СКМС состоял из 46-ти рабочих и 13-ти консультативных групп, контролирующих основные направления Соглашения по Афганистану: безопасность, государственное управление и верховенство закона, инфраструктуру, образование, здравоохранение, сельское хозяйство, социальную защиту, развитие частного сектора, гендерные вопросы, борьбу с наркотиками, региональное сотрудничество, антикоррупционные мероприятия и охрану окружающей среды. Исходя из сложной структуры и забюрократизированности процедур принятия решений, работа СКМС оказалась неэффективной, уступая по результативности Встречам спецпредставителей по АфПаку – ключевых участников урегулирования в Афганистане, которые контролировали США.
Рассматривая деятельность ООН в Судане, следует остановиться на Миссии ООН в Судане (МООНВС) и смешанной операции Африканского союза (АС) и ООН в Дарфуре (ЮНАМИД). Миссия в Судане, учреждённая на основании резолюции СБ № 1590 от 2005 года для поддержки Всеобъемлющего мирного соглашения между правительством Судана и Суданским народно-освободительным движением/армией (СНОД/СНОА), действует в 6-ти секторах пограничных районов Северного и Южного Судана. Её возглавляет спецпредставитель Генерального секретаря ООН. Штаб-квартира размещена в Хартуме. Представительства МООНВС действуют в столице Южного Судана Джубе и других городах региона.
Смешанная операция АС и ООН проводится на основании резолюции Совбеза № 1769 от 2007 года в интересах «содействия скорейшему и эффективному осуществлению Мирного соглашения по Дарфуру и обеспечению защиты гражданского населения». Мандат ЮНАМИД, ежегодно продлеваемый Совбезом ООН, включает наблюдение за ситуацией вдоль границ Судана с Чадом и Центрально-Африканской Республикой.
Руководит ЮНАМИД совместный спецпредставитель АС и ООН, подчиняющийся Генеральному секретарю ООН и председателю Комиссии АС. Координация деятельности АС и ООН осуществляется через Совместный механизм координации и поддержки в Аддис-Абебе (Эфиопия). Штаб миссии и миротворческого контингента размещён в Эль-Фашере (Северный Дарфур). Зона ответственности ЮНАМИД разделена на сектора: Север (штаб в Эль-Фашере), Запад (Эль-Гонейн) и Юг (Ньяла). Миссия имеет представительства в 55-ти, а миротворцы дислоцированы в 30-ти населённых пунктах (по 10 в секторе).
Миротворцы ЮНАМИД представлены воинскими подразделениями Буркина-Фасо, Египта, Нигерии, Руанды, Сенегала, Эфиопии и ЮАР. Гражданская полиция действует в составе 19-ти подразделений. По контракту с ООН в Дарфуре работают лётчики российской авиакомпании «ЮТэйр». Следует отметить сложную оперативную обстановку, в которой действуют в Судане миссии ООН и АС, которые не могут защитить даже собственный контингент, не говоря о мирных жителях. ООН констатирует факты их уничтожения и зафиксировала свидетельства геноцида, на основании которых Международным уголовным судом была предпринята попытка судебного преследования президента Судана Омара аль-Башира, которую он благополучно проигнорировал.
Миссия ООН по проведению референдума в Западной Сахаре (МООНРЗС) была учреждена в соответствии с резолюцией № 69 °CБ ООН от 1991 года. В том же 1991-м году при посредничестве ООН Марокко, считающее Западную Сахару неотъемлемой частью своей территории, и Народный фронт освобождения Сегиет-эль-Хамра и Рио-де-Оро (Фронт ПОЛИСАРИО) достигли договорённости о прекращении огня. Помимо разделения конфликтующих сторон и проведения референдума, миссия должна была обеспечить освобождение западносахарских политзаключённых, наблюдать за обменом военнопленными в сотрудничестве с Международным комитетом Красного Креста и осуществлять программу репатриации вместе с Верховным комиссаром ООН по делам беженцев.
В нарушение изначального плана, референдум так и не был проведён. Комиссия МООНРЗС по идентификации его участников в 1993–1999 годах выполнила свою работу, но процесс буксует до настоящего времени. Генеральный секретарь ООН через специального посланника периодически ведёт переговоры с представителями конфликтующих сторон. Штаб-квартира Миссии расположена в городе Эль-Аюн (Западная Сахара). 9 опорных постов наблюдателей ООН размещены по обе стороны вала, построенного Марокко вдоль границы с Мавританией и Алжиром, который отделяет западную зону, контролируемую Марокко, от восточной, управляемой Фронтом ПОЛИСАРИО. В алжирском городе Тиндуф находится отделение связи МООНРЗС, поддерживающее связь с руководством Фронта ПОЛИСАРИО и алжирской администрацией.