Примерно в 20 % пакистанских медресе, контролируемых радикальными исламистами, помимо религиозных предметов преподаётся военное дело, изготовление и использование взрывных устройств. Многие выпускники, в том числе принадлежащие к обеспеченным и образованным слоям общества, участвуют в джихаде на территории Афганистана или Ирака. Значительная часть их возвращается в страны, откуда они приехали, формируя там террористические сети, состоящие из самостоятельно действующих одиночек.
Такие всё чаще встречающиеся «спящие кроты» с подлинными документами страны проживания ничем не отличаются от соседей, не поддерживают связь с единомышленниками, не получают финансирования извне, принимают решения о проведении теракта на произвольно выбранном ими объекте вне какой-либо системы. Они представляют значительно большую угрозу, чем организованные террористические ячейки. Теракты, которые они готовят, могут быть предотвращены лишь непосредственно перед совершением, иногда случайно. Как и произошло в случае с неудавшимся взрывом автомобиля на Таймс-сквере, который пытался организовать живущий в США сын вице-маршала пакистанских военно-воздушных сил Файсал Шахзад.
Исламские радикалы широко представлены в британских университетских кампусах, к их числу принадлежат многие из сотен тысяч пакистанцев, въехавших в Великобританию для получения образования в 2000-х годах. 52 человека стали жертвами взрывов в Лондоне в июле 2005 года, организованных 4-мя выходцами из Пакистана. Взрыв кафе в Тель-Авиве, организованный студентами Лондонского королевского колледжа Омаром Шарифом и Азифом Ханифом, – самый известный теракт за пределами Соединённого Королевства, организованный пакистанцами с британскими паспортами.
География экспорта из Пакистана террористов-смертников, разделяющих идеологию «Аль-Каиды», чрезвычайно широка. Она включает Афганистан, Индию, Центральную Азию, Африку, арабские страны, Канаду, США, Великобританию, ряд других стран и регионов, в том числе Россию, на территории которой готовится действовать созданная в Северном Вазиристане группировка «Джамаат Булгар», состоящая из выходцев из Башкирии, Поволжья, Татарстана и автономий Северного Кавказа.
Ветераны 55-й интернациональной – «арабской» бригады «Аль-Каиды» тренируют будущих террористов в более чем 160-ти лагерях, созданных этим движением и талибами в «зоне племён» на афгано-пакистанской границе. Ряд баз там принадлежит «Чёрной гвардии» – элите «Аль-Каиды». Поддержку каидистам в этом районе Пакистана оказывает «Лашкар-и Тойба» – «Ополчение правоверных». Этнические пакистанцы, американец Д. Колеман и канадец Т. Рана, готовились к терактам против США и Израиля на пакистанских базах этой организации. Одним из её основателей был А. Азам – «духовный отец» Усамы бен-Ладена и других «арабских афганцев», инициатор создания «Бюро по обслуживанию моджахедов» – «Мактаб аль-Хидмат», предтечи «Аль-Каиды».
Именно «Лашкар-и-Тойба», операции которой охватывают Синд, Кашмир и Северо-Западную Провинцию, организовала в ноябре 2008-го теракт в Мумбаи, в результате которого погибло 180 человек, включая 28 иностранцев. Арестованный по этому делу лидер организации Хафиз Мухаммад Саед был освобождён в июне 2009 года Высшим судом Панджаба, что вызвало острый кризис в пакистано-индийских отношениях. Пресса открыто указывала на роль, которую сыграл в принятии этого решения экс-глава Верховного суда Пакистана судья Догар, находящийся в конфликте с амбициозным действующим главным судьёй страны Ифтихаром Мухаммадом Чоудхри.
Особое место среди военизированных исламистских группировок Пакистана занимают талибы, насчитывающие в своих рядах не менее 15-ти тысяч боевиков. 2009-й год был отмечен созданием Панджабо-пуштунского альянса талибов на базе консолидации Движения талибов Пакистана – пуштунов и «Панджабских талибов» – панджабцев, воевавших в Афганистане в составе пакистанской военизированной группировки «Харкат-ул Джихад-ул Ислами». Истоки объединения восходят к подавлению армией в 2007-м году беспорядков в исламабадской Красной мечети, после которого более 5-ти тысяч учащихся панджабских медресе скрылись в Южном и Северном Вазиристане, на территории, подконтрольной пакистанским талибам.
Активизация террористической деятельности талибов, каидистов и близкой к ним группировки «Хаккани» вызвала действия американцев и пакистанской армии, следствием которых стала смена на протяжении полугода 3-х лидеров пакистанских талибов: уничтоженных БПЛА Бейтуллу Мехсуда и его преемника Хакимуллу Мехсуда в феврале 2010 года сменил Маулеи Нур Джамал. При этом на начало 2016 года эксперты отмечали раскол талибов и появление в Афганистане неподконтрольных Пакистану группировок, ориентирующихся на Катар. Смерть верховного лидера «Движения Талибан» муллы Омара несколько лет скрывалась его окружением именно для того, чтобы пакистанские спецслужбы могли сохранить контроль над ДТ, не делясь им с Дохой.