Путин в своем выступлении заметил, что возвращается в ФСБ как "в свой родной дом" и настроен на большую конструктивную работу. Тем не менее в книге "От первого лица" он вспоминал, что воспринял новое назначение без энтузиазма. Другой вопрос - насколько он тут откровенен.
Без энтузиазма отнеслись к назначению Путина и многие кадровые сотрудники ФСБ. Вскоре после назначения Путина правительство Кириенко, самое молодое за всю российскую историю, считавшееся прозападным и реформистски настроенным, было отправлено в отставку. Сменивший Кириенко Примаков, бывший первый заместитель председателя КГБ и директор Службы внешней разведки, был очевидным противником и Ельцина, и всего его окружения. Для генералитета ФСБ приход Примакова на пост премьер-министра означал если не свершившийся переворот, то по крайней мере его начало. Доставшийся в наследство от ушедшей эпохи Кириенко Путин всерьез не воспринимался. К тому же Путин был всего лишь подполковник. В военной организации, где к чинам относились серьезно, без улыбки или злобы нельзя было упоминать воинский ранг Путина.
Направление прошлой деятельности Путина в КГБ также было причиной для насмешек. Путин работал в ГДР, куда посылали троечников от разведки. Первый эшелон сотрудников направлялся, конечно же, в капиталистические страны, прежде всего в США и Западную Европу. Если бы к Путину как к специалисту в КГБ относились серьезно, он работал бы в Западной Германии, а не в Восточной.
Но именно потому, что центральным генералитетом ФСБ Путин не воспринимался как свой, он и был поставлен хитрыми царедворцами - Чубайсом и Юмашевым - во главе ФСБ. Дело в том, что предшественник Путина генерал ФСБ Николай Ковалев (союзник Лужкова и Примакова) был в ФСБ слишком своим и имел определенную политическую цель: захватить власть в России, как когда-то пытался сделать Коржаков. Только не для себя, а для идеологических противников Ельцина. Поскольку в России получение власти во многом связано с наличием денег, Ковалев попытался взять под свой контроль основные экономические структуры страны с помощью двух самых крупных в ФСБ экономических отделов: Управления экономической контрразведки (УЭК) и Управления контрразведывательного обеспечения стратегических объектов (УКРОСО). Это и стало основной причиной увольнения Ковалева и начала реформирования ФСБ, которое было поручено Путину. В окружении Ельцина посчитали, что Путин, дослужившийся всего лишь до подполковника в провинциальном восточногерманском городе Дрезден, должен быть обижен на систему и лоялен останется Кремлю, а не Лубянке.
Одним из направлений работы Путина стало противодействие сложившейся тенденции, в рамках которой мэр Москвы Юрий Лужков и губернатор Санкт-Петербурга Яковлев оказывали все большее влияние на региональных руководителей ФСБ. Иными словами, Московское и Санкт-Петербургское управления ФСБ по существу подчинялись не директору ФСБ, а городским начальникам. Диктовалось это экономическими соображениями. На официальную государственную зарплату никто из офицеров ФСБ давно не жил. В дополнение к зарплате всем выдавались пакеты с наличными деньгами. Эти деньги нужно было где-то брать, и региональные управления ФСБ повсеместно вступали в непосредственные коммерческие отношения с городскими руководителями, предоставляя им за получаемые деньги определенные услуги: персональную охрану, крышевание бизнесов и прочее. Чем крупнее был город, тем влиятельнее начальники. До прихода Путина на должность директора ФСБ руководитель Управления ФСБ по Москве и Московской области по политическому влиянию в правительстве мог тягаться с директором ФСБ, а по экономическим возможностям оставлял директора ФСБ сильно позади.
Следует отдать должное Путину. С задачей реформирования ФСБ он справился блестяще. Прежде всего он показал старшему офицерскому составу ФСБ, кто в доме хозяин, причем сделал это достаточно иезуитским способом. Он вывел за штат, т. е. уволил, примерно две тысячи офицеров ФСБ, включая всех сотрудников двух экономических отделов и руководителей-генералов из Коллегии ФСБ. На освободившиеся вакансии в Коллегии он назначил выходцев из Санкт-Петербурга, бывших сослуживцев по КГБ, генералов Виктора Черкесова, Сергея Иванова и Александра Григорьева. В октябре 1998 г. своим заместителем в ФСБ он сделал старого знакомого - ленинградца Патрушева. В Москву были также переведены коллеги Путина по ленинградскому КГБ Владимир Проничев (ставший начальником Департамента по борьбе с терроризмом) и Виктор Иванов (Начальник департамента Собственной безопасности ФСБ - внутренняя контрразведка). Личным помощником и доверенным лицом Путина в ФСБ стал капитан Игорь Сечин, меньше чем за полгода дослужившийся до полковника (в ранг полковника был произведен и директор ФСБ Путин).