В процесс вмешался директор ФСБ Владимир Путин: "Наше ведомство поступает, - заявил Путин по поводу дела Никитина, - исходя из государственных интересов. Остановлюсь на Никитине. Ведь что там на самом деле произошло? Он проник в библиотеку и взял сведения, которые являются секретными. Кстати, за свою "общественную деятельность" он получил денежное вознаграждение. Конечно, есть другой вопрос: насколько эти сведения актуальны сегодня? И с точки зрения политеса, в том числе международно-экологического, наверное, можно подумать о смягчении наказания. Но это должен решать суд. К сожалению, зарубежные спецслужбы, помимо дипломатического прикрытия, очень активно используют в своей работе различные экологические и общественные организации, коммерческие фирмы и благотворительные фонды. Вот почему и эти структуры, как бы на нас ни давили СМИ и общественность, всегда будут под нашим пристальным вниманием".
Но в 1999 г. Путин еще не был президентом, и Никитин был вчистую оправдан, поскольку те сведения, которые ФСБ и лично Путин считали "на самом деле секретными", по мнению суда такими не оказались. 13 сентября 2000 г. президиум Верховного суда России оправдал Никитина окончательно.
Дело корреспондента газеты Тихоокеанского флота "Боевая вахта" капитана 2-го ранга Григория Пасько началось в 1997 г. ФСБ утверждала, что Пасько обнародовал факты нанесения военными ущерба окружающей среде, в частности, передал японской стороне секретные данные об авариях на российских атомных подводных лодках, что являлось государственной тайной. В результате он был арестован по обвинению в государственной измене в форме шпионажа, по 10 эпизодам.
Однако прямых доказательств, указывающих на намерения Пасько передать свои записи японским СМИ, в материалах дела не было, хотя ФСБ вела за Пасько активную слежку: вся его почта контролировалась, телефон прослушивался, в квартире Пасько была установлена подслушивающая аудиоаппаратура, а сам он находился под пристальным наблюдением оперативных сотрудников.
20 июля 1999 г. Пасько был осужден, правда, по совсем другой статье: ст. 285, ч. 1-я УК РФ ("злоупотребление служебным положением"), однако тут же был амнистирован и освобожден из-под стражи в зале суда, причем обе стороны - и Пасько, и ФСБ - были недовольны приговором: амнистированный направил апелляцию в военную коллегию Верховного суда (а также подал иск о защите чести и достоинства к начальнику УФСБ по Тихоокеанскому флоту контр-адмиралу Николаю Соцкову), а руководство управления ФСБ по Тихоокеанскому флоту направило в военную коллегию протест на "неоправданно мягкий" приговор.
25 декабря 2001 г. новый Тихоокеанский флотский военный суд признал Пасько виновным в шпионаже и приговорил его к четырем годам лишения свободы с отбыванием срока в колонии строгого режима. 15 января 2002 г. президент Путин, выступая на пресс-конференции в Париже, сказал, что не считает возможным вмешиваться в действия судебной системы, но готов рассмотреть прошение Пасько о помиловании, если тот к нему с таким прошением обратиться. При этом Путин - как когда-то по поводу Никитина - подчеркнул, что Пасько было предъявлено обвинение в том, что он передал иностранным гражданам за вознаграждение документы с грифом "секретно", утверждая, что этот эпизод доказан и ни у кого не вызывает сомнений, якобы даже у адвокатов Пасько.
Правда, 13 февраля 2002 г. Верховный суд России по жалобе адвокатов Пасько признал несоответствующим закону приказ Минобороны о секретных сведениях, из-за которого Пасько попал под статью. Но ни на мнении президента о "секретности", ни на положении Пасько это не сказалось. Пасько, так и не подавший Путину прошение о помиловании, был условно-досрочно освобожден городским судом Уссурийска 23 января 2003 г., отбыв в тюрьме в общей сложности два с половиной года.
В 1996 г. Платон Обухов, сотрудник МИД РФ, арестован по обвинению в государственной измене в форме шпионажа за то, что передавал британской разведке МИ-6 сведения, составляющие государственную тайну. Признан невменяемым и направлен на принудительное лечение.
В том же году Владимир Макаров, кадровый дипломат, арестован по обвинению в государственной измене в форме шпионажа за то, что передал ЦРУ информацию о танке Т-82, а также о кадровом составе советских загранпредставительств. Приговорен Мосгорсудом к 7 годам лишения свободы. Помилован президентом России.
В 1997 г. Моисей Финкель, старший научный сотрудник 14-го Научно-исследовательского института Военно-морского флота арестован по обвинению в государственной измене в форме шпионажа за то, что передал ЦРУ секретные сведения о новейших гидроакустических комплексах. Приговорен к 12 годам лишения свободы.
В том же году был арестован Игорь Дудник, майор Ракетных войск стратегического назначения. Инкриминируемые ему преступления: государственная измена в форме шпионажа, разглашение государственной тайны. Дескать, он пытался передать ЦРУ дискету с секретной информацией о ракетных войсках стратегического назначения. Приговорен к 12 годам лишения свободы.