С перемещением на Кавказ великий князь Николай Николаевич сделал попытку лично возглавить Кавказскую армию, но после соответствующих разъяснений из обновленной Ставки был вынужден удовлетвориться номинальным главнокомандованием и руководством тылом армии и администрацией кавказского края. Для генерала Юденича стало разве что больше разнообразных советников, так как вместе с великим князем Николаем Николаевичем на Кавказ прибыла многочисленная свита. Например, все тот же ген. Ф.Ф. Палицын, который в 1915 году состоял «в распоряжении» главнокомандующего армий Северо-Западного фронта ген. М.В. Алексеева, а теперь в том же положении оказался на Кавказе. Также при отставке с поста Верховного Главнокомандующего великий князь Николай Николаевич пожелал взять с собой полюбившегося ему ген. Н.Н. Янушкевича. Генерал Янушкевич был назначен помощником Наместника по военной части, а в сентябре 1916 года — еще и главным начальником снабжений Кавказской армии. Как говорили в Кавказской армии, теперь во главе войск стояли три Николая Николаевича — великий князь, Янушкевич и Юденич.
В действия Кавказской армии, твердо руководимой ген. Н.Н. Юденичем, великий князь Николай Николаевич практически не вмешивался, занимаясь делами края. Тем более что в боях 1915 года войска были несколько растрепаны и требовалось пополнить их, обучить и вновь перенести действия на территорию противника. В частности, великий князь Николай Николаевич возглавил Георгиевскую Думу Кавказской армии. Первым вмешательством нового Наместника в операции Кавказской армии явилось формирование отряда ген. Н.Н. Баратова, предназначенного для действий в Персии, чего от русской Ставки потребовали англичане. Однако ген. Н.Н. Юденич удержал планирование и проведение Хамаданской наступательной операции в Иране (17 октября — 3 декабря 1915 года) под своим контролем, и великому князю пришлось ограничиться дипломатическими усилиями да организацией снабжения корпуса генерала Баратова. Хотя юридически действительно корпус ген. Н. Н. Баратова подчинялся непосредственно Наместнику на Кавказе великому князю Николаю Николаевичу.
Более тяжелые последствия вмешательства Наместника в руководство Кавказской армией могла иметь Эрзерумская наступательная операция 28 декабря 1915 г. — 3 февраля 1916 г. Дело в том, что к весне 1916 года турецкая группировка на Кавказе должна была получить сильное подкрепление: вследствие эвакуации англо-французских войск с полуострова Галлиполи 2-я турецкая армия перебрасывалась на Кавказ. Ввиду господства на море русского Черноморского флота, турецкие войска двигались пешим порядком, почему и могли успеть лишь к весне. Дабы не оказаться перед лицом превосходных сил, ген. Н.Н. Юденич принял решение ударить первым и разгромить 3-ю турецкую армию, заодно взяв последнюю мощную турецкую крепость — Эрзерум.
На конец 1915 года численность русской Кавказской армии составляла до ста восьмидесяти тысяч штыков и сабель против ста десяти тысяч у турок, укрывшихся в Эрзерумском укрепленном районе. Однако разработан-ный штабом Юденича план операции против Эрзерума вызвал резкое неприятие великого князя и его помощников — Н.Н. Янушкевича (начальник Генерального штаба в марте — июле 1914 года, затем, до середины августа 1915 года, — начальник штаба Верховного Главнокомандующего) и Ф.Ф. Палицына (начальник Генерального штаба в 1905 — 1908 гг.). Генерал Палицын на втором этапе Эрзерумской наступательной операции даже приезжал в войска, чтобы в личной беседе отговорить генерала Юденича от продолжения наступления — уже в виде непосредственного штурма крепости Эрзерум.
Тем не менее ген. Н.Н. Юденич настоял на своем, и 28 декабря 1915 года части доблестной Кавказской армии бросились вперед. В крепостном предполье были разгромлены турецкие части прикрытия. Уже 7 января 1916 года части 1-го Кавказского корпуса ген. П.П. Калитина вышли к поясу фортов крепости Эрзерум. Следующим логическим шагом должен был стать штурм крепости, так как турецкие войска были деморализованы и морально надломлены. В этот момент великий князь Николай Николаевич, не веривший в успех штурма, приказал генералу Юденичу приступить к отводу войск в район Карса, удовлетворившись частной победой перед крепостью. Таким образом, в штабе Наместника успех сражения перед Эрзерумом признавался достаточным.
Однако противник потерял лишь четверть исходной группировки, и после прибытия 2-й армии из-под Стамбула турки все равно получали бы перевес в силах. В этой обстановке, когда нельзя было терять ни секунды, чтобы турки не успели оправиться от поражения и укрепить крепость еще более, генерал Юденич заявил, что берет на себя всю ответственность. Дабы не выслушивать напрасно не желавших рисковать тифлисских начальников, ген. Н.Н. Юденич лично переговорил с великим князем Николаем Николаевичем по телефону. Наместник на Кавказе уступил, но снял с себя всю ответственность, что лишний раз говорит о гражданской трусости великого князя Николая Николаевича, усугубленной Великим отступлением 1915 года.