Итак, космонавты перешли на борт «Мира» и приступили к выполнению научной программы советско-афганского полета. Основные направления научной программы советско-афганского космического полета были намечены представителями СССР и Афганистана еще на первой встрече, которая состоялась в Москве в Главкосмосе СССР 30 сентября 1987 года. А уже в феврале следующего года научная программа космической экспедиции была определена окончательно, был полностью согласован весь перечень экспериментов на орбите. С учетом пожеланий афганских ученых, основными в научной программе стали два направления: медицинские эксперименты по изучению работоспособности человека в начальный период адаптации к невесомости и исследование природных ресурсов Афганистана методами дистанционного зондирования с космической орбиты. Афганские коллеги назвали всю программу совместного полета проектом «Шамшад» - по названию горы, расположенной на территории Афганистана вблизи границы с Пакистаном.
Как обычно, в первые дни пребывания на борту орбитального комплекса вновь прибывший экипаж выполнял значительное число экспериментов по космической медицине, связанных с вопросами адаптации организма человека с условиями невесомости. Основными задачами этих исследований являлось определение работоспособности и оценка психофизиологических реакций космонавтов. В частности, было проведено изучение особенностей состояния опорно-двигательной системы человека в невесомости, оценивалась работоспособность и качество операторской деятельности космонавтов, исследовалось взаимодействие вестибулярного аппарата и зрительной системы человека. Эффективность работы человека в космосе во многом определяется полноценностью сна и отдыха. В проведенных Валерием Поляковым и Абдулом Ахадом Момандом медицинских опытах качество сна оценивалось по электрофизиологическим показателям, которые регистрировались с помощью специальной аппаратуры и по ответам на опросную анкету. Реализация запланированных медицинских исследований была осуществлена с помощью аппаратуры, разработанной в Народной Республике Болгария по техническим заданиям, согласованным с советскими специалистами. Абдул Ахад Моманд быстро освоился с невесомостью, и она не мешала ему активно работать на орбите.