Развитие университета несколько приостановилось. Дальнейшее оживление его деятельности наступило в конце века, когда в 1397 году внучка Казимира Великого королева Ядвига добилась от папы Бонифация IX разрешения открыть еще один факультет- теологический. Тем самым краковский университет становился в один ряд с другими университетами Европы. После смерти королевы, завещавшей все свои драгоценности университету, исполнявший ее волю Владислав Ягелло приказал закупить несколько домов на улице св. Анны. Эти здания после перестройки были объединены в одно здание, называемое Collegium MaiUS, веками служившее главной резиденцией университета (впоследствии комплекс университетских зданий занял всю территорию между нынешними Плантами и улицами св. Анны, Голубиной и Ягеллонской). Здесь 24 июня 1400 года состоялось торжественное открытие начала занятий – и с этого года университет реорганизуется по образцу парижской Сорбонны. Студенты больше не имели никакого влияния на его управление, а самый университет приобретает духовный характер. Династия Ягеллонов продолжает и далее проявлять особую заботу об университете, и вскоре он получает новое название, по традиции сохранившееся по сей день, – Ягеллонский университет.
XV и XVI столетия – это период высшего расцвета Ягеллонского университета. В это время в Краков стекаются студенты не только со всех концов Польши, но и из других стран Европы: Венгрии, Германии, Моравии и даже из русских земель. Всего за эти десятилетия Ягеллонский университет выпустил около сорока тысяч философов, юристов, врачей, астрономов, математиков. Бурный рост городов, приобретение некоторой самостоятельности не только мещанами, но и крестьянами открывало перед ними большие возможности. Из документов явствует, что в XV веке в Ягеллонском университете обучалось большое число детей крестьян, а некоторые из них даже занимали профессорские кафедры. Большие успехи делает в это время и польская наука. В конце XV века немецкий летописец Гартман Шедель отмечает: «При костеле святой Анны есть университет, известный своими выдающимися учеными мужами. В университете процветают различные науки. Однако больше всего там изучают астрономию, и в этом отношении и в Германии нет ему равной школы». По-видимому, в его словах немало истины: в XV веке Ягеллонский университет открывает еще два факультета – математики и астрономии. Такой серьезный шаг стал возможен только благодаря исключительной энергии трех профессоров: Марцина из Журавиц, Марцина из Олькуша (ему университет обязан приобретением целого комплекса астрономических приборов, которые с благоговением демонстрируются по сей день в музее) и Войцеха из Брудзева. Последний был учителем Николая Коперника, проходившего курс обучения в 1491-1495 годах. Воспитанников Ягеллонского университета, особенно математиков, охотно приглашали преподавать в университетах других стран, в частности в Англии, Италии, Испании. «В конце столетия, в том же году, в котором папский престол занял Борджа, а Колумб открыл Америку, порог Краковского университета переступил скромный юноша – Николай Коперник», – в этих словах Брошкевича заключен не только художественный образ, но и точный слепок эпохи.
Другим факультетом, быстро завоевавшим европейскую славу, стал юридический. Профессора этого факультета, выдающиеся мыслители своего времени, заложили основу краковской школы международного права.
Ягеллонский университет стал также колыбелью крупнейших польских поэтов эпохи Ренессанса – Миколая Рея и Яна Кохановского. Воспитанником университета был и выдающийся общественно-политический деятель той же эпохи Анджей Фрыч-Моджевский, автор трактата «Об улучшении Речи Посполитой», в котором он провозглашал необходимость поддержания мира для процветания государств и выступал с требованием равных прав для шляхты и крестьянства. Профессора университета, поддерживая связи с выдающимися деятелями науки и культуры Италии, Франции, Нидерландов, Испании, способствовали проникновению в университет, а тем самым и распространению в Польше гуманистических идей Ренессанса.
Краков становится подлинным центром просвещения, и немалую роль в этом сыграли типографии, которых в городе было несколько. Первая, одна из старейших в Европе, была основана еще в 1473 году, и с тех пор Краков навсегда останется верен традициям книгопечатного дела.
Особенно резкое увеличение печатных книг на польском языке наблюдается в XVI веке, когда до Польши начинают доходить не только слухи о реформации, но и сами труды реформатских проповедников.