Характерными приметами новой власти стали подавление армией выступлений женщин, христиан-коптов и других групп, пытавшихся развить «финиковую революцию». Свидетельством того, куда дрейфовала египетская политика, стало замораживание поставок в Израиль природного газа с требованием пересмотра его цены. Многократные подрывы египетско-израильского газопровода на Синае, включая ветку, ведущую в Иорданию, а также разгром израильского посольства в Каире свидетельствовали о слабости режима и усилении радикальных исламистов. Беспорядки на Синайском полуострове, в том числе на границе с Израилем и ведущем в Газу контрольно-пропускном пункте «Рафиах», а также резкое увеличение числа африканских нелегалов, проникающих в Израиль через египетскую границу, демонстрировали потерю Каиром контроля над Синаем, оказавшимся в руках местных бедуинов, иранской резидентуры и исламистских группировок, близких к «Аль-Каиде».
Ввод на Синайский полуостров египетских частей под предлогом обеспечения там военного контроля после антиизраильских терактов под Эйлатом был опасен перспективой прямого военного столкновения Египта и Израиля в случае принятия египетским парламентом решения о денонсации кэмп-дэвидского мирного договора. Вопреки прогнозам экспертов, консервативные исламисты Египта вступили в предвыборный альянс с «Братьями-мусульманами», поставив целью на первом этапе завоевание половины голосов в парламенте страны. Активная исламистская пропаганда в армии и агрессивные требования введения в стране шариата дали основания предполагать, что прогнозы лидера «Братьев», шейха Юсефа Кардауи, об альянсе армии и исламистов имеют под собой все основания. В Египте открыто действовали радикалы всех типов, в том числе Нацистская партия – наследница сочувствовавшей Гитлеру интеллектуальной и политической элиты, в 30–40-е годы включавшей многих будущих представителей высших эшелонов власти, в том числе Насера и Садата. Наличие среди них активистов «Аль-Каиды», прекращение работы контртеррористических структур, возглавляемых экс-вице-президентом генералом Омаром Сулейманом, десятки тысяч уголовников и террористов, отпущенных из египетских тюрем на свободу как «борцы с режимом», стали угрозой для будущего страны. Это продемонстрировали попытки исламистов захватить порты, в том числе Эль-Ариш. Особенно велика оказалась угроза для египетских христиан, составляющих 8–9 % населения по официальным и 15–18 % по неофициальным данным.
Перспективы работы в Египте иностранных специалистов и фирм, включая российские, до установления там стабильности были призрачны. Единственной сферой хозяйства, где после свержения режима Мубарака был отмечен прирост, стал транзит судов через Суэцкий канал, что было явно недостаточно, чтобы «вытащить» из кризиса остальную экономику, тем более что существовала опасность удара исламистов по судам, идущим по этой артерии. «Хорошей новостью» для мирового сообщества стала сравнительно низкая вероятность войны АРЕ с Израилем, несмотря на поддержку исламистским руководством страны движения ХАМАС в Газе, поскольку президент Мурси понимал, что в случае конфликта египетская армия может быть просто уничтожена на Синае. Однако пересмотр или разрыв действующего с 1979 года израильско-египетского мирного договора по требованию исламистского лобби, позиции которого в парламенте Египта были очень сильны, казался неизбежным.
Нарастание демографического давления, снижение уровня жизни, экономический кризис и ожидаемая в близком будущем экологическая катастрофа с необратимыми последствиями – итог водного голода, который ожидает страну после того, как Эфиопия завершит строительство на Голубом Ниле четырёхкаскадного гидроузла «Возрождение», могут поставить АРЕ на грань выживания. Подписание 6 странами верховьев Нила 1 марта 2011 года договора о перераспределении стока этой реки, превратило в клочок бумаги соглашение по Нилу, заключённое Египтом и Суданом в 1959 году.
Гидроузлы на истоках Нила необходимы странам Центральной Африки, включая Эфиопию, для нормализации их собственного энергетического баланса. Гидроэлектростанции, водохранилища и плотины, которые будут ими построены, смертельно опасны для АРЕ, но Каир ничего не может им противопоставить, за исключением поддержки отрядов оппозиции – преимущественно из числа этнических оромо. Несмотря на то что проект «Возрождение» снижает сток Голубого Нила на 30 %, а выработку электроэнергии в Египте на 40 % на протяжении 6 лет заполнения эфиопского водохранилища (затем поступление воды упадёт «лишь» на 20 %, притом что АРЕ испытывает её нехватку уже сегодня), эту проблему нельзя решить военным путём. Бомбардировка плотины приведёт к тому, что Египет будет буквально смыт с лица земли, не говоря уже о резко отрицательной реакции на этот акт агрессии со стороны ЕС, США и КНР, компании которой занимаются реализацией этого проекта.