В октябре 1976 года к «Алмазу-3» был отправлен очередной военный экипаж — полковник Вячеслав Зудов и капитан 1-го ранга Валерий Рождественский. Но попасть на станцию им так и не удалось: неоднократные попытки состыковаться с ней так и не увенчались успехом. Через сутки полёта ЦУП выдал команду на посадку.
Однако на Земле космонавтов ждали новые испытания. Корабль из-за плохой погоды не приземлился в казахстанской степи, как обычно, а был снесён ветром в степное озеро Тенгиз. Причём из-за нарушенной центровки спускаемый аппарат перевернулся вверх дном. Шёл сильный снег, и спасатели смогли добраться до находившегося в километре от берега аппарата только многие часы спустя. А космонавты всё это время провели в спускаемом аппарате вниз головой.
Программу пришлось выполнять дублёрам: полковнику Виктору Горбатко и подполковнику-инженеру Юрию Глазкову. Они стартовали 7 февраля 1977 года на «Союзе-24» и через сутки перешли на станцию. Космонавты убедились, что «Алмаз» можно эксплуатировать в пилотируемом режиме, но больших подвигов совершить не смогли. И спустя две недели, 25 февраля, экипаж возвратился на Землю. Днём позже от станции отделилась и успешно приземлилась возвращаемая капсула.
Далее «Салют-5» продолжал работать в автоматическом режиме, и полёт его прекратили 8 августа, после того как станция пробыла на орбите 412 суток. Так завершился первый этап лётно-конструкторских испытаний.
ИСПЫТАНИЯ ВОЗВРАЩАЕМОГО АППАРАТА. Одновременно проводились автономные лётно-конструкторские испытания возвращаемого аппарата (ВА). Два ВА одной ракетой-носителем «Протон» выводили на орбиту, а затем они «поодиночке» совершали автоматический спуск и посадку. Предусматривалось многократно использовать каждый ВА.
Первую пару — «Космос-882» и «Космос-883» — запустили 15 декабря 1976 года. Оба возвращаемых аппарата в тот же день и успешно приземлились. Затем были ещё два удачных старта: 30 марта 1978 года — «Космос-997» и «Космос-998» и 22 мая 1979 года — «Космос-1100» и «Космос-1101». Однако в течение этого времени произошло две аварии ракет-носителей, и на пилотируемый полёт пойти не рискнули.
Для ТКС также были предусмотрены лётно-конструкторские испытания. Первый из кораблей — «Космос-929» — вывели на орбиту 17 июля 1977 года. Через месяц от него отделился и благополучно приземлился возвращаемый аппарат. Сам же корабль находился в автономном полёте 201 сутки.
По результатам испытаний ТКС пришлось длительно дорабатывать. И потому второй полёт, вновь в беспилотном варианте и под вывеской «Космос-1267», начался только 25 апреля 1981 года. Опять-таки через месяц возвращаемый аппарат совершил посадку в заданном районе. А сам ТКС пристыковался 19 июня к «Салюту-6» и вместе с ним прошёл ресурсные испытания. По команде с Земли весь комплекс сошёл с орбиты лишь 29 июля 1982 года.
Несмотря на достигнутые успехи, 19 декабря 1981 года вышло постановление ЦК КПСС и СМ СССР о прекращении работ по «Алмазу». Уже изготовленные космические аппараты законсервировали на заводе. НПО машиностроения переориентировали на создание автоматических станций, а КБ «Салют» — на разработку модулей для орбитальной станции «Мир».
Решено было лишь довести до конца испытания ТКС совместно со станцией «Салют-7». Поэтому 2 марта 1983 года корабль снабжения под названием «Космос-1443» стартовал в беспилотном варианте. Через восемь суток он состыковался со станцией, доставив 2700 кг грузов и 4 т топлива.
Затем к этой «связке» на «Союзе Т-8» полетели Владимир Титов, Геннадий Стрекалов, Александр Серебров. Но их стыковка не удалась из-за неисправности антенны системы «Игла».
Расконсервировал ТКС и работал на нём следующий экипаж — Владимир Ляхов и Александр Александров. А 14 августа корабль отстыковали от «Салюта-7». На следующий день от него отделился возвращаемый аппарат, унёсший 350 кг груза. Сам же транспортный корабль затопили в океане.
Последний из транспортных кораблей превратили в корабль для доставки грузов на «Салют-7». Он мог также с помощью своей двигательной установки увеличить высоту орбиты комплекса.
Всё уже было готово к его запуску, но старт пришлось отложить — на станции отказала система энергопитания, и связь с ней была потеряна. Ситуацию пришлось исправлять бригаде ремонтников в составе Владимира Джанибекова и Виктора Савиных. Затем на станцию прилетел основной экипаж — Владимир Васютин, Георгий Гречко и Александр Волков. После недельного совместного полёта Джанибеков и Гречко возвратились на Землю, а оставшиеся приготовились встречать транспортный корабль снабжения. Выйдя на орбиту 27 сентября 1985 года, ТКС («Космос-1686») 2 октября состыковался с «Салютом-7».
Однако выполнить все намеченные работы космонавтам не удалось: тяжело заболел Васютин, и полёт прекратили досрочно.