Формально после терактов в Лондоне в июле 2005 года, где прослеживался пакистанский след, все медресе, не прошедшие государственной аудиторской проверки до 31 декабря 2005 года, подлежали закрытию, а студенты-иностранцы – депортации. Фактически этот указ был проигнорирован в масштабах всей страны. Речь идёт о почти трёх миллионах учащихся и десятках тысяч преподавателей, причём более двух с половиной миллионов студентов принадлежат к 12 с половиной тысячам ортодоксальных медресе неосалафитского типа движений «Деобанди» и «Ахл-и-Хадис», выступающих за создание государства исключительно на принципах «очищенного» ислама. Их представляют такие группировки, как «Лашкар-е-Тайба», «Хизбут-Тахрир», «Джайеш-и Мухаммад», «Харакат-уль Муджахидин», Сипайи-Сахаба Пакистан» и военизированная «Лашкар-е-Джангви», действующая в Панджабе, из 35 округов которого активность экстремистов растет по меньшей мере в 26.
Влияние радикалов, которые в 80-е годы ХХ столетия были сильны лишь в Северо-Западной пограничной провинции и Кашмире, сегодня распространилось по всему Пакистану. Борьба за систему религиозного образования – часть их противостояния с властями. Символом её стали события в столице: штурм армией в июле 2007 года Красной мечети, студенты и преподаватели которой потребовали введения в стране шариатского правления, и двойной теракт боевиков-смертников в октябре 2009-го в Международном исламском университете. Последующие события, включая теракты в школах для детей военных и серия волнений и демонстраций радикалов в столице Пакистана в 2010-х годах продолжили эту традицию.
Подготовка смертников в Пакистане поставлена на поток. В учебных лагерях на территории Северного и Южного Вазиристана, в агентствах Оракзай, Баджаур и Моманд нередки европейцы пакистанского происхождения, приехавшие на историческую родину в качестве студентов. Часть их изначально придерживалась радикальных взглядов, другие приобрели их во время учёбы. Именно смертник провёл резонансный теракт против христиан на пасху 2016 года в Панджабе.
Примерно в 20 % пакистанских медресе, контролируемых радикальными исламистами, помимо религиозных предметов преподаётся военное дело, изготовление и использование взрывных устройств. Многие выпускники, в том числе принадлежащие к обеспеченным и образованным слоям общества, участвуют в джихаде на территории Афганистана или Ирака. Значительная часть их возвращается в страны, откуда они приехали, формируя там террористические сети, состоящие из самостоятельно действующих одиночек. Такие всё чаще встречающиеся «спящие кроты» с подлинными документами страны проживания ничем не отличаются от соседей, не поддерживают связь с единомышленниками, не получают финансирования извне, принимают решения о проведении теракта на произвольно выбранном ими объекте вне какой-либо системы. Они представляют значительно большую угрозу, чем организованные террористические ячейки. Теракты, которые они готовят, могут быть предотвращены лишь непосредственно перед совершением, иногда случайно. Как и произошло в случае с неудавшимся взрывом автомобиля на Таймс-сквере, который пытался организовать живущий в США сын вице-маршала пакистанских военно-воздушных сил Файсал Шахзад.
Исламские радикалы широко представлены в британских университетских кампусах, к их числу принадлежат многие из сотен тысяч пакистанцев, въехавших в Великобританию для получения образования в 2000-х годах. 52 человека стали жертвами взрывов в Лондоне в июле 2005 года, организованных четырьмя выходцами из Пакистана. Взрыв кафе в Тель-Авиве, организованный студентами Лондонского королевского колледжа Омаром Шарифом и Азифом Ханифом, – самый известный теракт за пределами Соединённого Королевства, организованный пакистанцами с британскими паспортами. География экспорта из Пакистана террористов-смертников, разделяющих идеологию «Аль-Каиды», чрезвычайно широка. Она включает Афганистан, Индию, Центральную Азию, Африку, арабские страны, Канаду, США, Великобританию, ряд других стран и регионов, в том числе Россию, на территории которой готовится действовать созданная в Северном Вазиристане группировка «Джамаат Булгар», состоящая из выходцев из Башкирии, Поволжья, Татарстана и автономий Северного Кавказа.
Ветераны 55-й интернациональной – «арабской» бригады «Аль-Каиды» тренируют будущих террористов в более чем 160 лагерях, созданных этим движением и талибами в «зоне племён» на афгано-пакистанской границе. Ряд баз там принадлежит «Чёрной гвардии» – элите «Аль-Каиды». Поддержку каидистам в этом районе Пакистана оказывает «Лашкар-е-Тайба» – «Ополчение правоверных». Этнические пакистанцы, американец Д. Колеман и канадец Т. Рана, готовились к терактам против США и Израиля на пакистанских базах этой организации. Одним из её основателей был А. Азам – «духовный отец» Усамы бен Ладена и других «арабских афганцев», инициатор создания «Бюро по обслуживанию моджахедов» – «Мактаб аль-Хидмат», предтечи «Аль-Каиды».