных, соответственно, в 1992 и 1993 гг.) мстительный Шутов ни разу не упоминал Путина. Но в 1998 г. Шутов стал депутатом санкт-петербургского Законодательного собрания и всерьез поверил в депутатскую неприкосновенность, которую имел по статусу. Через спонсированную Шутовым газету "Новый Петербург", в которой он лично вел рубрику "Вся королевская рать", Шутов запустил слух о том, что новый директор ФСБ Владимир Путин в бытность свою офицером разведки был отозван из ГДР чуть ли не за измену Родине: "За время почти пятилетней службы в ГДР капитан госбезопасности Путин ощутимых результатов не добился. Однако был замечен в несанкционированном контакте с представителем агентурной сети противника. После чего немедленно отправлен в Союз, куда отбыл на купленной в ГДР подержанной автомашине ГАЗ-24 "Волга" с тремя коврами немецкого производства"
[38].В той же статье Шутов предложил свою версию отношений куратора ЛГУ от КГБ Путина с преподавателем юридического факультета ЛГУ Собчака. Якобы Собчак был внештатным агентом-осведомителем Путина, который был "обязан собирать требуемую его службе информацию, работать с внутриуниверситетской агентурой и вербовать новых осведомителей… в сетку интересов госбезопасности угодил преподаватель Собчак", который "охотно информировал помощника проректора Путина по всему спектру интересовавших его вопросов. Папочка с оригинальными рукописными донесениями этого информатора, называемая на канцелярском языке КГБ "Рабочее дело агента", впоследствии, в 1990 г., оказалось очень весомым аргументом при поступлении Путина на работу в качестве советника председателя Ленсовета Собчака"
[39].Правду ли писал Шутов или нет, общественность Санкт-Петербурга так никогда и не узнала. Но не прошло и двух месяцев со дня скандальной публикации "Нового Петербурга", как последовала ответная месть со стороны теперь уже директора ФСБ Путина. В феврале 1999 г. судебным решением депутатская неприкосновенность с Шутова была снята, а сам он был арестован по подозрению в организации ряда тяжких преступлений, включая убийство в Санкт-Петербурге в 1997 г. видного городского чиновника Михаила Маневича и в 1998 г. видного демократического политического деятеля Галины Старовойтовой. В борьбе против Шутова был использован даже известный официальный тележурналист Михаил Леонтьев, по заказу Путина выступивший на первом канале российского телевидения с передачей, требующей покарать "бандита-отморозка".
Однако в ноябре 1999 г. Куйбышевский районный суд Санкт-Петербурга принял решение об изменении меры пресечения Шутова на подписку о невыезде и постановил выпустить Шутова из тюрьмы. Шутова освободили прямо в судебном зале, но уже через несколько минут туда ворвались вооруженные люди в масках. Началась потасовка, во время которой пострадали несколько человек, в том числе оператор телекомпании, которому сломали руку, и сам Шутов, получивший несколько ударов прикладами и кулаками по голове, потерявший сознание. По словам Шутова, избиение продолжалось затем и в здании городской прокуратуры, куда его привезли люди в масках. Шутов в результате побоев наполовину оглох и ослеп на один глаз. Независимых врачей в прокуратуру не пускали, а государственная медэкспертиза приняла решение о том, что подсудимый абсолютно здоров. Правда, врачи "скорой помощи", которую вызвали на судебное заседание, организованное по жалобе адвокатов Шутова, через несколько дней дали справку о необходимости немедленной госпитализации Шутова. Но вместо этого Шутова снова отправили в питерский следственный изолятор, а через некоторое время перевели в Выборгскую тюрьму.
Первоначально даже не было ясно, кто являлся организатором похищения Шутова из зала суда. Впоследствии ответственность за эти действия взяла на себя городская санкт-петербургская прокуратура. Ворвавшийся в суд отряд милиции особого назначения (ОМОН) был прислан для этой операции из Москвы.
Правозащитники-демократы в "деле Шутова" придерживались вялой и нерешительной позиции, поскольку антилиберальные и антизападнические взгляды Шутова были несомненны, а его связи с криминальным миром вероятны. Несмотря на судебное оправдание Шутова и последующее постановление Верховного Суда России о незаконности его дальнейшего содержания под стражей
[40], несмотря на переизбрание Шутова в 2002 г. в городской парламент, личный враг Путина 7 (семь) лет мыкался по следственным тюрьмам без судебного приговора, а в феврале 2006 г. был наконец приговорен к пожизненному заключению за организацию ряда заказных убийств бизнесменов (обвинения в убийствах Маневича и Старовойтовой были с него сняты).